기준-2020-법령해석법인-0124 (2021.01.27)

1. 질의내용

○내국법인이 기업부설연구소에서 연구업무에 종사하는 연구요원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하는 확정기여형 퇴직연금보험료가 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

2. 사실관계

 ○A법인은 온라인 플랫폼 개발 등의 사업을 영위하는 법인으로 2013.1.31. A법인의 기업부설연구소가 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 인정받았음

○A법인은 2014～2018년 귀속 법인세 신고 시 기업부설연구소 전담 및 보조 직원에게 지급한 확정기여형 퇴직연금보험료에 대하여 연구인력개발비 세액공제 신청을 누락하였으며, 연도별 지출금액은 다음과 같음

                                                            (단위 : 백만원)

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제9조【연구․인력개발준비금의 손금산입】(2019.12.31. 법률 제16835호로 삭제되기 전의 것)

 ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구․인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구․인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(｢법인세법｣ 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

 ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구․인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

  1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구․인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발비의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구․인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

  2. (생략)

 ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육․훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 삭제되기 전의 것)

 ① 법 제9조제2항제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 (이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6] (2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6](2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6](2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6] (2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제22조【퇴직소득】

 ① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

  2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

  3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

 (이하 생략)

○ 법인세법 제33조【퇴직급여충당금의 손금산입】

 ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 임원이나 직원의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 그 계상한 퇴직급여충당금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

○법인세법 시행령 제44조의2【퇴직보험료 등의 손금불산입】

 ① 내국법인이 임원 또는 직원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하거나 부담하는 보험료·부금 또는 부담금(이하 이 조에서 "보험료등"이라 한다) 중 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 손금에 산입하는 것 외의 보험료등은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

 ② 내국법인이 임원 또는 직원의 퇴직을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 직원을 수급자로 하는 연금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "퇴직연금등"이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

귀 과세기준자문 신청의 경우, 기존해석사례(기획재정부 조세특례제도과-72, 2021.01.22)를 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-72, 2021.01.22
「조세특례제한법 시행령」 별표6(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제1호가목1)의 자체연구개발비에서 제외되는 퇴직소득․퇴직급여충당금․성과급 등에 확정기여형 퇴직연금보험료가 포함되지 않는 것임