사전-2018-법령해석법인-0261 (2019.02.15)

1. 사실관계

○학교법인 갑법인은 ’91.1.30. ◈◈광역시 ◈남구 ◎동 소재 2필지 임야(이하 “쟁점임야①･②”)을 학교 설립자의 가족으로부터 증여받아 교육용 기본재산으로 계상하였음

  -하지만, 쟁점임야①과 ② 사이에 다른 문중 토지 688㎡(이하 “문중토지”)가 있어 갑법인 재단 소속 ◉◉고등학교의 체육시설을 조성하는데 적합하지 못하여

  -문중토지를 매입하고자 하였으나 매도거부로 매입하지 못하였음

○이후, ’03.1.16. 문중토지가 도시관리계획 변경에 따라 ◈◈교육청 ◈◈교육연구정보원의 연구시설부지로 결정됨에 따라 ◈◈교육청이 문중토지를 ’04.6.14. 매입하게 되었고

  -도시관리계획의 추가변경으로 문중토지(688㎡) 중 583㎡(이하 “쟁점농지”)가 ’11.9.22. ◉◉고등학교 학교시설지로 그리고, 쟁점임야가 ◈◈교육청 연구시설부지로 결정됨에 따라

  -갑법인은 쟁점임야를「사립학교법」 제12조제1항에 따라 수익용 기본재산으로 용도변경 후 ’17.12.20. ◈◈교육청에 매도하고

  -같은 날 ◈◈교육청이 보유하고 있는 쟁점농지를 매입하여 갑법인의 교육용 기본재산에 전입시켰음

2. 질의내용

○ 학교법인이 소유 부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하고 같은 날 다른 부동산을 취득하여 교육용 기본재산으로 계상한 경우

  -양도한 부동산이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  5.고정자산의 처분으로 생기는 수입.

    다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

 ②법 제3조제3항제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일(｢국가균형발전 특별법｣ 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.

    이 경우 해당 고정자산의 유지･관리 등을 위한 관람료･입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 기본통칙 3-2…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

   비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. <개정 2003.05.10.>

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

    이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2014.12.23>

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  2. 임야. (단서생략)

○ 법인세법 시행령 제92조11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ③법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. <개정 22014.2.21>

  4. 「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

○ 법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득등”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

  1. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

  2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

  3. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

 ②제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

 ⑦제2항에 따라 계산한 법인세는「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다. <개정 2015.12.15>

｢사립학교법｣에 따른 학교법인이 교육용 기본재산으로서 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산을 처분하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조제2항제5호의 따라 법인세가 과세되는 것입니다