서면-2019-징세-2984 (2021.04.21)

1. 사실관계

 ○ ’14.8.31. 신청인은 퇴사하면서 퇴직금을 수령하고 원천징수의무자는 ’14.9.10. 퇴직소득세를 원천징수납부함

 ○ ’19.8월 신청인은 원천징수납부한 퇴직소득세가 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하여 경정청구할 예정

2. 질의내용

 ○ 신고할 세액보다 초과하여 원천징수납부한 퇴직소득세 경정청구기한

3. 관련법령

 ○국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

   ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

    1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

    2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

   ⑤ 「소득세법」 제73조제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

 ○소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】

   ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

    1. 근로소득만 있는 자

    2. 퇴직소득만 있는 자

    3. 공적연금소득만 있는 자

    4. 제127조에 따라 원천징수되는 사업소득으로서 대통령령으로 정하는 사업소득만 있는 자

    4의2. 제127조제1항제6호에 따라 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득만 있는 자

    5. 제1호 및 제2호의 소득만 있는 자

    6. 제2호 및 제3호의 소득만 있는 자

    7. 제2호 및 제4호의 소득만 있는 자

    7의2. 제2호 및 제4호의2의 소득만 있는 자

    8. 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득(제127조에 따라 원천징수되지 아니하는 소득은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)만 있는 자

    9. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2, 제5호부터 제7호까지 및 제7호의2에 해당하는 사람으로서 분리과세이자소득, 분리과세배당소득, 분리과세연금소득 및 분리과세기타소득이 있는 자

 ○소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

   ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달(금융투자소득의 경우에는 제148조의2제1항에 따른 금융투자소득 원천징수기간 종료일이 속하는 달)의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

 ○소득세법 제146조 【퇴직소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급 등】

   ① 원천징수의무자가 퇴직소득을 지급할 때에는 그 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 징수한다.

   ② 거주자의 퇴직소득이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 퇴직소득에 대한 소득세를 연금외수령하기 전까지 원천징수하지 아니한다. 이 경우 제1항에 따라 소득세가 이미 원천징수된 경우 해당 거주자는 원천징수세액에 대한 환급을 신청할 수 있다.

    1. 퇴직일 현재 연금계좌에 있거나 연금계좌로 지급되는 경우

    2. 퇴직하여 지급받은 날부터 60일 이내에 연금계좌에 입금되는 경우

   ③ 퇴직소득을 지급하는 자는 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 그 퇴직소득의 금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 기획재정부령으로 정하는 원천징수영수증을 퇴직소득을 지급받는 사람에게 발급하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 퇴직소득에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한 때에는 그 사유를 함께 적어 발급하여야 한다.

 ○소득세법 제148조 【퇴직소득에 대한 세액정산 등】

   ① 퇴직자가 퇴직소득을 지급받을 때 이미 지급받은 다음 각 호의 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출하는 경우 원천징수의무자는 퇴직자에게 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 정산한 소득세를 원천징수하여야 한다.

    1. 해당 과세기간에 이미 지급받은 퇴직소득

    2. 대통령령으로 정하는 근로계약에서 이미 지급받은 퇴직소득

   ③ 퇴직소득세액의 정산 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○소득세법 시행령 제202조의3 【퇴직소득세의 환급절차】

   ① 법 제146조제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 환급을 신청하려는 사람(이하 이 조에서 "환급신청자"라 한다)은 퇴직소득이 연금계좌에 지급 또는 입금될 때 기획재정부령으로 정하는 과세이연계좌신고서를 연금계좌취급자에게 제출하여야 한다.

   ② 연금계좌취급자는 제1항에 따라 제출받은 과세이연계좌신고서를 원천징수의무자에게 제출하여야 하고 원천징수의무자는 제202조의2 제1항의 계산식에 따라 계산한 세액을 환급할 세액으로 하되, 환급할 소득세가 환급하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 원천징수의무자가 기획재정부령으로 정하는 원천징수세액 환급신청서를 원천징수관할세무서장에게 제출하는 경우에는 원천징수관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.

   ③ 제2항에 따라 환급되는 세액은 과세이연계좌신고서에 있는 연금계좌에 이체 또는 입금하는 방법으로 환급하며, 해당 환급세액은 이연퇴직소득에 포함한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등으로 연금계좌취급자가 과세이연계좌신고서를 원천징수의무자의 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 원천징수 관할 세무서장이 해당 환급세액을 환급신청자에게 직접 환급할 수 있다.

   ④ 법 제146조제2항에 따라 퇴직소득세를 원천징수하지 않거나 환급한 경우 원천징수의무자는 법 제164조에 따른 지급명세서를 연금계좌취급자에게 즉시 통보하여야 한다

 ○소득세법 시행령 제203조 【퇴직소득세액의 정산】

   ① 법 제148조제1항에 따라 정산하는 퇴직소득세는 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 퇴직소득세액을 계산한 후 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액을 뺀 금액으로 한다.

   ② 제1항에 따라 퇴직소득세를 정산하는 경우의 근속연수는 이미 지급된 퇴직소득에 대한 근속연수와 지급할 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 중복되는 기간의 월수를 뺀 월수에 따라 계산한다.

   ③ 법 제148조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 근로계약"이란 근로제공을 위하여 사용자와 체결하는 계약으로서 사용자가 같은 하나의 계약(제43조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 체결하는 계약을 포함한다)을 말한다.

 ○원천징수한 근로소득에 대한 경정청구(징세과-366, ’09.11.30.)

    소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득에 대하여 연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때, 원천징수영수증에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 과세표준 및 세액의 경정 등을 관할세무서장에게 청구할 수 있습니다.

소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득에 대하여 연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 퇴직소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때, 원천징수영수증에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 5년 이내에 과세표준 및 세액의 경정 등을 관할 세무서장에게 청구할 수 있습니다.