서면-2023-원천-3548 (2024.05.28)

1. 사실관계

 ○질의법인은 근로자 A와의 근로계약을 종료하고 X월 귀속분 퇴직소득을 지급하며 퇴직소득세를 원천징수하여 X월에 납부하였음

 ○근로자 A는 퇴직 후 노동위원회에 부당해고 구제신청을 하였고, 절차 진행 중 화해조서를 작성하고 종결하였음

  -화해 조건은 당초 퇴직금을 반환하고, XX.XX 기준으로 재산정한 퇴직금을 근로자 A의 연금계좌로 과세이연하여 입금하는 것임

2. 질의내용

 ○(질의1)상기 화해조건을 이행할 경우 기존에 납부하였던 퇴직소득세를 환급받을 수 있는지

 ○(질의2)X월 귀속분 퇴직소득세에 대한 X월 원천세 신고분을 수정신고하여야 하는지

 ○(질의3)XX.XX. 기준으로 재산정한 퇴직소득을 XX월에 지급할 때 신고 시기 및 방법

3. 관련법령

○소득세법 제22조【퇴직소득】

 ①퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1.공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

  2.사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

  3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

○소득세법 제146조【퇴직소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급 등】

 ①원천징수의무자가 퇴직소득을 지급할 때에는 그 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 징수한다.

 ②거주자의 퇴직소득이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 퇴직소득에 대한 소득세를 연금외수령하기 전까지 원천징수하지 아니한다. 이 경우 제1항에 따라 소득세가 이미 원천징수된 경우 해당 거주자는 원천징수세액에 대한 환급을 신청할 수 있다.

  1. 퇴직일 현재 연금계좌에 있거나 연금계좌로 지급되는 경우

  2.퇴직하여 지급받은 날부터 60일 이내에 연금계좌에 입금되는 경우

○소득세법 시행령 제202조의2【이연퇴직소득세액 및 원천징수세액의 계산】

 ①법 제146조제2항에 따라 원천징수하지 아니하거나 환급하는 퇴직소득세(이하 이 조에서 "이연퇴직소득세"라 한다)는 다음의 계산식(환급하는 경우의 퇴직소득금액은 이미 원천징수한 세액을 뺀 금액으로 한다)에 따라 계산한 금액으로 한다.

○소득세법 시행령 제202조의3【퇴직소득세의 환급절차】

 ①법 제146조제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 환급을 신청하려는 사람(이하 이 조에서 "환급신청자"라 한다)은 퇴직소득이 연금계좌에 지급 또는 입금될 때 기획재정부령으로 정하는 과세이연계좌신고서를 연금계좌취급자에게 제출하여야 한다.

 ②연금계좌취급자는 제1항에 따라 제출받은 과세이연계좌신고서를 원천징수의무자에게 제출하여야 하고 원천징수의무자는 제202조의2제1항의 계산식에 따라 계산한 세액을 환급할 세액으로 하되, 환급할 소득세가 환급하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 원천징수의무자가 기획재정부령으로 정하는 원천징수세액 환급신청서를 원천징수관할세무서장에게 제출하는 경우에는 원천징수관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.

 ③제2항에 따라 환급되는 세액은 과세이연계좌신고서에 있는 연금계좌에 이체 또는 입금하는 방법으로 환급하며, 해당 환급세액은 이연퇴직소득에 포함한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등으로 연금계좌취급자가 과세이연계좌신고서를 원천징수의무자의 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 원천징수 관할 세무서장이 해당 환급세액을 환급신청자에게 직접 환급할 수 있다.

 ④법 제146조제2항에 따라 퇴직소득세를 원천징수하지 않거나 환급한 경우 원천징수의무자는 법 제164조에 따른 지급명세서를 연금계좌취급자에게 즉시 통보하여야 한다.

○소득세법 시행령 제50조【기타소득 등의 수입시기】

 ②퇴직소득의 수입시기는 퇴직한 날로 한다. 다만, 법 제22조제1항제1호 중 「국민연금법」에 따른 일시금과 제42조의2제4항제3호에 따른 퇴직공제금의 경우에는 소득을 지급받는 날(분할하여 지급받는 경우에는 최초로 지급받는 날)로 한다.

○소득세법 제128조【원천징수세액의 납부】

 ①원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

○소득세법 시행령 제185조【원천징수세액의 납부】

 ①법 제127조의 규정에 의한 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 법 제128조의 규정에 의한 기한내에 ｢국세징수법｣에 의한 납부서와 함께 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 하며, 기획재정부령이 정하는 원천징수이행상황신고서를 원천징수 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

○소득세법 제147조【퇴직소득 원천징수시기에 대한 특례】

 ①퇴직소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 사이에 퇴직한 사람의 퇴직소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 퇴직소득을 12월 31일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

 ②원천징수의무자가 12월에 퇴직한 사람의 퇴직소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 퇴직소득을 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

○법인460143-2414 (2000.1.2.)

  귀 질의와 같이 회사에서 파면(해임)한 근로자에 대하여 당초 파면처분을 취소하고 기 지급한 퇴직금을 환수한 경우에는 현실적인 퇴직사유가 원천적으로 소멸되었으므로 기 원천징수납부한 퇴직소득세에 대하여 원천징수이행상황 수정신고서를 작성ㆍ제출하고 조정환급의 방법으로 납부할세액에서 차감하는 것입니다.

○법인46013-1811 (1998.7.4.)

  귀 질의의 경우 현실적인 퇴직으로 퇴직금을 지급받은 근로자가 복직되어 퇴직금을 반납하고 퇴직전의 근로조건을 적용받는 경우에도 기 처리한 퇴직소득세 등에는 영향을 미치지 아니하며, 복직된 직원이 일정기간 후 퇴직하는 경우에 최초 입사일부터 퇴직금을 통산하여 계산하는 경우에도 동 금액에서 기 지급퇴직금을 차감한 금액에 재고용(복직)일부터 최종퇴직일까지의 근속연수를 적용하여 퇴직소득세액을 계산하는 것입니다.

쟁점 기납부 퇴직소득세액의 환급 대상 여부, 당초 원천징수이행상황신고서의 수정제출 필요 여부 등은 「소득세법」제146조 제2항 각 호의 요건 충족 여부, 당초 해고의 취소 여부 등 부당해고 구제신청에 따라 작성한 화해조서의 구체적인 내용 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사안입니다.
법인46013-2414('00.12.19.), 법인46013-1811('98.7.4.) 등 기존 해석사례를 참고하여 주시고, 과세이연 퇴직소득의 환급 절차는 「소득세법 시행령」제202조의2 제1항 및 제202조의3 등 관련 규정을 따르는 것입니다.
또한, 퇴직소득세 원천징수 신고 및 납부는 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 하는 것이며, 「소득세법」제147조에 해당하는 경우 퇴직소득을 지급한 것으로 보는 때에 원천징수하는 것입니다.