사전-2025-법규소득-0896 (2025.10.27)

1. 사실관계

 ○질의인은 00구청 환경미화원으로 근무한 자로, 00구청은 2018년~2021년 귀속 근로소득을 지급할 때 통근수당 등을 통상임금에서 제외하고, 이를 기초로 휴일근무수당 등을 지급

  - 질의인은 2022.1월 체불임금 청구소송을 제기하였고, 본 소송은 통상임금에 통근수당 등을 포함하여 휴일근무수당 등을 추가 지급하라는 법원의 화해권고결정으로 2025.7월 확정됨

  - 2025.7월 00구청은 질의인에게 2018년~2021년 귀속 휴일근무수당 등과 지연손해금을 지급

2. 질의요지

 ○통상임금 관련 소송이 화해권고결정으로 종결됨에 따라 추가로 지급받는 임금 및 지연손해금의 수입시기 및 원천징수 방법

3. 관련 법령

○ 소득세법 제127조 【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

  4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

   가. 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득

   나. 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

　　1) 제120조제1항 및 제2항에 따른 비거주자의 국내사업장과 「법인세법」제94조제1항 및 제2항에 따른 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득

　 2) 국외에 있는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득 중 제156조의7에 따라 소득세가 원천징수되는 파견근로자의 소득

  6. 기타소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

   가. 제8호에 따른 소득

   나. 제21조제1항제10호에 따른 위약금ㆍ배상금(계약금이 위약금ㆍ배상금으로 대체되는 경우만 해당한다)

   다. 제21조제1항제23호 또는 제24호에 따른 소득

 ② 제1항에 따른 원천징수를 하여야 할 자(제1항제3호에 따른 소득의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다.

○소득세법 제134조【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

① 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

 ② 원천징수의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 제137조, 제137조의2 또는 제138조에 따라 소득세를 원천징수하며, 제1호의 경우 다음 연도 2월분의 근로소득에 대해서는 제1항에서 규정하는 바에 따라 소득세를 원천징수한다.

  1. 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때(2월분의 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우에는 2월 말일로 한다. 이하 같다)

  2. 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때

○소득세법 제135조【근로소득 원천징수시기에 대한 특례】

 ①근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 근로소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 12월 31일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

 ② 원천징수의무자가 12월분의 근로소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

○ 소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

 ① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다.

  1.근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가제140조에따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

  2.제1호의종합소득과세표준에기본세율을적용하여 종합소득산출세액을 계산

  3.제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

○소득세법 제145조【기타소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급】

 ① 원천징수의무자가 기타소득을 지급할 때에는 그 기타소득금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다.

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

 ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

  3. 근로수당ㆍ가족수당ㆍ전시수당ㆍ물가수당ㆍ출납수당ㆍ직무수당 기타 이와 유사한 성질의 급여

  9.시간외근무수당ㆍ통근수당ㆍ개근수당ㆍ특별공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여

○소득세법 시행령 제49조【근로소득의 수입시기】

 ① 근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

  1. 급여

   근로를 제공한 날

 ② 도급 기타 이와 유사한 계약에 의하여 급여를 받는 경우에 당해 과세기간의 과세표준확정신고기간 개시일전에 당해 급여가 확정되지 아니한 때에는 제1항제1호의 규정에 불구하고 그 확정된 날에 수입한 것으로 본다. 다만, 그 확정된 날 전에 실제로 받은 금액은 그 받은 날로 한다.

○소득세법 시행령 제50조【기타소득 등의 수입시기】

 ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

  4. 그 밖의 기타소득

   그 지급을 받은 날

○소득세법 기본통칙 20-38…3【부당해고기간의 급여에 대한 소득구분과 귀속연도】

 ① 근로자가 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당 해고기간의 급여를 일시에 지급받는 경우에는 해고기간에 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로 본다.

 ② 제1항의 근로소득에 대하여 당해 원천징수의무자가 다음 각호의 규정에 따라 원천징수를 하는 경우에는 법 제134조 제2항의 규정에 준하여 기한 내에 원천징수한 것으로 본다.

  1.법원의 판결․화해 등 당해 과세기간 경과 후에 있는 경우에는 그 판결․화해 등이 있는 날의 다음달 말일까지 법 제137조 제1항에 따라 연말정산하는 때

  2.법원의 판결․화해 등이 당해 근로소득이 귀속하는 과세기간의 종료일 전에 있는 경우에는 법 제134조 제1항 또는 제2항에 따라 원천징수하는 때

통상임금을 과소산정하여 휴일근무수당 등을 과소지급하였다는 취지의 임금 청구 소송이 법원의 화해권고결정으로 확정됨에 따라, 사용자가 근로자에게 휴일근무수당 등 및 이에 대한 지연손해금을 지급하는 경우,
1.해당 휴일근무수당 등은 ｢소득세법｣ 제20조제1항의 근로소득에 해당하는 것이며, 수입시기는 같은 법 시행령 제49조제1항제1호에 따라 근로를 제공한 날인 것입니다.
2.지연손해금은 ｢소득세법｣ 제21조제1항제10호에 따른 기타소득으로, 수입시기는 같은 법 시행령 제50조제1항제4호에 따라 지급일이 되는 것입니다.
3.사용자는 휴일근무수당 등에 대해 소송이 확정된 날의 다음 달 말일까지 근로를 제공한 해당 과세기간 별로 ｢소득세법｣ 제137조제1항에 따라 연말정산 세액을 원천징수하는 것이며, 지연손해금은 소송 확정에 따라 지급할 때에 원천징수 하는 것입니다.