서면-2021-법령해석소득-4303 (2021.10.14)

 ○ 질의법인은 벤처기업에 해당할 때 임직원에게 주식매수선택권을 부여하였으나, 벤처기업에 해당하지 않게 된 때인 ‘21.6.16. 임직원이 당초 부여받은 주식매수선택권을 행사함

  - 질의법인의 벤처기업 해당기간 : ‘18.3.22 ∼ ’20.3.21

2. 질의내용

 ○임직원이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 ‘벤처기업법’)§2①에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’)으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나, 부여받은 주식매수선택권을 행사할 때 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 된 경우,

- 그 주식매수선택권 행사이익에 대하여 조특법상 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3)의 규정이 적용되는지 여부 및 비과세특례 적용시 그 적용범위

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

○구 조세특례제한법(2017.12.19. 법률15227호로 개정된 것) 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2020년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】(2019.12.31. 법률16835호 개정)

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

②제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제14조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 신청】

 원천징수의무자는 법 제16조의2제1항을 적용하는 경우 기획재정부령으로 정하는 비과세특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례 또는 법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례를 적용받기 위하여 제14조의3에 따른 특례적용대상명세서 또는 제14조의4에 따른 특례적용대상명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 그렇지 않다.

○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ①벤처기업 임원 등이 2021년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

  3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

 ②벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

 ③제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법시행령 제14조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ①법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다.

 ②법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

 ③제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○벤처기업육성에관한특별조치법 제2조【정의】

 ① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

○벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의2【벤처기업의 요건】

 ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

  1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

  (1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)

  (2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

  (3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

  (4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

  (5) 삭제 <2020.2.11>

  (6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자

  (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자

  (8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

 나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.

  1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

  2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

 다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

○중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

 3. 「협동조합 기본법」 제2조에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회, 이종(異種)협동조합연합회(이 법 제2조제1항 각 호에 따른 중소기업을 회원으로 하는 경우로 한정한다) 중 대통령령으로 정하는 자

4. 「소비자생활협동조합법」 제2조에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자

 <이하 생략>

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3【벤처기업의 주식매수선택권】

 ①주식회사인 벤처기업은 ｢상법｣ 제340조의2부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 ｢상법｣ 제434조를 준용한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3【주식매수선택권의 부여방법 등】

 ③주식매수선택권의 행사가격으로 새로 주식을 발행하여 주는 방법으로 주식매수선택권을 부여하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제2항제1호에도 불구하고 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 할 수 있다.

  1.주식매수선택권의 행사가격이 해당 주식의 권면액 이상일 것

  2.부여 당시 시가보다 낮은 행사가격으로 부여받았거나 부여받을 각 주식매수선택권에 대하여 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계가 1명마다 5억원 이하일 것

○소득세법 제20조【근로소득】

 ③근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

 ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

 <중략>

 17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

○소득세법 제21조【기타소득】

 ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득·금융투자소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 <중략>

 22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하‘벤처기업’)으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도, 「조세특례제한법」제16조의2, 제16조의3에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것이며, 같은 법 제16조의2의 요건을 충족하는 경우에 2018.1.1.일부터 2019.12.31.까지 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익 중 연간 2천만원, 2020.1.1.부터 2021.12.31.까지 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 않는 것입니다.