서면-2021-법령해석소득-5539 (2021.10.21)

1. 사실관계

 질의법인은 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 회사로, ’18.10. 벤처기업육성에 관한 특별법§25에 따른 벤처기업확인을 받고 임직원들에게 주식매수선택권을 부여함

2. 질의내용

 ○임직원이 벤처기업육성에 관한 특별조치법§2①에 따른 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나,

-이를 행사할 때 부여한 법인이 벤처기업에 해당하지 않게 된 경우,그 주식매수선택권 행사이익에 대하여 조특법상 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3), 과세특례(§16의4) 규정이 적용되는지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

②제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제14조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 신청】

 원천징수의무자는 법 제16조의2제1항을 적용하는 경우 기획재정부령으로 정하는 비과세특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례 또는 법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례를 적용받기 위하여 제14조의3에 따른 특례적용대상명세서 또는 제14조의4에 따른 특례적용대상명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 그렇지 않다.

○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ①벤처기업 임원 등이 2021년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

  3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

 ②벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

 ③제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

  1.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

  2.해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ②적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 ｢소득세법｣ 제97조제1항제1호에 따른 취득가액으로 한다.

 ④ 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣ 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

  1.적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일

  2.전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

 ⑥적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

귀 사전답변 신청의 경우 다음의 해석사례(2021-법령해석소득-3480,2021.08.31.)를 참고하시기 바랍니다.
「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’)으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도, 「조세특례제한법」제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.