서면-2020-법령해석기본-5632 (2021.06.17)

○2020.4월경 거주자 갑은 비상장법인인 주식회사 A법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사함

○A법인은, A법인발행주식의 매매거래 당사자가 아니므로 매매실례가액을 알 수 없다는 이유로, 회계법인이 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 계산한 금액을 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 보아 주식매수선택권 행사이익(= 주식매수선택권 행사 당시의 시가 – 실제 매수가액) 계산하여 근로소득을 원천징수함

2. 질의내용

○비상장법인 발행주식의 주식매수선택권 행사 시 당초 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항나목 규정의 보충적 평가방법으로 ‘주식매수선택권 행사 당시의 시가’를 산정하여 그 행사이익을 계산하였다가

○추후 과세관청이 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제1항 규정의 시가를 기준으로 행사이익을 재계산한 결과 세액이 증액경정되는 경우, 당초 과소신고한 것에 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

①정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1.제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2.납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○국세기본법 시행령 제28조【가산세의 감면 등】

①법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2.｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3.｢소득세법 시행령｣ 제118조의5제1항에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

①법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17.법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

○소득세법 제24조【총수입금액의 계산】

①거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

②제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제51조【총수입금액의 계산】

⑤법 제24조제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

1.제조업자·생산업자 또는 판매업자로부터 그 제조·생산 또는 판매하는 물품을 인도받은 때에는 그 제조업자·생산업자 또는 판매업자의 판매가액

2.제조업자·생산업자 또는 판매업자가 아닌 자로부터 물품을 인도 받은 때에는 시가

3.법인으로부터 이익배당으로 받은 주식은 그 액면가액

4.주식의 발행법인으로부터 신주인수권을 받은 때(주주로서 받은 경우를 제외한다)에는 신주인수권에 의하여 납입한 날의 신주가액에서 당해신주의 발행가액을 공제한 금액

5.제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가

○소득세법 시행규칙 제22조의2【시가의 계산】

영 제51조제5항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 시가"라 함은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는「상속세 및 증여세법」제63조제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1.｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2.대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

②법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2.｢상속세 및 증여세법｣ 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

○상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】

①법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

○상법 제340조의2【주식매수선택권】

①회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

귀 질의의 사실관계와 같이, 비상장법인의 임직원이 해당 법인의 발행주식에 대한 주식매수선택권을 행사하여 그 행사이익에 대한 근로소득세가 원천징수된 경우로서 해당 법인이 주식매수선택권 행사 당시 시가를 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따라 산정하였으나 추후 과세관청에 의하여 법인세법 시행령 제89조제1항에서 정하는 시가가 확인되어 세액이 증액 경정된 때에는 당초 과소신고에 따른 가산세를 납부하여야 하는 것으로서,
주식매수선택권 행사 임직원이나 주식발행법인이 주식매수선택권 행사 당시 시가를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 위 임직원이나 주식발행법인에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등의 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는지는 사실판단하시기 바랍니다.