사전-2025-법규재산-0391 (2025.06.11)

1. 사실관계

 ○ ’16.11월 A오피스텔^* 분양계약, ’19.7월 준공 및 임대개시

    *’19.7월 단기임대등록, ’23.7월 자동말소, 세무서 사업장소재지는 舊 주민등록상 주소지로 되어 있음

 ○ ’22.07월 B아파트 취득

 ○ ’23.12월 C아파트 분양계약

 ○ ’25.03월 B아파트^* 매매계약 체결 및 6월 잔금 수령 예정

    *소득령§155⑳ 2년 거주기간 요건 충족한 것으로 전제

2. 질의내용

 ○(질의1)세무서 사업자등록증의 임대주택 사업장 소재지가 주민등록 주소지인 경우 소득법§168에 따른 사업자등록을 한 것에 해당하는지 여부

 ○(질의2)자동말소된 장기임대주택(A), 거주주택(B)을 보유하는 1세대가, 분양권(C)을 취득한 날부터 3년 이내, 장기임대주택 말소일부터 5년 이내 거주주택(B)을 양도하는 경우 비과세 가능 여부

3. 관련법령

□소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31, 2020.8.18, 2021.12.8>

  3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 ②1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2021.12.8>

□소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ⑳제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <중략>

  1.거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

  2.장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

 ㉓제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다. <신설 2020.10.7>

  2.｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

□소득세법 시행령(2025.02.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제156조의3【주택과 분양권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】

 ②국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 분양권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1분양권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호, 제2호가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 분양권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

□소득세법 시행령(2025.02.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ①법 제104조제7항제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2025.2.28>

  2.법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). <후략>

□소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

 ①새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 2018.12.31>

 ③이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 ｢부가가치세법｣ 제8조를 준용한다. <개정 2013.6.7.>

□종합소득세 집행기준 168-0-4 【주택임대업의 사업자등록 방법】

  ｢소득세법｣에 따른 사업자등록은 임대주택의 소재지를 사업장으로 해야 하나, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지(사무소 소재지)를 사업장으로 하여 관할세무서장에게 ｢소득세법｣ 제168조에 따라 사업자등록신청을 할 수 있다.

귀 세법해석 사전답변의 사실관계의 같이,
(질의1)｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 임대사업자로 등록한 사업자가 그 등록한 주소지를 사업장으로 하여 관할세무서에 사업자등록 신청을 한 경우 ｢소득세법｣ 제168조에 따라 사업자등록을 한 것으로 보는 것입니다.

(질의2)｢소득세법 시행령｣제155조제20항 각 호의 요건을 충족한 장기임대주택(A) 및 거주주택(B)을 보유한 1세대의 장기임대주택이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제6조제5항에 따라 등록이 말소된 경우로서
2021.1.1. 이후 거주주택(B)을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권(C)을 취득하고 그 분양권(C)을 취득한 날부터 3년 이내, 장기임대주택(A)의 말소일로부터 5년 이내 거주주택(B)을 양도하는 경우
｢소득세법 시행령｣제155조제20항, 제23항 및 같은 영 제156조의3제2항에 따라 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다.