서면-2022-법규소득-3683 (2023.09.21)

1. 사실관계

 ○질의인은 甲과 함께 ’21.7월 「벤처투자 촉진에 관한 법률」(이하 “벤처투자법”)§2⑻에 따른 개인투자조합(이하 “쟁점투자조합”)을 결성하여 사업자등록하였고

  -쟁점투자조합은 조합결성 당시 조합원으로부터 출자받은 2억원(질의인 1억원, 甲 1억원)을 벤처기업 A에 투자함

 ○乙은 ’21.12월 쟁점투자조합의 조합원으로 참여하면서 1억원을 출자하였으며, 쟁점투자조합은 ’22.1월 乙로부터 출자받은 1억원으로 벤처기업 B에 투자함

2. 질의내용

○개인투자조합의 조합원·출자액 변동시 벤처투자조합 출자 등 소득공제의 적용을 위한 투자액의 산정방법

3. 관련법령

 ○조세특례제한법 제16조【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】

 ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

  3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

  4. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우

  5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우

  6. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우

 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 제1항제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

  2. 제1항제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우

  3. 제1항제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

 ③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다.

 ④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제14조【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제】

 ① 법 제16조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁"이란 다음 각호의 요건을 갖춘 신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)을 말한다.

  1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의한 투자신탁(같은 법 제251조에 따른 보험회사의 특별계정을 제외한다. 이하 "투자신탁"이라 한다)으로서 계약기간이 3년 이상일 것

  2. 통장에 의하여 거래되는 것일 것

  3. 투자신탁의 설정일부터 6개월(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항에 따른 사모집합투자기구에 해당하지 않는 경우에는 9개월) 이내에 투자신탁 재산총액에서 다음 각 목에 따른 비율의 합계가 100분의 50 이상일 것. 이 경우 투자신탁 재산총액에서 가목1)에 따른 투자를 하는 재산의 평가액이 차지하는 비율은 100분의 15 이상이어야 한다.

   가. 벤처기업에 다음의 투자를 하는 재산의 평가액의 합계액이 차지하는 비율

    1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 투자

    2) 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 방법으로 하는 투자

   나. 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 않게 된 이후 7년이 지나지 않은 기업으로서 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중소기업 또는 중견기업에 가목1) 및 2)에 따른 투자를 하는 재산의 평가액의 합계액이 차지하는 비율

  4. 제3호의 요건을 갖춘 날부터 매 6개월마다 같은 호 각 목 외의 부분 전단 및 후단에 따른 비율(투자신탁재산의 평가액이 투자원금보다 적은 경우로서 같은 후단에 따른 비율이 100분의 15 미만인 경우에는 이를 100분의 15로 본다)을 매일 6개월 동안 합산하여 같은 기간의 총일수로 나눈 비율이 각각 100분의 50 및 100분의 15 이상일 것. 다만, 투자신탁의 해지일 전 6개월에 대해서는 적용하지 아니한다.

 ② 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액(해당 거주자가 투자한 모든 벤처기업투자신탁의 합계액을 말한다)은 거주자 1명당 3천만원으로 한다.

 ③ 법 제16조제1항제3호에서 "벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우"란 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 이 조에서 "개인투자조합"이라 한다)이 거주자로부터 출자받은 금액을 해당 출자일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 이 조 및 제14조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 같은 법에 따라 투자하는 것을 말한다.

  1. 벤처기업

  2. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2제1항제2호다목에 따른 기업

  3. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 개인투자조합으로부터 투자받은 날(법 제16조의5의 경우에는 산업재산권을 출자받은 날을 말한다)이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 3천만원 이상 지출한 기업. 다만, 직전 과세연도의 기간이 6개월 이내인 경우에는 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비를 1천5백만원 이상 지출한 중소기업으로 한다.

  4. 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제2조제8호의3다목에 따른 기술신용평가업무를 하는 기업신용조회회사가 평가한 기술등급(같은 목에 따라 기업 및 법인의 기술과 관련된 기술성ㆍ시장성ㆍ사업성 등을 종합적으로 평가한 등급을 말한다)이 기술등급체계상 상위 100분의 50에 해당하는 기업

 ④ 제3항에 따라 벤처기업등에 투자한 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ⑤ 법 제16조제1항제6호에서 "창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우"란 제3항제2호부터 제4호까지의 기업의 지분증권에 투자하는 경우를 말한다. 이 경우 "창업 후 3년 이내의 중소기업"은 "창업 후 7년 이내의 중소기업"으로 본다.

 ⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구의 업무집행사원, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 "투자조합관리자등"이라 한다)로부터 기획재정부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 "출자 또는 투자확인서"라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

  1. 「소득세법」 제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 2월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

  2. 제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

 ⑦ 법 제16조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 거주자가 제6항에 따라 출자 또는 투자확인서를 발급받을 때(법 제16조제1항제2호에 해당하는 투자의 경우에는 해당 수익증권에 투자하는 때를 말한다) 투자조합관리자등에게 기획재정부령으로 정하는 소득공제시기 변경신청서를 제출해야 한다.

 ⑧ 투자조합관리자등은 법 제16조제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 기획재정부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제6항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자ㆍ납세조합, 국세청장 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. 원천징수의무자의 휴업 또는 폐업

  2. 납세조합의 해산

  3. 근로자의 퇴직

  4. 「소득세법」 제73조제1항4호에 따른 사업소득만 있는 자의 휴업 또는 폐업

 ⑨ 제8항에 따라 출자지분등 변경통지서를 제출받은 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 해당 거주자가 법 제16조제1항에 따라 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전ㆍ회수나 수익증권의 양도ㆍ환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징해야 한다.

 ⑩ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

  1. 「해외이주법」에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우

  2. 천재ㆍ지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우

  3. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 전문투자조합 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의한 집합투자업자가 해산하는 경우

 ⑪ 제1항에 따라 소득공제를 적용받은 거주자(이하 이 항에서 "투자자"라 한다)에게 법 제16조제2항제2호에 따른 추징사유가 발생한 경우에는 제8항 및 제9항에도 불구하고 해당 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관이 연 300만원을 한도로 벤처기업투자신탁 수익증권의 양도액 또는 환매액에 1천분의 35를 곱한 금액을 추징하여 추징사유 발생일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 납부하고 그 내용을 투자자에게 서면으로 통지해야 한다. 다만, 투자자가 해당 소득공제로 감면받은 세액이 추징하려는 세액에 미달한다는 사실을 증명하는 경우 등 해당 소득공제로 감면받은 세액과 추징세액이 다르다는 사실이 확인되는 경우에는 실제로 감면받은 세액상당액을 추징한다.

 ⑫ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 사유가 발생하여 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 사람은 기획재정부령으로 정하는 특별해지사유신고서를 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관에 제출해야 한다.

 ⑬ 제1항제3호 각 목 외의 부분 후단 및 같은 항 제4호에 따른 요건의 충족 여부를 판단할 때 벤처기업투자신탁이 같은 항 제3호가목1) 또는 2) 중 어느 것에 따라 취득한 주식인지 여부가 불분명한 주식을 매도하는 경우에는 벤처기업투자신탁의 재산총액에서 각각의 주식의 평가액이 차지하는 비율에 비례하여 해당 주식을 각각 매도한 것으로 본다.

귀하께서 우리청에 신청한 서면질의 경우 「기획재정부 금융세제과-295, 2023.9.15.」를 참고하시기 바랍니다.
【기획재정부 금융세제과-295, 2023.9.15.】
[질의] 개인투자조합의 조홥원 및 출자액의 변동이 있는 경우에 벤처투자조합 출자 등 소득공제의 적용을 위한 투자액의 산정방법
(제1안) 과세연도를 기준으로 조특령§14④을 적용
(제2안) 투자시점을 기준으로 조특령§14④을 적용
(제3안) 투자시점을 기준으로 조특령§14④을 적용하되, 조특령§14④에 따라 계산된 금액에서 이미 소득공제가 적용된 개별 거주자의 출자액을 차감

[회신] 귀 질의의 경우 3안이 타당합니다.