사전-2018-법령해석재산-0143 (2018.04.26)

1. 사실관계

 ○ 2010.7. 신청인(이하“갑”)과 배우자(이하“을”)는 00시 00구 00동 단층주택(이하 “A주택”)을 공동으로 취득함(각각 1/2 지분)

 ○ 2010.12. 갑과 을은 **시 **동 ##아파트(이하 “B주택”)를 공동으로 취득함(각각 1/2 지분)

   - B주택은 매매계약서에 관할구청장 확인을 받은「조세특례제한법」제98조의2 또는 제98조의5에 해당하는 미분양주택임을 전제함

 ○ 2017.8. A주택 관리처분계획인가 고시

    * A주택은 1세대1주택 비과세 요건 충족하며 A조합원입주권은 소득법§89②에 따른 조합원입주권임

 ○ 2018.2. A조합원입주권 양도 계약

2. 질의내용

 ○ 1세대가「소득세법」제89조제2항에 따른 1조합원입주권과 일반주택을 보유하다가 1조합원입주권을 양도하는 경우로서 일반주택이「조세특례제한법」제98조의2 또는 같은 법 제98조의5에 따른 과세특례 대상에 해당하는 경우 비과세 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

  4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

　가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

　나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제154조의2【공동소유주택의 주택 수 계산】

  1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다

○ 소득세법 기본통칙 89-154…6【대지와 건물을 세대원이 각각 소유하고 있는 경우 1세대 1주택여부】

  1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 대지와 건물을 동일한 세대의 구성원이 각각 소유하고 있는 경우에도 이를 1세대1주택으로 본다.

○ 조세특례제한법 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】

 ① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "지방 미분양주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조제1항제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

  1. 장기보유특별공제액: 양도차익에「소득세법」제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

  2. 세율: 「소득세법」제104조제1항제1호에 따른 세율

 ② ∼ ③ (생략)

 ④「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 과세표준확정신고와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제98조의5【수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는「소득세법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 2010년 2월 11일 현재 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 2011년 4월 30일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체 등과 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2011년 4월 30일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세에 다음 각 호의 분양가격(「주택법」에 따른 입주자 모집공고안에 공시된 분양가격을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 인하율에 따른 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 다음 각 호의 분양가격 인하율에 따른 감면율을 곱하여 계산한 금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

  1. 분양가격 인하율이 100분의 10 이하인 경우: 100분의 60

  2. 분양가격 인하율이 100분의 10을 초과하고 100분의 20 이하인 경우 : 100분의 80

  3. 분양가격 인하율이 100분의 20을 초과하는 경우: 100분의 100

 ② 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제98조의2【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제98조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.

  1. 「주택법」제54조에 따른 사업주체(이하 이 조에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 11월 2일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2008년 11월 3일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

  2. 2008년 11월 3일까지 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함하며, 이하 이 조에서 같다)을 얻었거나 사업계획승인신청을 한 사업주체가 해당 사업계획승인과 「주택법」제54조에 따라 공급하는 주택(2008년 11월 3일 현재 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지나지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택

 ② 법 제98조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고(법인세 과세표준신고를 포함한다) 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 서류를 제출하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 제1항제1호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 미분양주택 확인서 및 매매계약서 사본

  2. 제1항제2호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 사업계획승인 사실ㆍ사업계획승인신청 사실을 확인할 수 있는 서류 및 매매계약서 사본

○ 조세특례제한법 시행령 제98조의4【수도권 밖의 지역에 있는 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제98조의5제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.

  1. 「주택법」제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2010년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택

   (이하 생략)

「소득세법」제89조제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일 현재 같은 법 같은 조 제1항제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 해당 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 같은 항 제4호가목에 따라 1세대1주택으로 보아 양도소득세를 비과세(양도가액 9억원 초과분은 과세)하는 것입니다.
이 경우 1세대1주택의 비과세를 적용함에 있어「조세특례제한법」제98조의2제1항 또는 같은 법 제98조의5제1항의 규정에 해당하는 미분양주택은 소유주택에서 제외하여 판단하는 것입니다.