사전-2020-법령해석재산-0991 (2021.06.15)

1. 사실관계

○ 신축주택(A)^* : 경기 화성시 소재

  - ’13.10.10. 미분양 계약일, ’15.10.8. 소유권 이전일

    * 해당 주택은 조특법§99의2 과세특례 적용요건을 모두 충족한 것으로 전제함

 ○ 일반주택(B) : 서울 강동구 소재, 배우자와 공동명의

  - ’16.7.20. 매입일, ’16.8.12. 소유권 이전일

  - ’17.6.24. 재건축계약일 (분양가격 599,600천원, 권리가격 462,798천원, 부담금 136,802천원)

  - ’20.6.30. 소유권 보존 등기일

○ ’20.11.30. A주택 양도

2. 질의내용

 ○ (질의1) 조특법§99의2에 따른 신축주택(A)과 일반주택(B)을 보유한 거주자가 A주택 양도시, B주택의 보유가 A주택의 조특법상 특례에 영향을 미치는지

 ○ (질의2) A주택의 5년 양도세 면제 기간 및 5년 초과분에 대한 양도세 계산방법

3. 관련법령 및 관련사례

□소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 등 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19>

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

 ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

 ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1>

 ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법 시행령 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① ∼ ⑥ (생략)

 ⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

□조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

 ① 법 제43조제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액 또는 「법인세법」 제55조의2제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

□소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

□소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】

 ① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 다음 계산식에 따라 계산한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 감면한다. <개정 2016.12.20>

   A : 제104조에 따른 양도소득 산출세액

   B : 감면대상 양도소득금액

   C : 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제

   D : 제92조에 따른 양도소득 과세표준

   E : 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에서 정한 감면율

 ② 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다. <신설 2013.1.1.>

□소득세법 제103조【양도소득 기본공제】

 ① 양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다. <개정 2014.12.23, 2020.12.29>

  1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 소득. 다만, 제104조제3항에 따른 미등기양도자산의 양도소득금액에 대해서는 그러하지 아니하다.

  2. 제94조제1항제3호에 따른 소득

  3. 제94조제1항제5호에 따른 소득

  4. 제94조제1항제6호에 따른 소득

 ② 제1항을 적용할 때 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면소득금액이 있는 경우에는 그 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액 외의 양도소득금액 중에서는 해당 과세기간에 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순서대로 공제한다.

 ③ 제1항에 따른 공제를 "양도소득 기본공제"라 한다.

□소득세법 제92조【양도소득과세표준의 계산】

 ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

 ② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이「조세특례제한법」제99조의2 특례대상 주택(A)과 일반주택(B)를 보유한 거주자가 A주택을 양도하는 경우에도 같은 법 같은 조의 과세특례를 적용받는 것입니다.
또한, A주택을 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 같은 법 제99조의2제1항 및 「소득세법」제90조제2항에 따라 A주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득금액에서 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면하는 것입니다.
이 경우 A주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법 시행령」제40조제1항을 준용하여 다음의 산식에 따라 산출하는 것입니다.
양도소득금액×취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가_취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가_취득 당시의 기준시가