사전-2020-법령해석소득-0142 (2020.03.11)

1. 사실관계

 ○질의법인의 임직원 4명이 2016년 및 2017년에 부여받은 주식매수선택권을 2020년 1월에 행사함

  - 이들 중 3인이 납부특례를 신청하여 질의법인은 납부특례적용신청서를 원천징수 관할 세무서에 제출함

2. 질의내용

 ○「조세특례제한법」제16조의3의 규정에서 원천징수하지 아니한다는 것이 해당 소득에 대해서 지급명세서를 제출하지 아니한다는 의미인지 여부 및 원천징수이행상황신고서 상 지급액에 해당 소득을 포함하는 것인지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ① 벤처기업 임원 등이 2021년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

  3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

 ② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

 ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 제14조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ① 법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다.

 ② 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

 ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○소득세법 제127조 【원천징수의무】

 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

○소득세법 제134조 【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

 ① 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

○소득세법 제145조 【기타소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급】

 ① 원천징수의무자가 기타소득을 지급할 때에는 그 기타소득금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다.

○소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

 ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

○소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】

 ① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다.

  1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

  2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

  3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

○소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

 ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음 달 말일(휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 분기의 마지막 달의 다음 달 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

  1. 이자소득

  2. 배당소득

  3. 원천징수대상 사업소득

  4. 근로소득 또는 퇴직소득

  5. 연금소득

  6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

  7. 대통령령으로 정하는 봉사료

  8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익

 ② 제1항 각 호의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 제1항을 적용하지 아니할 수 있다.

○소득세법 제2조 【납세의무】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

  1. 거주자

  2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

○소득세법 시행령 제214 조 【지급명세서 및 근로소득간이지급명세서 제출의 면제 등 】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대하여는 법 제164조제1항을 적용하지 아니한다.

  1. 법 제12조제5호의 규정에 따라 비과세되는 기타소득. 다만, 제19조제3항제3호에 따른 금액 및 물품은 제외한다.

  2. 법 제21조제1항제2호에 해당하는 기타소득으로서 1건당 당첨금품의 가액이 10만원 이하인 경우

  2의2. 법 제12조제3호가목부터 사목까지, 카목, 타목, 하목, 너목, 러목 및 버목의 소득

  2의3. 제12조제2호부터 제4호까지 및 제8호의 소득

  3. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 소득

○소득세법 시행규칙 제97조 【지급명세서제출의무의 면제】

 영 제214조제1항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 법 제21조제1항제4호에 해당하는 기타소득으로서 1건당 환급금이 500만원 미만(체육진흥투표권의 경우 10만원 이하)인 경우

  2. 법 제84조에 따라 소득세가 과세되지 아니하는 기타소득. 다만, 법 제21조제1항제15호 및 제19호에 따른 기타소득을 제외한다.

  3. 영 제184조의2제1호의2의 규정에 의한 안마시술소에서 제공하는 용역에 대한 소득으로서 안마시술소가 소득세를 원천징수하는 소득

○소득세법 시행령 제185조 【원천징수세액의 납부】

 ① 법 제127조의 규정에 의한 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 법 제128조의 규정에 의한 기한내에 「국세징수법」에 의한 납부서와 함께 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 하며, 기획재정부령이 정하는 원천징수이행상황신고서를 원천징수 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

 ② 제1항의 원천징수이행상황신고서에는 원천징수하여 납부할 세액이 없는 자에 대한 것도 포함하여야 한다.

「조세특례제한법」제16조의3의 규정에 따라 주식매수선택권 행사이익에 대해서 납부특례 적용을 신청한 경우 주식매수선택권 행사이익에 대해서는 원천징수하지 아니하는 것이나, 지급명세서 및 원천징수이행상황신고서에는 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 신고하는 것입니다.