사전-2021-법령해석소득-0607 (2021.04.29)

1. 사실관계

○신청인은 벤처기업육성에 관한 특별조치법§2①에 따른 벤처기업에 재직중이며,

 -벤처법인은 ’00.0.0. 주주총회 결의를 거쳐 신청인들을 포함한 21명의 임직원들에게 000주, 총 000,000원의 주식매수선택권을 부여하고 행사기간은 ’00.0.0. 부터 ’00.0.0.로 정함

 ○조특법§16의4에 따른 쟁점특례가 적용되기 위해서는, 주식매수선택권 행사 前 전용계좌개설 및 특례적용신청서 제출하는 등 법정된 기한 내에 조특령§14의4②,③이 정하는 절차적 요건을 준수하여야 하는 바,

 -신청인은 ’00.0.0. 주식매수선택권을 행사하였으나, 벤처법인에서 추후 양도시 양도소득세로 납부할 수 있다는 안내만 믿고 행사한 것으로 절차적 요건 등에 대해 안내받지 못하여 이를 이행하지 아니함

  -신청인은 ’00.00월경에서야 과세특례 적용을 위한 절차적 요건을 알게 되었고, 특례적용명세서 등을 제출하는 등 사후적으로 절차적 요건을 이행함

2. 질의내용

○조특령§14의4②,③이 정하고 있는 절차적 요건을 법정된 기한내에 충족하지 못한 경우, 조특법§16의4 과세특례 적용이 가능한지 여부

3. 관련법령

 ○조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

 ①벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는「소득세법」제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

   1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

   2.해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ②적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ③제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을「소득세법」제97조제1항제1호에 따른 취득가액으로 한다.

 ④제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을「법인세법」제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

   1.적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일

   2.전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

 ⑥적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다.

 ⑧제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청·운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제127조【원천징수의무】

 ①국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

 ①법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

  17.법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

○소득세법 제134조 【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

 ①원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

○소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】

 ①원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

귀 사전답변 신청의 경우,「조세특례제한법」제16조의4제1항에 따라 주식매수선택권 행사시에 소득세가 과세되지 않기 위해서는 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하는 등 「조세특례제한법 시행령」제14조의4가 정하는 바에 따라 신청하여야 하는 것입니다.