서면-2022-법규재산-0208 (2022.03.30)

1. 사실관계

 ○ ’04. 6월 고양 소재 A아파트 취득

 ○ ’09.10월 서울 소재 B주택 취득

 ○ ’18. 1월 B주택 임대사업자등록(단기, 4년)

 ○ ’22. 1월 B주택 임대주택등록 자동말소

 ○ ’22년 이후 B주택 양도 예정

2. 질의내용

 ○ 임대사업자등록 자동말소 후 장기임대주택을 양도하는 경우 양도소득세 중과세율 적용 배제 혜택을 받기 위해서는 말소 이후에도

  - ①양도 당시 임대하고 있어야 하는지, ②양도일까지 임대료 증액상한(5%)을 준수해야 하는지, ③양도일까지 세무서 사업자등록을 유지해야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득으로 산출세액으로 한다.

  1. ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

  2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

  3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

  4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2018.10.23, 2020.2.11, 2021.2.17>

 1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

 2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

○ 소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2020.2.11, 2020.10.7., 2021.2.17., 2022.2.15>

  1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, ｢지방자치법｣ 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 ｢세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법｣ 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

   가. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

   나.(생략)

   다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다.

   라. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

 　 1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

 　 2) 5년 이상 임대하는 것일 것

  　3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

 　 4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

 　 5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시ㆍ군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시ㆍ군에 있는 경우에 한정한다)}

　 6) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)한 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택이 아닐 것

 　 7) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택이 아닐 것

   마. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.

　　1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득한 조정대상지역에 있는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]

　　2) 2020년 7월 11일 이후 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

　　3) 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택

 ③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2005.2.19.>

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

  3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

  5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다

  6. 삭제 <2020.8.18> (☜ 단기민간임대주택 폐지)

  7. “임대사업자”란 ｢공공주택 특별법｣ 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 주택을 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말하며, 기업형임대사업자와 일반형임대사업자로 구분한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조【임대사업자 등록의 말소】

 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

  11. 제43조에도 불구하고 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

 ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제43조【임대의무기간 및 양도 등】

 ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

 ④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

  1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

  2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2제1항제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우

  3. 제6조제1항제11호에 따라 말소하는 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조【민간임대주택의 임대의무기간 등】

 ① 법 제43조제1항에서 “임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점”이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

  2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다

○ 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전) 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

  6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

귀 서면질의 신청의 경우, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정(이하 “해당 목”이라 함)에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정하며, 이하 “쟁점주택”이라 함)을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 후 양도하는 경우, 등록이 말소된 후 양도일 현재까지 쟁점주택을 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호 각목 외의 부분 본문과 해당 목에서 정하는 바에 따라 임대하지 않더라도 같은 법 제104조제7항에 따른 세율을 적용하지 않는 것입니다.