사전-2025-법규소득-1221 (2026.01.30)

1. 사실관계

 ○ 신청인은 연금저축계좌 가입 후 매년 소득세법 제59조의3제1항 단서에 따른 연금계좌세액공제 한도액 6백만원에 미달하도록 연금보험료를 납입

 ○ 기타 소득공제 및 세액공제 항목들로 인해 연금계좌세액공제를 받지 않음

2. 관련법령

 ○소득세법 제59조의3 【연금계좌세액공제】

  ① 종합소득이 있는 거주자가 연금계좌에 납입한 금액 중 다음 각 호에 해당하는 금액을 제외한 금액(이하 "연금계좌 납입액"이라 한다)의 100분의 12[해당 과세기간에 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하는 종합소득금액이 4천 500만원 이하(근로소득만 있는 경우에는 총급여액 5천 500만원 이하)인 거주자에 대해서는 100분의 15]에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제한다.

     다만, 연금계좌 중 연금저축계좌에 납입한 금액이 연 600만원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 하고, 연금저축계좌에 납입한 금액 중 600만원 이내의 금액과 퇴직연금계좌에 납입한 금액을 합한 금액이 연 900만원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

   1. 제146조제2항에 따라 소득세가 원천징수되지 아니한 퇴직소득 등 과세가 이연된 소득

   2. 연금계좌에서 다른 연금계좌로 계약을 이전함으로써 납입되는 금액

  ② 제1항에 따른 공제를 "연금계좌세액공제"라 한다.

 ○소득세법 시행령 제118조의3 【연금계좌세액공제 한도액 초과납입금 등의 해당 연도 납입금으로의 전환 특례】

  ① 연금계좌 가입자가 이전 과세기간에 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 법 제59조의3에 따른 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액이 있는 경우로서 그 금액의 전부 또는 일부를 해당 과세기간에 연금계좌에 납입한 연금보험료로 전환하여 줄 것을 연금계좌취급자에게 신청한 경우에는 법 제59조의3을 적용할 때 그 전환을 신청한 금액을 제40조의3제2항에도 불구하고 연금계좌에서 가장 먼저 인출하여 그 신청을 한 날에 다시 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료로 본다. 이 경우 전환을 신청한 금액은 그 신청한 날에 연금계좌에 납입한 연금보험료로 보아 제40조의2제2항 각 호의 요건을 충족하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 전환을 신청한 금액에 대한 연금계좌세액공제의 계산은 법 제59조의3제1항 각 호 외의 부분을 따른다.

 ○소득세법 시행령 제40조의3 【연금계좌의 인출순서 등】

  ① 연금계좌에서 일부 금액이 인출되는 경우에는 다음 각 호의 금액이 순서에 따라 인출되는 것으로 본다.

   1. 법 제20조의3제1항제2호 각 목에 해당하지 아니하는 금액(이하 "과세제외금액"이라 한다)

   2. 이연퇴직소득

   3. 법 제20조의3제1항제2호나목부터 라목까지의 규정에 따른 금액

  ② 과세제외금액은 다음 각 호의 순서에 따라 인출되는 것으로 본다. 다만, 제4호는 제201조의10에 따라 확인되는 금액만 해당하며, 확인되는 날부터 과세제외금액으로 본다.

   1. 인출된 날이 속하는 과세기간에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료(제2호에 해당하는 금액은 제외한다)

   2. 인출된 날이 속하는 과세기간에 해당 연금계좌에 납입한 법 제59조의3제3항에 따른 전환금액

   3. 해당 연금계좌만 있다고 가정할 때 해당 연금계좌에 납입된 연금보험료로서 법 제59조의3제1항 단서에 따른 연금계좌세액공제의 한도액(이하 이 조에서 "연금계좌세액공제 한도액"이라 한다)을 초과하는 금액이 있는 경우 그 초과하는 금액

   4. 제1호부터 제3호까지에서 정한 금액 외에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액

  ③ 인출된 금액이 연금수령한도를 초과하는 경우에는 연금수령분이 먼저 인출되고 그 다음으로 연금외수령분이 인출되는 것으로 본다.

  ④ 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제 한도액 이내의 연금보험료는 납입일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간 개시일(납입일이 속하는 과세기간에 연금수령 개시를 신청한 날이 속하는 경우에는 연금수령 개시를 신청한 날)부터제1항제3호 중 법 제20조의3제1항제2호나목에 따른 세액공제를 받은 금액으로 본다.

  ⑤ 연금계좌의 운용에 따라 연금계좌에 있는 금액이 원금에 미달하는 경우 연금계좌에 있는 금액은 원금이 제1항에 따른 인출순서와 반대의 순서로 차감된 후의 금액으로 본다.

 ○소득세법 시행령 제40조의2 【연금계좌 등】

  ② 연금계좌의 가입자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 법 제59조의3제1항에 따른 연금계좌 납입액(제118조의3에 따라 연금계좌에 납입한 것으로 보는 금액을 포함하며, 이하 "연금보험료"라 한다)으로 볼 수 있다.

   1. 다음 각 목의 금액(다목 및 라목에 따라 연금계좌로 납입하는 총 누적금액의 합계액은 1억원을 한도로 한다)을 합한 금액 이내(연금계좌가 2개 이상인 경우에는 그 합계액을 말한다)의 금액을 납입할 것. 이 경우 해당 과세기간 이전의 연금보험료는 납입할 수 없으나, 보험계약의 경우에는 최종납입일이 속하는 달의 말일부터 3년 2개월이 경과하기 전에는 그 동안의 연금보험료를 납입할 수 있다.

    가. 연간 1천800만원

    나. 법 제59조의3제3항에 따른 전환금액[「조세특례제한법」제91조의18에 따른 개인종합자산관리계좌(이하 "개인종합자산관리계좌"라 한다)의 계약기간 만료일 기준 잔액을 한도로 개인종합자산관리계좌에서 연금계좌로 납입한 금액을 말한다. 다만, 직전 과세기간과 해당 과세기간에 걸쳐 납입한 경우에는 개인종합자산관리계좌의 계약기간 만료일 기준 잔액에서 직전 과세기간에 납입한 금액을 차감한 금액을 한도로 개인종합자산관리계좌에서 연금계좌로 납입한 금액을 말한다]

    다. 국내에 소유한 주택(이하 이 조에서 "연금주택"이라 한다)을 양도하고 이를 대체하여 다른 주택(이하 이 조에서 "축소주택"이라 한다)을 취득(연금주택을 양도한 거주자의 배우자가 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 목에서 같다)하거나 취득하지 않은 거주자로서 다음의 요건을 모두 충족하는 거주자가 연금주택 양도가액에서 축소주택 취득가액(취득하지 않은 경우에는 0으로 한다)을 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 하며, 이하 이 조에서 "주택차액"이라 한다) 중 연금계좌로 납입하는 금액

     1) 연금주택 양도일 현재 거주자 또는 그 배우자가 60세 이상일 것

     2) 연금주택 양도일 현재 거주자 및 그 배우자가 국내에 소유한 주택을 합산했을 때 연금주택 1주택만 소유하고 있을 것. 다만, 연금주택을 양도하기 전에 축소주택을 취득한 경우로서 축소주택을 취득한 날부터 6개월 이내에 연금주택을 양도한 경우에는 연금주택 양도일 현재 연금주택 1주택만 소유하고 있는 것으로 본다.

     3) 연금주택 양도일 현재 연금주택의 법 제99조에 따른 기준시가가 12억원 이하일 것

     4) 축소주택의 취득가액이 연금주택의 양도가액 미만일 것(축소주택을 취득한 경우에만 해당한다)

     5) 연금주택 양도일부터 6개월 이내에 주택차액을 연금주택 소유자의 연금계좌로 납입할 것

    라. 국내에 소유한 토지 또는 건물(이하 이 조에서 "연금부동산"이라 한다)을 양도한 거주자로서 다음의 요건을 모두 충족하는 거주자가 연금부동산의 양도가액에서 연금부동산의 취득가액을 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 하며, 이하 이 조에서 "연금부동산 양도차액"이라 한다) 중 연금계좌로 납입하는 금액

     1) 연금부동산 양도일 현재 거주자가 「기초연금법」제2조제3호에 따른 기초연금 수급자일 것

     2) 연금부동산 양도일 현재 거주자 및 그 배우자가 1주택 또는 무주택 세대의 구성원일 것

     3) 연금부동산 양도일 현재 연금부동산을 보유한 기간이 10년 이상일 것

     4) 연금부동산 양도일부터 6개월 이내에 연금부동산 양도차액을 연금부동산 소유자의 연금계좌로 납입할 것

   2. 연금수령 개시를 신청한 날(연금수령 개시일을 사전에 약정한 경우에는 약정에 따른 개시일을 말한다) 이후에는 연금보험료를 납입하지 않을 것

○소득세법 시행령 제201조의10 【과세제외금액 확인을 위한 소득ㆍ세액 공제확인서의 발급 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "연금소득자등"이라 한다)이 과세제외금액(공적연금소득의 경우 과세제외기여금등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 있어 이를 확인받으려는 경우에는 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서를 관할 세무서장에게 신청하여 발급받은 후 그 확인서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

   1. 공적연금 관련법에 따른 각종 연금 및 일시금을 수령하려는 사람

   2. 연금계좌에서 인출하려는 사람

   3. 법 제21조제1항제18호에 따른 기타소득을 지급받으려는 사람

  ② 제1항에 따라 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서를 제출받은 원천징수의무자는 연금보험료 등의 납입액(이미 과세제외금액으로 확인된 금액은 제외하며, 이하 이 조에서 "확인대상납입액"이라 한다)이 소득공제 및 세액공제를 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

  ③ 제1항에 따라 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서를 제출받은 원천징수의무자(연금계좌취급자로 한정한다)는 「조세특례제한법」제89조의2제1항에 따른 세금우대저축자료 집중기관을 통하여 연금소득자등이 가입한 다른 연금계좌의 납입내역이 확인되는 경우 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 금액 중 적은 금액을 해당 연금계좌의 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

   1. 해당 연금계좌의 확인대상납입액과 다른 연금계좌의 확인대상납입액의 합계액이 세액공제 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액

   2. 해당 연금계좌의 확인대상납입액

  ④ 제1항의 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서는 재정경제부령으로 정하며, 연금소득자등이 연금보험료 등 소득ㆍ세액 공제확인서와 연금납입확인서의 발급을 신청한 경우 관할 세무서장과 연금계좌취급자는 즉시 발급하여야 한다.

  ⑤ 연금계좌취급자는 연금소득자등이 연금계좌를 해지한 이후에도 제4항에 따라 연금납입확인서를 발급하기 위해 필요한 연금납입 정보를 별도의 기간 제한 없이 보유해야 한다.

귀 사전답변 신청의 경우, 연금계좌 가입자가 이전 과세기간에 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 ｢소득세법｣ 제59조의3에 따른 연금계좌 세액공제를 받지 아니한 금액이 있는 경우로서 그 금액의 전부 또는 일부를 해당 과세기간에 연금계좌에 납입한 연금보험료로 전환하여 줄 것을 연금계좌취급자에게 신청한 경우, 그 전환을 신청한 금액을 ｢소득세법 시행령｣ 제40조의3제2항에도 불구하고 연금계좌에서 가장 먼저 인출하여 그 신청을 한 날에 다시 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료로 보는 것입니다.