기준-2022-법무법인-0018 (2022.08.29)

1. 사실관계

○ A공단은 ｢산업재해보상보험법｣(이하 ‘산재보상법’) 제10조에 의해 설립된 고용노동부 산하 준정부기관 비영리법인으로

  - 업무상 재해를 입은 근로자 등의 진료·요양 및 재활사업 등을 위해 산재병원 및 재활케어센터 등을 운영^*하고 있으며

    * 전국 10개 병원(인천, 안산, 창원, 순천, 대전, 태백, 동해, 대구, 정선, 경기요양병원)을 운영

  - 수익사업에 해당하는 산재병원 등에서 발생하는 진료수입에 대해 법인세를 신고·납부하고 있음

○ 2020년A공단의 산재병원은 코로나19 감염병 전담병원(2개소, 창원·대구)과 선별진료소(9개소, 창원, 인천 등)로 각각 지정되어 운영되었으며

  - 해당병원에서 발생하는 비용에 대하여 보건복지부로부터 보상청구 방식으로 손실보상금(이하 ‘쟁점보상금)을 수령하였는데 코로나19 전담병원 중 창원병원의 쟁점보상금은 다음과 같음

[쟁점보상금 청구 및 수령 내역]

(원)

 ○ 쟁점보상금은 코로나19 전담병원 및 선별진료소 운영에 따른 직접비용과 기회비용으로 구분되어 아래 방식으로 산출되며

[선별진료소 쟁점보상금 산출]

[전담병원 쟁점보상금 산출]

  - 보건복지부는 코로나19 감염병 전담병원의 환자 치료를 위해 시설비와 장비비를 우선 지원하고

  - 병원 소개(疏開)로 수입이 없어 운영에 어려움을 겪는 전담병원 등에 손실보상을 목적으로「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」(이하 ‘감염병관리법’) 제36조 및 제70조에 따라 손실 일부를 어림셈^*으로 지급함

    * 손실의 일부를 개산(槪算:어림셈)으로 지급하고, 추후 세부 산정기준을 마련하여 최종 손실보상을 진행할 예정

 ○ 손실보상금 청구 및 지급 절차는 감염병관리기관(병원, 이하 ‘쟁점의료법인’)에서 보건복지부(건강보험심사평가원)에 손실보상금을 청구하고, 심사 및 손실보상심의위원회 결정(심평원)을 통해 지급됨

[보건복지부 보상지침 주요내용]

2. 질의내용

 ○ 코로나19 전담병원(선별진료소)으로 지정된 병원이 국가로부터 수령한 손실보상금을 수익사업 소득에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다

  1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

    (중략)

 ③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다.

○법인세법 기본통칙 4-3…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

  비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

   1. 수익사업에 속하는 것

   가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입

   나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입

     (중략)

  2. 비수익사업에 속하는 것

   가. 징발보상금

   나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입

   다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다)

   라. 외국원조수입 또는 구호기금수입

   마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액

○ 법인세법 제113조【구분경리】

 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

 ① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

 ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

 ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조【감염병관리기관의 지정 등】

 ① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.

 ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.

 ④ 보건복지부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.

 ⑤ (이하생략)

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】

 ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.

  1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

  1의2. 제39조의3에 따른 접촉자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

   2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실

   3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실

   4. 제47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실

   5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민건강보험법」제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실

 ② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.

 ④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】

 ① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.

 ② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다.

 ③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다.

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 [별표 2의2]

 1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치․운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실

  가. 감염병관리시설의 설치․운영으로 발생하는 비용

  나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료·진료·격리로 시설·장비·인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실: 해당 의료기관이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료·치료·격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 치료·진료·격리로 시설·장비·인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용

  나. 치료·진료·격리로 인해 시설·장비·인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

귀 과세기준 신청의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-343, 2022.8.29.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-343, 2022.8.29.
의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은「법인세법｣제4조제3항에 따른 ‘수입사업에서 생기는 소득’에 해당하지 않는 것입니다.