서면-2023-원천-0687 (2024.05.02)

1.사실관계

○A직원은 B회사에서 2021.10월 우리사주를 출자(조합원 자금)하여 400만원 소득공제를 받았으나 2022.12월 퇴사하였으며, 퇴사시 우리사주를 인출하지 않고 2023.3월 인출을 하였음, 해당 직원은 2023년 3월 기준 타 회사에 재직 중이 아님

2.질의내용

○(질의1) 조세특례제한법 제88조의4 및 기존 예규에 따르면 B회사에서 인출일(2023.3월) 현재 근로소득으로 보아 원천징수를 하고 세금 신고가 필요하다고 해석됨, 2023.3월 귀속 원천징수이행상황신고서상 중도퇴사(A02)에 포함시켜 신고하고 지급명세서도 작성해서 신고해야 하는 건지?

○(질의2) 기존 예규에 따르면 소득세법 제50조에 따른 기본공제 등을 적용하지 않고 소득세법 제55조 제1항에 따른 세율을 적용해야 한다는 해석이 있음, 그렇다면 기본공제뿐만 아니라 근로소득공제, 종합소득공제, 그 밖의 소득공제, 세액감면, 세액공제 등 모든 정산을 반영하지 않고 400만원에 대한 6%를 적용한 소득세를 납부해야 하는 건지?

○(질의3) 국세청에서 운영하는 홈택스에서는 기본공제 등을 적용하지 않은 직원A의 지급명세서를 신고하는 것이 불가능한데, 행정해석을 변경을 요청해도 될까요? 아니면 서면(종이)으로 작성 후 관할세무서에 행정해석과 함께 우편신고를 해야 하는 걸까요?

3.질의내용

○조세특례제한법 제88조의4【우리사주조합원 등에 대한 과세특례】

 ①｢근로복지기본법｣에 따른 우리사주조합원(이하 "우리사주조합원"이라 한다)이 우리사주를 취득하기 위하여 같은 법에 따른 우리사주조합(이하 "우리사주조합"이라 한다)에 출자하는 경우에는 해당 연도의 출자금액과 400만원(제16조 제1항 제3호에 따른 벤처기업등의 우리사주조합원의 경우에는 1천500만원) 중 적은 금액을 해당 연도의 근로소득금액에서 공제한다.

 ⑤우리사주조합원이 우리사주조합으로부터 배정받은 우리사주를 인출하는 경우에는 인출하는 우리사주에서 다음 각 호의 우리사주를 제외한 것(이하 이 조에서 "과세인출주식"이라 한다)에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "인출금"이라 한다)을 ｢소득세법｣ 제20조에 따른 근로소득으로 보고 소득세를 부과한다. 이 경우 그 소득의 수입(收入)시기는 그 우리사주의 인출일로 하고, 해당 법인은 인출금에 ｢소득세법｣ 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 원천징수하여야 한다.

 ○소득세법 제55조【세율】

 ①거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

4.관련예규

 ○기획재정부 소득세제과-1059(2023.12.4.)

   조세특례제한법 제88조의4제5항에 따라 우리사주조합으로부터 배정받은 우리사주를 조합원이 아닌 자가 인출하는 경우 과세인출주식에 대한 수입시기는 우리사주조합원의 지위를 상실하게 된 시점입니다.

(질의1) 조세특례제한법 제88조의4 제5항에 따라 우리사주조합으로부터 배정받은 우리사주를 우리사주 조합원이 아닌 자가 인출하는 경우 인출주식에 대한 수입시기는 우리사주조합원의 지위를 상실하게 된 시점(기획재정부 소득세제과-1059, 2023.12.4.)이므로, 2023.3월이 아닌 퇴사시점인 2022.12월 귀속으로 원천징수이행상환신고서의 중도퇴사란에 작성하여 신고해야하며, 지급명세서는 다음 해 3월 10일까지 제출해야 합니다.
(질의2) 기존 예규*에서 “소득세법 제50조에 따른 기본공제 등을 적용하지 아니하고 소득세법 제55조 제1항에 따른 세율을 적용한다“의 의미는 종합소득세 신고와 같이 기본공제 등을 적용하여 계산된 과세표준에 세율을 곱한 금액을 원천징수하는 것이 아니라, 조세특례제한법 제88조의4 제5항에 따라 인출금에 소득세법 제55조 제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액을 우리사주조합원의 지위를 상실하게 된 시점(퇴사시점)에 원천징수한다는 의미입니다.
* 원천세과-893(2010.11.27.), 원천세과-621(2010.7.29.)
(질의3) 따라서, 행정해석 변경사항은 없음을 알려드립니다.