서면-2015-법령해석소득-0858 (2016.10.06)

○거주자 A가 2011년 가입한 연금저축계좌에서 2015년 1월 1,500만원(과세제외 400만원, 과세대상 1,100만원)을 중도 인출하는 시점에 과세대상 1,100만원에 대해 15%의 기타소득세(165만원)를 원천징수하였음.

○향후 거주자 A가 2015년 7월 국세청에서 발급받은 ‘연금보험료등 소득·세액공제확인서’를 제출하여 아래와 같이 소득원천이 변경됨

2. 질의내용

○연금계좌에서 일정금액을 과세대상 금액으로 인출 후 사후에 일부금액이 과세제외금액으로 확인되는 경우 처리방법

  - (1안) 추후 인출할 금액에 반영(기존에 과다 원천징수한 금액은 환급하지 않음)

  - (2안) 변경된 소득원천 금액을 기 인출한 금액에 소급하여 반영(기존에 과다 원천징수하였던 400만원에 대해 환급)

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법 제20조의3 【연금소득】

 ① 연금소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 공적연금 관련법에 따라 받는 각종 연금(이하 "공적연금소득"이라 한다)

  2. 다음 각 목에 해당하는 금액을 그 소득의 성격에도 불구하고 연금계좌["연금저축"의 명칭으로 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌(이하 "연금저축계좌"라 한다) 또는 퇴직연금을 지급받기 위하여 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌(이하 "퇴직연금계좌"라 한다)를 말한다. 이하 같다]에서 대통령령으로 정하는 연금형태 등으로 인출(이하 "연금수령"이라 하며, 연금수령 외의 인출은 "연금외수령"이라 한다)하는 경우의 그 연금

   가. 제146조제2항에 따라 원천징수되지 아니한 퇴직소득

   나. 제59조의3제1항에 따라 세액공제를 받은 연금계좌 납입액

   다. 연금계좌의 운용실적에 따라 증가된 금액

   라. 그 밖에 연금계좌에 이체 또는 입금되어 해당 금액에 대한 소득세가 이연(移延)된 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

  3. 제2호에 따른 소득과 유사하고 연금 형태로 받는 것으로서 대통령령으로 정하는 소득

 ③ 연금소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(제2항에 따라 연금소득에서 제외되는 소득과 비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 "총연금액"이라 한다)에서 제47조의2에 따른 연금소득공제를 적용한 금액으로 한다.

 ④ 연금소득의 범위 및 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제40조의3 【연금계좌의 인출순서 등】

 ① 연금계좌에서 일부 금액이 인출되는 경우에는 다음 각 호의 금액이 순서에 따라 인출되는 것으로 본다.

  1. 법 제20조의3제1항제2호 각 목에 해당하지 아니하는 금액(이하 "과세제외금액"이라 한다)

  2. 이연퇴직소득

  3. 법 제20조의3제1항제2호나목부터 라목까지의 규정에 따른 금액

 ② 과세제외금액은 다음 각 호의 순서에 따라 인출되는 것으로 본다. 다만, 제3호는 제201조의10에 따라 확인되는 금액만 해당하며, 확인되는 날부터 과세제외금액으로 본다.

  1. 인출된 날이 속하는 과세기간에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료

  2. 해당 연금계좌만 있다고 가정할 때 해당 연금계좌에 납입된 연금보험료로서 법 제59조의3제1항 단서에 따른 연금계좌세액공제의 한도액(이하 이 조에서 "연금계좌세액공제 한도액"이라 한다)을 초과하는 금액이 있는 경우 그 초과하는 금액

  3. 제1호 및 제2호 외에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액

 ③ 인출된 금액이 연금수령한도를 초과하는 경우에는 연금수령분이 먼저 인출되고 그 다음으로 연금외수령분이 인출되는 것으로 본다.

 ④ 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제 한도액 이내의 연금보험료는 납입일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간 개시일(납입일이 속하는 과세기간에 연금수령 개시를 신청한 날이 속하는 경우에는 연금수령 개시를 신청한 날)부터 제1항제3호 중 법 제20조의3제1항제2호나목에 따른 세액공제를 받은 금액으로 본다.

 ⑤ 연금계좌의 운용에 따라 연금계좌에 있는 금액이 원금에 미달하는 경우 연금계좌에 있는 금액은 원금이 제1항에 따른 인출순서와 반대의 순서로 차감된 후의 금액으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제201조의10【과세제외금액 확인을 위한 소득·세액 공제확인서의 발급 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "연금소득자등"이라 한다)이 과세제외금액(공적연금소득의 경우 과세제외기여금등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 있어 이를 확인받으려는 경우에는 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서를 관할 세무서장에게 신청하여 발급받은 후 그 확인서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

  1. 공적연금 관련법에 따른 각종 연금 및 일시금을 수령하려는 사람

  2. 연금계좌에서 인출하려는 사람

  3. 법 제21조제1항제18호에 따른 기타소득을 지급받으려는 사람

 ② 제1항에 따라 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서를 제출받은 원천징수의무자는 연금보험료 등의 납입액(이미 과세제외금액으로 확인된 금액은 제외하며, 이하 이 조에서 "확인대상납입액"이라 한다)이 소득공제 및 세액공제를 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

 ③ 연금소득자등이 다른 연금계좌(연금수령이 개시되거나 해지된 연금계좌는 제외한다)의 연금납입확인서를 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서와 함께 제출하는 경우 원천징수의무자는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 금액 중 적은 금액을 해당 연금계좌의 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

  1. 해당 연금계좌의 확인대상납입액과 다른 연금계좌의 확인대상납입액의 합계액이 세액공제 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액

  2. 해당 연금계좌의 확인대상납입액

 ④ 제1항의 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서는 기획재정부령으로 정하며, 연금소득자등이 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서와 연금납입확인서의 발급을 신청한 경우 관할 세무서장과 연금계좌취급자는 즉시 발급하여야 한다.

연금계좌에서 일부금액을 인출할 때, 「소득세법 시행령」제40조의3 제2항 제1호 및 제2호 외에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 「소득세법」제59조의3의 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액은 같은 법 시행령 제201조의10에 따라 과세제외금액으로 확인되는 날부터 같은 법 시행령 제40조의3 제1항에 따른 인출순서를 적용받는 것입니다.