서면-2025-원천-4358 (2026.05.11)

1. 사실관계

○ 질의인 소속 학교 금강대학교는 일반대학원(석사박사학위) 운영

○ 일반대학원 수료 후 논문지도 및 논문 심사를 받기 위해 수료생은 연구등록비 납부(수업료의 15%에 해당)

○ 금강대학교 대학원 학칙 제46조의2

- 대학원 수료 후 논문지도 및 논문심사를 받고자 하는 자는 연구등록생으로 등록을 하여야 한다.

- 연구등록생은 대학원위원회에서 정한 소저의 연구등록비(학기당 수업료의 15%)를 납부하여야 한다.

- 연구등록생은 기숙사, 도서관 등 학교의 시설물을 자유로이 이용할 수 있다.

2. 질의내용

○ 수료생의 연구등록비가 소득세법 제59조의4제3항 및 소득세법 시행령 제118조의6제1항 교육비 공제에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○소득세법 제59조의4【특별세액공제】

 ③ 근로소득이 있는 거주자가 그 거주자와 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니하되, 제3호나목의 기관에 대해서는 과세기간 종료일 현재 18세 미만인 사람만 해당한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 교육비를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100분의 15에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득 산출세액에서 공제한다. 다만, 소득세 또는 증여세가 비과세되는 대통령령으로 정하는 교육비는 공제하지 아니한다.

   2. 해당 거주자를 위하여 지급한 다음 각 목의 교육비를 합산한 금액

    나. 대학(전공대학, 원격대학 및 학위취득과정을 포함한다) 또는 대학원의 1학기 이상에 해당하는 교육과정과 「고등교육법」 제36조에 따른 시간제 과정에 지급하는 교육비

○고등교육법 제36조【시간제 등록】

 ① 대학(산업대학, 전문대학 및 원격대학을 포함한다)은 제33조제1항의 입학자격이 있는 사람에게 시간제로 등록하여 그 대학의 수업을 받게 할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 시간제로 등록할 수 있는 사람의 선발방법과 등록인원 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제118조의6【교육비 세액공제】

 ① 법 제59조의4제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 교육비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 교육비를 말한다.

  1. 수업료ㆍ입학금ㆍ보육비용ㆍ수강료 및 그 밖의 공납금

4. 관련예규･판례

○ 서면법규과-282(2014.03.26.) 대학교에 납부하는 항공운항과 비행실습비는 소득세법 제52조제3항에 따른 교육비공제 대상 교육비에 해당하지 않는 것임

○ 서면법규과-1267(2013.11.19.) 대학교에 납부하는 석사․박사 학위논문심사료는 소득세법 제52조제2항에 따른 교육비공제대상 교육비에 해당하지 않는 것입니다.

5. 회신문안

1. 항상 국세행정에 협조해 주셔서 감사드리며, 귀하께서 ’25.12.01. 제출하신 서면질의사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.

2. 대학원 연구등록생의 연구등록비는 소득세법 제59조의4제3항에 따른 교육비 세액공제 대상에 해당하지 않습니다.

대학원 연구등록생의 연구등록비는 소득세법 제59조의4제3항에 따른 교육비 세액공제 대상에 해당하지 않습니다.