사전-2025-법규재산-1184 (2026.06.16)

1. 사실관계

○ 甲법인은 소프트웨어 개발업을 영위하는 법인임

 ○ 甲법인의 주주는 A, B, C, D, E 5인(이하 “매도인들”이라 하며 A, D, E를 “이해관계인”이라 한다)으로 구성되어 있으며 매도인들은 2024.4.19. 매도인들이 보유한 주식을 주식회사 乙법인에게 양도하는 계약(이하 “원 주식 매매계약”)을 다음과 같이 체결 (단위 : 백만원, 주)

  * 매매대금은 ^①계약금, ^②거래종결일 지급금, ^③현물지급금, ^④Earn-out 대금으로 구분되며, 현물지급금은 양수법인의 발행 신주로 지급

 ○ 원 주식 매매계약은 거래종결 이후 이해관계인들에게 재직의무, 경업금지, 영업유지, 비밀유지 등의 조건을 규정하고 있으며, 이 중 재직의무는 거래종결일로부터 3년이 되는 날까지 甲법인에 전속으로 상근하여야 하며 특히 신청인은 甲법인의 대표이사로 재직할 것을 규정(재직 시 처우는 임원선임계약에서 정하는 바에 따름)

 ○ 또한, 신청인을 비롯한 이해관계인은 거래종결일로부터 4년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 매 사업연도별로 甲법인의 조정영업이익이 10억원 이상 발생하였을 경우 조정영업이익의 25%를 추가 매매대금(“이하 Earn-out 대금”)으로 지급받기로 하였으며 구체적인 지급 내용은 다음과 같음

○ 이 후에도 Earn-out 대금의 규모 및 지급조건과 관련하여 신청인과 乙법인 사이에 새로운 합의가 진행되었으며 Earn-out 대금의 지급시기와 산정방법을 변경하는 2, 3차 변경 합의가 있었음

○ 20XX.08월 제3차 변경합의에 따라 20XX년 4월과 20XX년 4월에 지급받기로 한 Earn-out 대금이 확정되었고 20XX·20XX년 분 Earn-out 대금은 지급되었으며 제3차 변경합의 이후 신청인을 비롯한 이해관계인은 대상회사에서 모두 퇴사하였음

2. 질의내용

○ 양도계약 체결 시 양도일 이후 성과에 연동하여 지급하는 Earn-out 대금이 양도가액에 포함되는지 여부 및 Earn-out 대금의 지급시기와 지급금액이 확정되었으나 지급시기가 도래하지 않은 경우 양도소득세 신고 시기

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제21조【기타소득】

① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 17. 사례금

□ 소득세법 기본통칙 21-0…5 【알선수수료 등의 소득구분】

 ② 법 제21조 제1항 제17호에 규정하는 사례금에는 다른 소득에 속하지 아니하는 것으로서 다음 각호의 것을 포함한다.

  1.의무없는 자가 타인을 위하여 사무를 관리하고 그 대가로 지급받는 금품. 다만, 그 의무없는 자가 타인을 위하여 실지로 지급한 비용의 청구액은 제외한다.

  2.근로자가 자기의 직무와 관련하여 사용자의 거래선 등으로부터 지급받는 금품. 이 경우「상속세 및 증여세법」의 규정에 의하여 증여세가 과세되는 것은 제외한다.

  3.재산권에 관한 알선수수료 외의 계약 또는 혼인을 알선하고 지급받는 금품

□ 소득세법 제88조【정의】

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

  가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

  나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

  다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

 5. "실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

□ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

□ 소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

□ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법 제119조【비거주자의 국내원천소득】

비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

  12. 국내원천 기타소득: 제1호부터 제8호까지, 제8호의2, 제9호부터 제11호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

   가. ~ 카. 생략

   타. 가목부터 카목까지의 규정 외에 국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 받은 경제적 이익으로 인한 소득(국가 또는 특별한 법률에 따라 설립된 금융회사등이 발행한 외화표시채권의 상환에 따라 받은 금액이 그 외화표시채권의 발행가액을 초과하는 경우에는 그 차액을 포함하지 아니한다) 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

□ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

□ 소득세법 시행령 제173조【양도소득 과세표준 확정신고】

④ 양도소득과세표준 확정신고를 한 자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인한 수용보상가액과 관련하여 제기한 행정소송으로 인하여 보상금이 변동됨에 따라 당초 신고한 양도소득금액이 변동된 경우로서 소송 판결 확정일이 속하는 달의 다음 다음 달 말일까지 추가신고ㆍ납부한 때에는 법 제110조의 기한까지 신고ㆍ납부한 것으로 본다.

□ 소득세법 기본통칙 98-162…1【잔금청산일이 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일과 다른 경우 양도 또는 취득의 시기】

① 매매계약서 등에 기재된 잔금지급약정일보다 앞당겨 잔금을 받거나 늦게 받는 경우에는 실지로 받은 날이 잔금청산일이 된다.

② 제1항을 적용함에 있어서 잔금을 소비대차로 변경한 경우는 소비대차로의 변경일을 잔금청산일로 한다.

□ 소득세법 기본통칙 98-162…4【잔금을 어음이나 기타 이에 준하는 증서로 받은 경우 양도․취득시기】

잔금을 어음이나 기타 이에 준하는 증서로 받은 경우 어음등의 결제일이 그 자산의 잔금청산일이 된다.

□ 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 특수관계자가 아닌 자에게 비상장주식을 양도하면서 잠정합의된 양도가액을 먼저 수령하고 주식발행법인의 조정 영업이익이 일정 금액 이상인 경우 조정 영업이익의 일정 비율에 해당하는 금액을 추가적으로 지급받는 조건으로 약정하여 양도하는 경우로서, 지급조건의 충족으로 추가로 수령한 금액이 당초 양도한 주식의 양도와 대가관계에 있는 경우, 추가 수령한 금액은 양도가액에 포함되는 것이며, 양도일 이후 추가로 수령한 금액에 대해서는 조건의 충족으로 그 대가를 받기로 한 날에 양도가액을 경정하여 수정신고 하는 것입니다.
다만, 추가 수령한 금액이 당초 양도한 주식과 대가관계에 있는지 여부는 추가 지급 약정을 설정한 경위, 지급 조건의 내용, 지급 당시 조건 충족 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.