서면-2023-원천-0346 (2023.09.13)

1. 사실관계

○ 제가 속한 회사에서는 연말정산시에 퇴직연금과 기부금이 모두 있을 경우, 기부금을먼저 공제하고 퇴직연금을 나중에 공제하여 이월될 수 있는 기부금이 사라지고 있음

○ 회사담당자와 시스템을 운영하는 측에서는 기부금을 먼저 공제하는 것이 맞다고 하고 국세청으로부터 교육을 받은데로 프로그램을 설계하고 운영하고 있다고 함

2. 질의내용

 ○ 기부금과 퇴직연금이 있을 때 공제순서를 어떻게 하는 것이 맞는 것인가요?

3. 관련법령

○소득세법 제60조【세액감면 및 세액공제 시 적용순위 등】

① 조세에 관한 법률을 적용할 때 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 다음 각 호의 순서로 한다.

 1. 해당 과세기간의 소득에 대한 소득세의 감면

 2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 과세기간 중에 발생한 세액공제액과 이전 과세기간에서 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

○소득세법 제61조【세액감면액 및 세액공제액의 산출세액 초과 시의 적용방법 등】

① 제59조의4 제1항부터 제3항까지 및「조세특례제한법」제95조의2의 규정에 따른 세액공제액의 합계액이 그 거주자의 해당 과세기간의 대통령령으로 정하는 근로소득에 대한 종합소득산출세액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

② 제59조의2에 따른 자녀세액공제액, 제59조의3에 따른 연금계좌세액공제액, 제59조의4에 따른 특별세액공제액, 「조세특례제한법」 제76조 및 같은 법 제88조의4제13항에 따른 세액공제액의 합계액이 그 거주자의 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득산출세액(제62조에 따라 원천징수세율을 적용받는 이자소득 및 배당소득에 대한 대통령령으로 정하는 산출세액은 제외하며, 이하 이 조에서 "공제기준산출세액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다. 다만, 그 초과한 금액에 기부금 세액공제액이 포함되어 있는 경우 해당 기부금과 제59조의4 제4항 제2호에 따라 한도액을 초과하여 공제받지 못한 기부금은 해당 과세기간의 다음 과세기간의 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세기간에 이월하여 제59조의4 제4항에 따른 율을 적용한 기부금 세액공제액을 계산하여 그 금액을 공제기준산출세액에서 공제한다.

③ 이 법 또는「조세특례제한법」에 따른 감면액 및 세액공제액의 합계액이 해당 과세기간의 합산과세되는 종합소득산출세액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 보고, 그 초과하는 금액을 한도로 연금계좌세액공제를 받지 아니한 것으로 본다. 다만, 제58조에 따른 재해손실세액공제액이 종합소득산출세액에서 다른 세액감면액 및 세액공제액을 뺀 후 가산세를 더한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

소득세법 제60조에 따라 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우, 그 적용순위는 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 다음에 이월공제가 인정되는 세액공제를 적용하는 것이며, 이월공제가 인정되는 세액공제는 기부금 세액공제, 외국납부세액공제, 연금계좌세액공제가 있습니다. 또한, 소득세법 제61조 제3항에서 감면 및 세액공제액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 보고, 그 초과하는 금액을 한도로 연금계좌세액공제를 받지 아니한 것으로 봅니다.