기준-2017-법령해석소득-0020 (2017.04.17)

1. 사실관계

 ○ (질의 1) 질의인은 환자의 장기요양 급여 신청에 필요한 의사소견서 발급비용에 대한 부담금을 의료기관에 지급하며 통상 청구일의 다음달 15일, 30일 2회에 걸쳐 지급함

  - 의사 소견서 발급비용은 건당 32,890원(본인부담 20%, 질의인 부담 80% (=26,312원))으로 1건을 기준으로 보면 원천징수세액이 789원(26,312원 × 3%)에 불과하여 소액 부징수에 해당하는 것이나,

  - 질의인은 의료기관의 청구 및 지급방법에 따라 소액 부징수로 보아 원천징수를 하지 않거나 원천징수를 하는 경우가 발생함

 ○ (질의 2) 질의인은 기초생활수급자 등을 위한 의료급여비용에 대한 청구액을 지방자치단체를 대신하여 의료기관에 지급하고 있음

  - 의료급여비용은 시군구별로 예치된 예탁금 범위 내에서 지급되며, 시군구별로 구분계리함

  - 질의인은 의료급여비용을 지급할 때 시군구별로 구분하여 지급하며, 시군구별로 지급 결정된 금액을 기준으로 소액 부징수 여부를 판단함

2. 질의내용

 ○ (질의 1) 국민건강보험공단(이하 ‘공단’)이 의사 소견서 발급비용에 대한 공단부담금을 의료업자 등에게 지급하고 이에 대하여 원천징수하는 경우

  - 소득법§86에 따른 소액 부징수 해당 여부를 판단함에 있어 의료업자 등이 청구한 각 건별로 해당여부를 판단하여야 하는 것인지, 각 건별 청구와 관련 없이 매 지급시점에 공단이 의료업자 등에게 지급하는 지급액의 합계액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지 여부

 ○ (질의 2) 국민건강보험공단이 지방자치단체의 의료 급여비용 지급업무를 지방자치단체로부터 위임받아 의료업자 등에게 의료 급여비용을 지급하고 이에 대하여 원천징수 하는 경우

  - 소득법§86에 따른 소액 부징수 해당 여부를 판단함에 있어 각 지방자치단체별로 구분된 지급액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지, 각 지방자치단체별 지급액과 관련 없이 의료 급여비용 지급업무를 위임받은 공단이 의료업자 등에게 지급하는 각 지방자치단체의 의료급여 비용 지급액의 합계액을 기준으로 판단하여야 하는 것인지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

 ② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

  1. 원천징수하는 소득세․법인세 : 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

○ 국세기본법 제22조【납세의무의 확정】

 ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

 ② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

  3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

○ 소득세법 제86조【소액 부징수】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 소득세를 징수하지 아니한다.

  1. 제127조(같은 조 제1항제1호는 제외한다)에 따른 원천징수세액이 1천원 미만인 경우

○ 소득세법 제127조【원천징수의무】

 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

  3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다)

 ② 제1항에 따른 원천징수를 하여야 할 자(제1항제3호에 따른 소득의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 "원천징수의무자"라 한다.

○ 소득세법 시행령 제184조【원천징수대상 사업소득의 범위】

 ① 법 제127조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사업소득"이란 「부가가치세법」 제26조제1항제5호 및 제15호에 따른 용역의 공급에서 발생하는 소득을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

  1. ∼ 2. (생략)

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

  1.「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만,「국민건강보험법」제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

○ 소득세법 제144조【사업소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급】

 ① 원천징수의무자가 원천징수대상 사업소득을 지급할 때에는 그 지급금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수하고, 그 사업소득의 금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 기획재정부령으로 정하는 원천징수영수증을 사업소득자에게 발급하여야 한다.

귀 과세기준자문의 경우, 국민건강보험공단이 의료기관에 의사소견서 발급비용에 대한 공단부담금을 지급함에 있어「소득세법」제86조의 규정에 의한 소액 부징수 해당여부는 의료기관의 청구방식과 관계없이 공단이 매 지급일에 당해 의료기관에 지급하는 지급액의 합계액을 기준으로 판단하는 것이며,
또한, 국민건강보험공단이 지방자치단체장으로부터 의료급여비용 지급업무를 위임받아 의료기관에 의료급여비용을 지급하는 경우 국민건강보험공단은 의료급여비용을 지급하는 자로서「소득세법」제127조에 따른 원천징수의무자에 해당하며,「소득세법」제86조의 규정에 의한 소액 부징수 해당여부는 지방자치단체별로 지급금액을 구분하여 판단하는 것이 아니라 공단이 매 지급일에 당해 의료기관에 지급하는 지급액의 합계액을 기준으로 판단하는 것입니다.