기준-2021-법무법인-0229 (2022.07.01)

1. 사실관계

○ A법인(사업양수법인)은 2017.8월 설립되어 2018.2월 B법인(사업양도법인)의 ○○공장을 양수받음

○ A법인은 2020사업연도 법인세 신고 시 사업양수부문 관련 통합투자세액공제를 적용하면서 B법인의 투자금액도 포함하여 ‘직전 3년간 연평균 투자금액’을 산정하였으나

  - 설립 이후 A법인이 직접 투자한 금액만을 직전 3년간 연평균 투자금액으로 재산정함에 따라

  - 양수받은 사업 관련 신성장 사업화 시설투자비용, ○○공장 신설 및 확장, 사업용 유형자산, 연구·시험투자, 근로자복지증진 투자비용 관련 공제세액을 적용하여 2021.10월 법인세 경정청구함

2. 질의내용

 ○ 사업양수법인이 ｢조세특례제한법｣제24조의 통합투자세액공제를 적용하는 경우 제1항 제2호의 추가공제금액 산정 시

  - 해당 과세연도의 ‘직전 3년간 연평균 투자금액’에 사업양수 전 사업양도법인의 투자금액 포함 여부 및 투자기간 계산방법

  《직전 3년간 연평균 투자금액 산정내역 비교 예시》

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  2. 공제금액

   가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.

   나. 추가공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】

 ② 법 제24조제1항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 토지와 건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 말한다.

 ③ 법 제24조제1항제1호나목에서 "가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

  2. 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

 ④ 법 제24조제1항제2호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

  1. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하에서 "신성장사업화시설"이라 한다)

  2. 별표 7 제6호 가목1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」제8조 부칙에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비

 ⑤∼⑦ (생략)

 ⑧ 법 제24조 제1항 제2호 나목에 따른 3년간 연 평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

 ⑨ 법 제24조 제1항 제2호 나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연 평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.

○조세특례제한법시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

 ⑭ 제1항 및 제2항을 적용할 때 투자의 개시시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 국내ㆍ국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때

  2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)

  3. 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 수입승인을 얻은 때

  4. 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착수한 때에 포함하지 아니한다.

  5. 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.

○조세특례제한법 제146조【감면세액의 추징】

  제8조의3제3항, 제24조, 제26조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은「소득세법」제76조 또는「법인세법」제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○조세특례제한법 시행령 제137조【감면세액의 추징】

 ① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병,「법인세법」제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

  2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우

  3. 국가ㆍ지방자치단체 또는「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우

 ② 법 제146조의 규정에 의한 이자상당가산액은 공제받은 세액에 제1호의 기간 및 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

  1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음날부터 법 제146조의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간

  2. 1일 10만분의 25의 율

○조세특례제한법 제26조【임시투자세액공제】(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

  2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

○ 조세특례제한법 시행령 제23조【임시투자세액공제】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

 ② 법 제26조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 과세연도"란 제1항에 따른 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

 ③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항을 준용한다.

 ④ 법 제26조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 율"이란 다음 각 호에 해당하는 율을 말한다.

  1. 사업용자산이 수도권과밀억제권역에 있는 경우: 100분의 3

  2. 사업용자산이 수도권과밀억제권역 밖에 있는 경우: 100분의 10

 ⑤ 법 제26조제1항제2호에 따른 3년간 투자한 금액의 연평균투자액의 계산은 다음 산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

 ⑥ 제5항의 산식 중 해당 과세연도개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.

 ⑦ 제5항의 산식을 적용할 때 개월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

 ⑧ 제5항에 따라 계산한 3년간 투자한 금액의 연평균투자액이 없는 경우에는 법 제26조제1항제2호에 따른 초과하는 금액도 없는 것으로 한다.

 ⑨ 법 제26조제1항제2호를 적용할 때 해당 과세연도에 투자한 금액에서 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 뺀 금액이 2009년 5월 21일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하여 해당 과세연도에 투자한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

 ⑪ 제1항부터 제10항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 국내・국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때

  2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)

  3. 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 수입승인을 얻은 때

  4. 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착수한 때에 포함하지 아니한다.

  5. 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.

귀 과세기준의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 조세특례제도과-467, 2022.6.30.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-467, 2022.6.30.
사업양수도 방법으로 사업을 양수한 법인이 ｢조세특례제한법｣ 제24조에 따라 통합투자 세액공제를 적용하는 경우 같은 법 제1항 제2호의 추가공제금액을 계산함에 있어 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액에 대한 산정방법
(1안) 사업양도인이 투자한 금액을 포함하지 아니하고 산정
(2안) 사업양도인이 투자한 금액을 포함하여 산정
질의의 경우 2안이 타당합니다.