법인세과-119 (2014.03.13)

1. 질의내용

 ○ 사업소득이 없는 비영리내국법인이 주식양도소득에 대해 소득세법을 준용하여 예정신고하는 경우 이자․배당소득도 적용할 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○ 질의비영리법인은 법인세법§3③1호에 규정하는 수익사업은 없으나 이자․배당소득이 있으며, 주식의 양도소득에 대하여 법인세§62조의2 규정의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용할 예정임

3. 관련 법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ② (생략)

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

  5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

  6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

  7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

 ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③～⑤ (생략)

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

① 법 제62조의2제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주식등"이란 「소득세법」 제94조제1항제4호나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조제1항제1호·제5호에 규정된 자산을 말한다. <개정 2005.2.19, 2011.6.3>

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 소득세법 제92조【양도소득과세표준의 계산】

① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 2. (생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1>

1. ～ 10. (생략)

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

   양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등

   양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

   양도소득 과세표준의 100분의 20

4. 관련 사례

○ 법인세과-606, 2009.5.25.

  비영리내국법인은 각 사업연도의 소득과 ｢법인세법｣ 제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대하여 법인세의 납세의무가 있는 것으로, 비영리내국법인이 같은 법 제3조제3항각호 및 같은 법 시행령 제2조제1항의 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 발생하는 각 사업연도의 소득에 대하여 같은 법 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것임

○ 서면2팀-988, 2006.5.30.

  법인세법 제62조의 2 규정에 의거 같은 법 제3조 제1항 제1호의 규정에 의한 사업소득이 없는 비영리 내국법인이 같은 조 제2항 제4호와 5호의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 신고납부하는 방법과 소득세법 제92조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고·납부하는 방법 중 법인이 선택에 따라 적용 받을 수 있으며 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업년도 단위별로 적용하는 것임

「법인세법」 제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업이 없는 비영리내국법인이 같은 조 제3항제4호의 수입으로서 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는
「법인세법」 제62조의2 규정에 의거 같은 법 제60조제1항의 규정에 의하여 신고․납부하는 방법과 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 양도소득세율을 적용하여 신고․납부하는 방법 중 법인의 선택에 따라 신고할 수 있으며, 자산양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것임