서면-2020-법령해석재산-4367 (2021.03.10)

1. 사실관계

 ○ ㈜□□은 금융업 관련 회사의 지배 및 경영관리 등을 영위하는 비상장법인임

 ○㈜□□의 ‘19.12월말 재무상태표상 총자산 ***억원 중 투자자산인 지분법적용투자주식이 ***억원으로 91.69%를 차지하고 있으며,

  - 해당 지분법적용투자주식에는 코스닥시장에 주권을 상장한 법인인 A회사가 발행한 주식 *,***,***주[(주)□□ 지분율 45.22%]가 포함됨

 ○ 신청인은 ㈜□□의 지분 40%를 보유하고 있어 해당 법인의 대주주로, 보유 주식에 대한 국외전출세 과세표준 신고 예정

2. 질의내용

 ○ 신청인이 보유 중인 비상장법인에 대한 국외전출세 과세표준 계산 시 양도가액인 출국일 당시 시가를 ｢소득세법｣ 제99조제1항제4호 및 동법 시행령 제165조제4항에 따른 비상장주식에 대한 기준시가 산정방법으로 평가할 때, 비상장법인이 보유하고 있는 상장주식가액을 순자산가치에 반영하는 방법

3. 관련법령

○ 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제118조의9【거주자의 출국 시 납세의무】

 ① 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 출국하는 거주자(이하 "국외전출자"라 한다)는 제88조제1호에도 불구하고 출국 당시 소유한 제94조제1항제3호가목 및 나목, 같은 항 제4호다목 및 라목에 해당하는 주식등을 출국일에 양도한 것으로 보아 양도소득에 대하여 소득세를 납부할 의무가 있다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31>

  1. 출국일 10년 전부터 출국일까지의 기간 중 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이상일 것

  2. 출국일이 속하는 연도의 직전 연도 종료일 현재 소유하고 있는 주식등의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주에 해당할 것

 ② 삭제 <2018.12.31>

 ③ 국외전출자의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제118조의10【국외전출자 국내주식등에 대한 과세표준의 계산】

 ① 제118조의9제1항에 따른 주식등(이하 "국외전출자 국내주식등"이라 한다)의 양도가액은 출국일 당시의 시가로 한다. 다만, 시가를 산정하기 어려울 때에는 그 규모 및 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따른다.

 ②～⑥ (생략)

○ 소득세법 시행령(2021.02.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제178조의9【출국일 시가 등】

 ① 법 제118조의10제1항 본문에 따른 시가는 법 제118조의9제1항에 따른 국외전출자(이하 “국외전출자”라 한다)의 출국일 당시의 해당 주식등의 거래가액으로 한다.

 ② 법 제118조의10제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 구분에 따른 방법을 말한다.

  1. 주권상장법인의 주식등:법 제99조제1항제3호, 제5호 및 제6호에 따른 기준시가

  2. 주권비상장법인의 주식등:다음 각 목의 방법을 순차로 적용하여 계산한 가액

   가. 출국일 전후 각 3개월 이내에 해당 주식등의 매매사례가 있는 경우 그 가액

   나. 법 제99조제1항제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기준시가

○ 소득세법 제99조【기준시가의 산정】

 ① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31>

  1.～2. (생략)

  3. 제94조제1항제3호가목에 따른 주식등(대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등은 대통령령으로 정하는 것만 해당한다): ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항제1호가목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 가목 중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월"은 "양도일ㆍ취득일 이전 1개월"로 본다.

  4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호나목에 따른 주식등

　 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제1항제1호나목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다.

  5.～7. (생략)　

 ②～⑥ (생략)

○ 소득세법 시행령 제165조【토지․건물외의 자산의 기준시가 산정】

 ①～② (생략)

 ③ 법 제99조제1항제3호 전단 및 같은 항 제4호 전단에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인"이란 각각 코스닥시장 또는 코넥스시장에 주권을 상장한 법인을 말하며, 법 제99조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제52조의2제3항에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 같은 항 중 "평가기준일 전후 2개월"은 "양도일ㆍ취득일 이전 1개월"로 한다. <개정 2005.2.19, 2010.2.18, 2013.8.27, 2018.2.13>

 ④ 법 제99조제1항제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22, 2010.2.18, 2017.2.3, 2018.2.13>

  1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율(법 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다)로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 적은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 평가액으로 한다.

  가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ ｢금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율

  나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

  2. 제1호를 적용하는 경우 법 제99조제1항제4호의 주식등(이하 이 호에서 "비상장주식등"이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에도 불구하고 ｢법인세법 시행령｣ 제74조제1항제1호마목에 따른 취득가액에 따를 수 있다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.

  가. 법 제110조에 따른 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

  나. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 1년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 중에 있는 법인의 주식등

  다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(｢법인세법｣상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등

  4. 제1호나목을 적용하는 경우 "발행주식총수"는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다.

 ⑤～⑪ (생략)

귀 서면질의의 경우, ｢소득세법｣(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제118조의9 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 출국하는 거주자가 ｢소득세법 시행령｣(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제178조의9 제2항 제2호 나목에 따라 출국일 당시 국외전출세 과세대상 비상장주식의 시가를 평가하는 경우, 해당 비상장주식 발행법인의 순자산가치를 계산함에 있어 해당 비상장법인이 보유하는 상장주식은 같은 영 제165조 제4항 제1호 나목에 따라 출국일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 비상장법인의 장부가액으로 하는 것입니다.