서면-2025-자본거래-4810 (2026.04.10)

1. 사실관계

 ○ 신청인은 비상장법인 주식을 처분할 예정으로 소득세법 상 주권비상장법인 대주주의 범위와 관련하여 직전사업연도 종료일 현재 시가총액이 10억원과 50억원 중 어떤 것인지 질의함

2. 관련법령

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 1 ~ 2. (생략)

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

 가. (생략)

 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제157조【주권상장법인의 대주주의 범위 등】

 ① (생략)

 ② 제1항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식의 비율 또는 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인을 대주주로 본다. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 대주주로 본다.

 1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상인 경우

 2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 50억원 이상인 경우

 ③ 법 제94조제1항제3호나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주"란 제167조의8제1항제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 호의 구분에 따른 관계에 있는 자(이하 이 장에서 "주권비상장법인기타주주"라 한다)의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 제2항제2호의 기준에 해당하는 경우의 해당 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주를 말한다.

 1. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

 2. 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

 가. 직계존비속

 나. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

 다. 「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항제1호에 해당하는 자

○ 소득세법 시행령 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 1. ~ 10. (생략)

 11.제94조제1항제3호가목 및 나목에 따른 자산

 가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식등

 1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득과세표준의 100분의 30

 2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

 나. 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등

 1) 중소기업의 주식등: 양도소득과세표준의 100분의 10

 2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득과세표준의 100분의 20

○ 소득세법 시행령 제167조의8 【대주주의 범위】

 ① 법 제104조제1항제11호가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

 1. 주권상장법인대주주

 2. 주권비상장법인의 주주로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

 가.주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계가 100분의 4 이상인 경우 해당 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재 100분의 4에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율 합계가 100분의 4 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 주권비상장법인기타주주를 포함한다.

「소득세법」 제94조 제1항 제3호 나목에서 규정하는 대주주는 같은법 시행령 제157조 제3항에 따른 대주주인 것이며, 「소득세법」 제104조 제1항 제11호에서 규정하는 주권비상장법인의 대주주는 같은법 시행령 제167조의8 제1항 제2호에 따른 대주주인 것입니다.