기준-2021-법무법인-0122 (2022.08.17)

1. 사실관계

○ A법인은 ’10.6.3. ㈜△△△으로부터 농업사업부문을 물적분할하여 설립된 후 살충제 등을 제조하고 있으며

  -’16.4.15. ㈜□□□이 A법인의 지분 100%를 취득함에 따라 기업집단에 속하는 계열회사임

○A법인은 ’10.6.3. 적격물적분할로 설립하면서 아래의 비사업용 토지를 승계받아 취득한 후

[ A법인의 비사업용 토지 양도 현황 ]

(백만원)

 -1필지는 ’15사업연도, 그 외 10필지는 ’19사업연도에 양도하면서 ｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’를 적용하여 법인세액 69백만원을 추가 납부하였음

 ○A법인은 ’09.3.16.부터 ’12.12.31.까지 취득한 자산의 양도소득은 ｢법인세법｣(’09.5.21. 개정된 것) 부칙 제4조에 따라

  - ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례’가 적용되지 않는다며 과다납부한 법인세에 대하여 경정청구함

2. 질의내용

 ○ 분할신설법인이 적격물적분할에 의하여 2010년에 분할법인으로부터 승계취득한 부동산을 양도함에 따라 ｢법인세법｣ 제55조의2 ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례’를 적용하는 경우 부칙 제4조 적용 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

   가. ｢소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

   나. ｢소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

   다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

  2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

  1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

  2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

  3.「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

 ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

부칙 <법률 제9673호, 2009.5.21., 2010.12.31. 개정>

제4조【토지등 양도소득세 대한 과세특례에 관한 특례】2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지등양도소득에 대한 과세특례】(2013.11.5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것)

 ④ 법 제55조의2제4항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

  1. ｢도시개발법」 그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는「소득세법 시행령」제152조의 규정에 의한 것으로 한다.

  2. 적격분할·적격물적분할·적격현물출자·조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

  3.「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득

  4. 주택을 신축하여 판매(「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득

   가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및「주택건설기준 등에 관한 규정」제2조제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)

   나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

  5. 그 밖에 공공목적을 위한 양도 등 기획재정부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】(2013.11.5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것)

 ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

  2. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

  3∼5. (생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】(2013.11.5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것)

  법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

   가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

   가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

   가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

   나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 법인세법 제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】(2010.1.1. 법률 제9898호로 개정된 것) * 10.7.1일 분할하는 분부터 적용

 ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(同項第2號의 경우 전액이 株式이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제84조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】 (2012.2.2. 대통령령 제22589호로 개정된 것)

 ① 법 제47조제1항에 따라 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 해당 주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ③ 법 제47조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(분할등기일이 속하는 사업연도의 경우에는 분할등기일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 해당 주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다.

  1. 분할법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 취득한 분할신설법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항제1호에 따라 처분한 분할신설법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율

  2. 분할신설법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 분할법인으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 호에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(분할등기일 현재의 승계자산의 시가에서 분할등기일 전날 분할법인이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율

귀 과세기준의 경우 기획재정부 해석(기획재정부 조세법령운용과-495, 2022.7.12.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세법령운용과-882,2022.8.10.
분할신설법인이 ｢법인세법｣제47조 제1항에 따른 적격물적분할로 인하여 2010년에 승계한 토지를 양도하는 경우 같은 법 제55조의2 제1항 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’ 규정과 관련하여 부칙 제4조(2009.5.21. 신설)를 적용하는지 여부
(1안) 적용 가능
(2안) 적용 안됨
질의의 경우 2안이 타당합니다.