서면-2019-법인-2861 (2020.07.08)

1. 사실관계

 ○㈜OO식품(이하 “질의법인”이라 함)은 곤약 가공식품제조를 주업으로 하는 법인으로2016년 한국산업기술진흥협회의 승인을 얻어 사내 연구전담부서를 설립하여 운영 중임

 ○질의법인의 주력상품인 ‘OOO 곤약’, ‘XX곤약’ 등의 제품은 2019년 △△시에서 선정하여 △△시장이 인증하는 ‘△△ 우수식품’에 선정되었음

2. 질의내용

 ○ 질의법인이 연구전담부서 연구원에게 지급하는 중식보조비, 자녀보육수당, 야근식대보조비 등의 금액을 연구·인력개발비 세액공제 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

  가. 기업유형에 따른 비율

   1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

   2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

  나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

○조세특례제한법 시행령 [별표 6]

 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)

 1. 연구개발

  가. 자체연구개발

  1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

   가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

   나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

   다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

  2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

○ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어정리 등】

 ① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

  1. “인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.

  2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 “연구”라 함은 「기술개발촉진법」제2조제1호의 “기술개발”을 말한다.

  3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제45조【복리후생비의 손금불산입】

 ① 법인이 그 임원 또는 직원을 위하여 지출한 복리후생비중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 직원은 「파견근로자보호 등에 관한 법률」 제2조에 따른 파견근로자를 포함한다.

  1. 직장체육비

  2. 직장문화비

  2의2. 직장회식비

  3. 우리사주조합의 운영비

  4. 삭제 <2000.12.29>

  5. 「국민건강보험법」 및 「노인장기요양보험법」에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금

  6. 「영유아보육법」에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비

  7. 「고용보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료

  8. 그 밖에 임원 또는 직원에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위에서 지급하는 경조사비 등 제1호부터 제7호까지의 비용과 유사한 비용

4. 관련예규

○ 질의회신 법인세과-1956, 2008.08.11

   전담부서에서 근무하는 ‘연구요원의 인건비’라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 「소득세법」제12조제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당되는 것임

○ 조특, 서면인터넷방문상담2팀-185, 2007.01.25

   고유상표(공동상표 포함)의 개발 관련 디자인 위탁개발용역비, 자체고용 디자이너의 인건비, 도서의 디자인 개발비용은 세액공제되는 것이나, 사무용품비 등 소모품비, 복리후생비는 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것임

○ 법규법인 2009-0241, 2009.07.03

   조세특례제한법시행규칙 제7조제1항의 연구개발전담부서에서 근무하는 직원에게 내부 급여규정에 따라 지급하는 수당으로서 「근로기준법」제60조에 따른 연차유급휴가를 사용하지 아니하여 그 미사용 일수에 상당하는 금액을 지급하는 ‘연차수당’은 「조세특례제한법시행령」[별표6]제1호가목의 ‘인건비’에 해당하는 것임

「조세특례제한법시행령」 [별표6]의 인건비란 그 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용으로서 전담부서의 소모품비와 복리후생비를 포함하지 않는 것으로,
법인이 연구원에게 지급한 각종 비용이 인건비에 해당하여 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지는 지급 비용의 성격, 근로와의 관계성, 금액의 적정성, 복리후생비 해당 여부 등을 종합적으로 고려하여 실질 내용에 따라 사실판단 할 사항입니다.