서면-2024-원천-2927 (2024.09.25)

1.사실관계

○모회사:0000공사(기획재정부가 100% 출자한 기관)

○자회사:00000리티 및 0000게더

○지분율:0000공사 100% 출자→00000리티 및 0000게더

○자회사 설립일자:2018년 5월

○거래구조:자회사의 매출은 모회사와 100% 내부거래

○0000공사 별도기준 자산총액

○00000리티, 0000게더 : 중소기업기본법 제2조 제1항 제1호 가의 매출요건 및 자산규모의 요건은 모두 중소기업에 해당, 조세특례제한법 제2조 제1항 매출액 및 자산총액 요건은 모두 중소기업에 해당함

○쟁점사항 : 2020년부터 모회사인 0000공사의 자산총액이 5천억 이상이 됨에 따라 100% 출자 자회사인 00000리티·0000게더가 소유와 경영의 독립성 요건 위배에 따라 중소기업에서 배제되는 것인지?

○’23년 법인세 신고시 외부감사인의 의견에 따라 ’20년부터 중소기업에 해당하지 아니한다고 판단하여 ’20~’22년 귀속 법인세 수정신고하였고, 2023년 법인세분은 중견기업기준으로 법인세 신고를 완료한 상태임

2.질의내용

○모회사인 0000공사가 비영리법인에 해당할 경우 자산총액이 5천억 이상인 법인이더라도 소유과 경영의 실질적인 독립성 요건 판단에서 제외가 가능하므로, 100% 출자 자회사인 00000리티·0000게더는 매출요건 및 규모의 요건만 충족할 경우 중소기업으로 볼 수 있고, 중소기업 해당 여부에 따라 법인세법 및 소득세법상 세제혜택에 큰 차이가 있으므로 서면질의함

○(질의2) 중소기업 취업자 소득세 감면제도 배제에 따라 ’20년부터 현재까지의 연말정산을 재정산하여 지급명세서를 수정제출하고 추가납부하여야 하는 것인지?

○조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】

 ①대통령령으로 정하는 청년(이하 이 항에서 "청년"이라 한다), 60세 이상인 사람, 장애인 및 경력단절 여성이 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일(60세 이상인 사람 또는 장애인의 경우 2014년 1월 1일)부터 2026년 12월 31일까지 취업하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득으로서 그 취업일부터 3년(청년의 경우에는 5년)이 되는 날(청년으로서 대통령령으로 정하는 병역을 이행한 후 1년 이내에 병역 이행 전에 근로를 제공한 중소기업체에 복직하는 경우에는 복직한 날부터 2년이 되는 날을 말하며, 그 복직한 날이 최초 취업일부터 5년이 지나지 아니한 경우에는 최초 취업일부터 7년이 되는 날을 말한다)이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 70(청년의 경우에는 100분의 90)에 상당하는 세액을 감면(과세기간별로 200만원을 한도로 한다)한다.

○소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

 ①원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다.

   1.근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

   2.제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

   3.제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조 제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

②제1항 제3호에서 해당 과세기간에 제134조 제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.

○소득세법 제164조【지급명세서의 제출】

①제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 ｢법인세법｣ 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 ｢부가가치세법｣ 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.

4.관련예규

 ○서이46013-12121(2003.12.15.)

 ○서면인터넷방문상담1팀-766(2004.6.7.)

원천징수의무자(회사)가 조세특례제한법 제30조 규정에 따른 소득세 감면대상 기업에 해당하지 않는다면, 당초 소득세 감면규정을 적용한 해당 연도에 대하여 원천세 수정신고하고, 감면을 적용받은 근로자의 지급명세서를 수정제출해야 합니다.