서면-2021-법규법인-4605 (2022.01.20)

1. 사실관계

 ○합자회사 000(갑법인)은 부동산매매업을 사업 목적으로 하여 계속적, 반복적으로 부동산을 양도하는 법인으로

  -토지(전, 답, 묘지 등)를 매입하여 택지 조성(토목공사, 도로개설, 전기 수도공사 등) 후 분양하는 사업을 영위함

 ○갑법인은 ｢조세특례제한법｣ 제100조의15에 따른 동업기업과세특례를 적용받는 법인으로, 갑법인의 동업자는 내국법인(A, 50%)과 거주자(B, 50%)로 구성됨

2. 질의내용

 ○동업기업이 비사업용 토지^*를 양도함으로써 발생한 소득을 동업자(거주자, 내국법인)에게 배분하는 방법 및 관련 세액의 동업자별 납부 방법

   ＊ ｢법인세법｣ 제55조의2제2항 및 ｢소득세법｣ 제104조의3제1항에 따른 비사업용 토지

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제100조의14 【용어의 뜻】

  이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "동업기업"이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무 등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실을 배분받기 위하여 설립한 단체를 말한다.

  2. "동업자"란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다.

  3. "배분"이란 동업기업의 소득금액 또는 결손금 등을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부와 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말한다.

  4. "동업자군(群)별 동업기업 소득금액 또는 결손금"이란 동업자를 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인의 네 개의 군(이하 "동업자군"이라 한다)으로 구분하여 각 군별로 동업기업을 각각 하나의 거주자, 비거주자, 내국법인 또는 외국법인으로 보아 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 계산한 해당 과세연도의 소득금액 또는 결손금을 말한다.

  5. "동업자군별 손익배분비율"이란 동업자군별로 해당 군에 속하는 동업자들의 손익배분비율을 합한 비율을 말한다.

  6. "동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금"이란 동업자군별 동업기업 소득금액 또는 결손금에 동업자군별 손익배분비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  7. "지분가액"이란 동업자가 보유하는 동업기업 지분의 세무상 장부가액으로서 동업기업 지분의 양도 또는 동업기업 자산의 분배시 과세소득의 계산 등의 기초가 되는 가액을 말한다.

  8. "분배"란 동업기업의 자산이 동업자에게 실제로 이전되는 것을 말한다.

 ○ 조세특례제한법 제100조의15 【적용범위】

  ① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. (단서 생략)

   3. ｢상법｣에 따른 합명회사 및 합자회사(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제18항제4호의 투자합자회사 중 같은 조 제19항제1호의 기관전용 사모집합투자기구가 아닌 것은 제외한다)

  ② 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업과 그 동업자에 대해서는 각 세법의 규정에 우선하여 이 절의 규정을 적용한다.

 ○ 조세특례제한법 제100조의16 【동업기업 및 동업자의 납세의무】

  ① 동업기업에 대해서는 ｢소득세법｣ 제2조제1항^*1 및 ｢법인세법｣ 제3조제1항^*1에도 불구하고 ｢소득세법｣ 제3조^*2 및 ｢법인세법｣ 제4조제1항 각 호의 소득^*2에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

     *1. 납세의무, *2. 과세소득

  ② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

 ○ 조세특례제한법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

  ① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. (단서 생략)

  ③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. (단서 생략)

  ④ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 다만, 제4호의 금액은 내국법인 및 외국법인인 동업자에게만 배분한다.

   1. ｢법인세법｣ 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액

   2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 ｢법인세법｣ 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액

   3. ｢법인세법｣ 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세

   4. ｢법인세법｣ 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세

  ⑤ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고ㆍ납부할 때 제4항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의17【손익배분비율】

  ① 법 제100조의18을 적용할 때 손익배분비율은 동업자 간에 서면으로 약정한 해당 사업연도의 손익의 분배에 관한 단일의 비율로서 제100조의24에 따라 신고한 비율(이하 이 조에서 "약정손익분배비율"이라 한다)에 따른다. 다만, 약정손익분배비율이 없는 경우에는 출자지분의 비율에 따른다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의18 【동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분】

  ⑥ 법 제100조의18제3항을 적용할 때 동업자가 배분받은 소득금액은 동업자군별로 다음 각 호의 구분에 따른다.

   1. 거주자군: ｢소득세법｣ 제16조부터 제19조까지, 제21조 및 제94조에 따른 각 소득에 대한 수입금액

   2. 비거주자군

     - 각 목 생략 -

   3. 내국법인군: ｢법인세법｣ 제15조에 따른 익금

   4. 외국법인군

     - 각 목 생략 -

 ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의19【동업기업 세액의 계산 및 배분】

  ① 법 제100조의18제4항 각 호의 금액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산한다.

  ② 법 제100조의18제5항을 적용할 때 같은 조 제4항에 따라 동업자가 배분받은 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 공제하거나 가산한다.

   1. 세액공제ㆍ세액감면금액: 산출세액에서 공제하는 방법

   2. 원천징수세액: 기납부세액으로 공제하는 방법. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 동업기업이 법 제100조의24 또는 ｢소득세법｣ 제127조에 따라 해당 동업자가 배분받은 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 원천징수할 때 해당 세액에서 공제하되, 해당 세액을 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.

    가. 거주자ㆍ비거주자ㆍ외국법인인 수동적동업자의 경우

    나. 거주자인 동업자(수동적 동업자는 제외한다)로서 배분받은 소득이 제100조의18제6항제1호에 따라 ｢소득세법｣ 제16조, 제17조 또는 제21조의 소득에 대한 수입금액으로 구분되는 경우

   3. 가산세: 산출세액에 합산하는 방법

   4. 토지등 양도소득에 대한 법인세에 상당하는 세액: 산출세액에 합산하는 방법. 이 경우 토지등 양도소득에 대한 법인세에 상당하는 세액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 산출한 금액에 내국법인 및 외국법인인 동업자의 손익배분비율의 합계를 곱한 금액으로 한다.

○법인세법 제15조 【익금의 범위】

  ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

○법인세법 제55조 【세율】

  ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 ｢조세특례제한법｣ 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

  ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

   3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

  ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (단서 생략)

○법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】

  법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

   2. 자산의 양도금액

○소득세법 제19조 【사업소득】

  ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (단서 생략)

   12. 부동산업에서 발생하는 소득. (단서 생략)

○소득세법 제64조 【부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례】

  ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조제1항제1호(분양권에 한정한다)ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

   1. 종합소득 산출세액

   2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

    가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

    나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

  ② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

  ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

  ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제103조 【양도소득 기본공제】

  ① 양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다.

○소득세법 시행령 제122조 【부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례】

  ① 법 제64조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.

  ② 법 제64조제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 자산의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

   1. 제163조제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산한 양도자산의 필요경비

   2. 법 제103조에 따른 양도소득 기본공제 금액

   3. 법 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액

1. 부동산매매업을 주업으로 하고 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업(갑법인, 갑법인의 동업자는 내국법인 A와 거주자 B로 구성)이 ｢법인세법｣ 제55조의2제2항에 따른 비사업용 토지를 양도함에 따라 소득금액이 발생한 경우 내국법인인 동업자 A에게는 ｢조세특례제한법｣ 제100조의14제4호에 따른 내국법인군별 동업기업 소득금액을 같은 법 제100조의18에 따라 A의 손익배분비율로 배분하고, A는 해당금액을 익금에 산입하는 것입니다.
또한, 같은 법 시행령 제100조의19에 따라 갑법인을 하나의 내국법인으로 보아 산출한 ｢법인세법｣ 제55의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세에 A의 손익배분비율을 곱한 금액을 A에게 배분하고, A는 해당 금액을 법인세 산출세액에 합산하는 것입니다.
2. 위 갑법인이 ｢소득세법｣ 제104조의3제1항에 따른 비사업용 토지를 양도함에 따라 소득금액이 발생한 경우 거주자인 동업자 B에게는 ｢조세특례제한법｣ 제100조의14제4호에 따른 거주자군별 동업기업 소득금액을 B의 손익배분비율로 배분하고, B는 ｢소득세법｣ 제64조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)에 따라 종합소득산출세액을 계산하는 것입니다.