사전-2021-법령해석법인-0363 (2021.07.14)

1. 사실관계

 ○ A법인은 중소벤처기업부에서 실시하는 연구인력 지원사업 관련하여 공공연구기관의 연구인력을 파견받음

  - 정부출연연구기관인 oo연구원과 계약을 체결하고 파견연구원의 인건비 중 약 50%에 상당하는 금액을 기업부담금으로 oo연구원에 지급함

   * 파견연구원은 oo연구원의 소속이고 파견기간동안 A법인의 기업부설연구소에 배치되어 기술혁신업무(기술개발, 기술기획, 기술관리등)만을 수행하며 oo연구원은 중소벤처기업부로부터 파견연구원의 연봉 중 50%를 지급받고 A법인으로부터 나머지 50%(기업부담금)를 지급받아 파견연구원의 급여를 지급함

2. 질의요지

 ○ 연구원을 파견 받고 파견 연구기관에 지급하는 기업부담금이 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술 연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

    (이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

 ② 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

   가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

   나. 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

○ 조세특례제한법 시행령 별표 6【연구･인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】

  1. 연구개발

   가. 자체연구개발

    1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

      가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

      나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

      다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

   2)전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품･원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(｢문화산업진흥 기본법｣ 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)･서체･음원･이미지의 대여･구입비

    3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구･시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구･시험용 시설의 이용에 필요한 비용

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

 ① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

  1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

  2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

  3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 "산업디자인전문회사"라 한다)

 ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조제7호에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호제8호에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

  1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 【정의】

  7. "연구전담요원"이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

  8. "연구보조원"이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험ㆍ검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 【 연구 및 인력개발비의 용어정의 등 】

 ① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

  1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. 

  2. 자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 ¨연구¨라 함은「기술개발촉진법」제2조 제1호의 ¨기술개발¨을 말한다.

  3. 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 중소벤처기업부에서 실시하는 중소기업 연구인력지원사업과 관련하여 공공연구기관의 소속 연구원을 지원받고 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제7조에서 규정하는 전담부서등에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 해당 연구원의 인건비 중 50%에 상당하는 금액을 기업부담금으로 지출하는 경우 해당 금액은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표6의 제1호가목1)의 인건비에 해당하는 것입니다.