서면-2025-원천-3476 (2026.05.21)

1. 사실관계

○ 질의한 법인은 ’23.4.13. 이사회를 개최하여 임원 4명에게 권리제한부 주식을 부여하여 ’23.4월 귀속 근로소득으로 보아 원천징수이행상황신고하고 기한 내 근로소득지급명세서를 제출하였음

 - 부여 당시 행사 조건은 ‘3년 이상 재직 및 IPO 성공’이었으나 IPO가 불가능할 것으로 판단되어 ’26년 경에 이사회를 개최하여 ’23년 임원 4명에게 부여된 권리제한부 주식을 회수할 것으로 예상하고 있고,

  회수할 경우 소득세법 제20조, 동법 시행령 제49조 등에 따라 원천징수이행상황신고 등 수정 신고할 계획임

2. 질의내용

○ 상기 권리제한부 주식 회수로 인해 근로소득지급명세서 수정 제출함에 있어 지급명세서관련 가산세 적용 대상인지 여부

3. 관련법령

○국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

○국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】

  법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

○국세기본법 집행기준 45의2-0-6【후발적 사유로 인정한 사례】

⑥ 외국인투자기업의 임직원이 해외 모회사로부터 일정기간 양도가 제한된 권리제한부 주식을 부여받아 근로소득으로 연말정산하고 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 당해 임직원이 퇴사함에 따라 약정된 근로제공기간의 미경과로 당해 주식부여가 취소되는 때에는 국세기본법 시행령 제25조의2의 규정에 의한 경정청구의 후발적 사유에 해당하는 것임(서면1팀-1076, 2006.7.31.)

○소득세법 기본통칙 20-0…5 【 반환조건부 사이닝보너스의 소득구분 등 】

① 특별한 능력 또는 우수한 능력이 있는 근로자가 기업과 근로계약을 체결하면서 지급받는 사이닝보너스는 법 제20조에 따른 근로소득으로 한다.

② 제1항에 의한 사이닝보너스를 근로계약체결시(계약기간내 중도퇴사시 일정금액을 반환하는 조건) 일시에 선지급하는 경우에는 당해 사이닝보너스를 계약조건에 따른 근로기간동안 안분하여 계산한 금액을 각 과세연도의 근로소득수입금액으로 한다.

○소득세법 제164조【지급명세서의 제출】

① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일(휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음 달 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

1. 이자소득

2. 배당소득

3. 원천징수대상 사업소득

4. 근로소득 또는 퇴직소득

5. 연금소득

6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

7. 대통령령으로 정하는 봉사료

8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익

9. 삭제

② 제1항 각 호의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 제1항을 적용하지 아니할 수 있다.

③ 제1항에 따라 지급명세서를 제출하여야 하는 자는 지급명세서의 기재 사항을 「국세기본법」 제2조제18호에 따른 정보통신망에 의하여 제출하거나 디스켓 등 전자적 정보저장매체로 제출하여야 한다. 이 경우 제1항 각 호의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득을 지급하는 자는 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증 발급장치 등 대통령령으로 정하는 방법을 통하여 제출할 수 있다.

④ 국세청장은 제3항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 일정 업종 또는 일정 규모 이하에 해당되는 자에게는 지급명세서를 문서로 제출하게 할 수 있다.

⑤ 원천징수의무자가 원천징수를 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 제출한 원천징수 관련 서류 중 지급명세서에 해당하는 것이 있으면 그 제출한 부분에 대하여 지급명세서를 제출한 것으로 본다.

⑥ 제163조제5항에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출한 매출ㆍ매입처별 계산서합계표(제163조제8항 또는 제9항에 따라 전자계산서 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출한 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표(「부가가치세법」 제32조제3항 또는 제5항에 따라 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우를 포함한다) 중 지급명세서에 해당하는 것이 있으면 그 제출한 부분에 대하여 지급명세서를 제출한 것으로 본다.

⑦ 제164조의3제1항제2호(제73조제1항제4호에 따라 대통령령으로 정하는 사업소득은 제외한다) 또는 제3호의 소득에 대한 간이지급명세서를 제출한 경우에는 그 제출한 부분에 대하여 지급명세서를 제출한 것으로 본다.

⑧ 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 필요하다고 인정할 때에는 지급명세서의 제출을 요구할 수 있다.

⑨ 제1항에 따른 지급자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보고 제1항을 적용한다.

⑩   국세청장은 제1항제6호에 따른 기타소득 중 대통령령으로 정하는 기타소득에 대한 지급명세서를 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 「국세기본법」 제2조제19호에 따른 국세정보통신망을 이용하여 그 명세서를 해당 기타소득의 납세의무자에게 제공하여야 한다.

⑪ 제1항부터 제10항까지의 규정에 따른 지급명세서의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제81조의11【지급명세서 등 제출 불성실 가산세】

① 제164조ㆍ제164조의2 또는 「법인세법」 제120조ㆍ제120조의2에 따른 지급명세서(이하 이 조에서 "지급명세서"라 한다)나 이 법 제164조의3에 따른 간이지급명세서(이하 이 조에서 "간이지급명세서"라 한다)를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에서 정하는 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제90조의2에 따라 가산세가 부과되는 분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 지급명세서 또는 간이지급명세서(이하 이 조에서 "지급명세서등"이라 한다)를 기한까지 제출하지 아니한 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 지급명세서의 경우: 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 1(제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 1천분의 5로 한다). 다만, 제164조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 일용근로자의 근로소득(이하 이 조에서 "일용근로소득"이라 한다)에 대한 지급명세서의 경우에는 제출하지 아니한 분의 지급금액의 1만분의 25(제출기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 10만분의 125)로 한다.

나. 간이지급명세서의 경우: 제출하지 아니한 분의 지급금액의 1만분의 25(제출기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 10만분의 125로 한다)

2. 제출된 지급명세서등이 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하거나 제출된 지급명세서등에 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 지급명세서의 경우: 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 100분의 1. 다만, 일용근로소득에 대한 지급명세서의 경우에는 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 1만분의 25로 한다.

나. 간이지급명세서의 경우: 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 1만분의 25

○소득세법시행령 제147조의7【지급명세서 등 제출 불성실 가산세】

① 법 제81조의11제1항제2호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 불분명한 경우"란 다음 각 호의 구분에 따른 경우를 말한다.

1. 지급명세서의 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 제출된 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소ㆍ성명ㆍ납세번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호), 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득의 귀속연도 또는 지급액을 적지 않았거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우

나. 제출된 지급명세서 및 이자ㆍ배당소득 지급명세서에 유가증권표준코드를 적지 않았거나 잘못 적어 유가증권의 발행자를 확인할 수 없는 경우

다. 제출된 지급명세서에 제202조의2제1항에 따른 이연퇴직소득세를 적지 않았거나 잘못 적은 경우

2. 간이지급명세서의 경우: 제출된 간이지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소ㆍ성명ㆍ납세번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호), 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득의 귀속연도 또는 지급액을 적지 않았거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

② 다음 각 호의 지급금액은 제1항에 따른 불분명한 금액에 포함하지 않는 것으로 한다.

1. 지급일 현재 납세번호를 부여받은 자 또는 사업자등록증의 교부를 받은 자에게 지급한 금액

2. 제1호 외의 지급금액으로서 지급 후에 그 지급받은 자의 소재 불명이 확인된 금액

③ 법 제81조의11을 적용할 때 연금소득 및 퇴직소득의 경우에는 법 제20조의3제2항 및 제22조제2항에 따른 연금소득 및 퇴직소득을 지급금액으로 본다.

④ 법 제81조의11제4항에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 5를 말한다.

4. 관련예규·판례

○ 서면-2022-원천-0574(2025.04.07.) (발췌) 리텐션보너스를 반환시에는 확정되는 날이 속하는 사업연도에 회사는 익금산입 후 근로소득지급명세서를 수정하여 제출하고, 기납부된 근로소득세에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것이나 가산세 적용대상은 아닙니다.

5. 회신문안

1. 항상 국세행정에 협조해 주셔서 감사드리며, 귀하께서 ’25.9.22. 제출하신 서면질의사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.

2. 약정된 근로제공기간의 미경과로 권리제한부 주식 부여가 취소되면서 원천징수이행상황신고 등 경정청구하는 경우, 수정(권리제한부 주식상당액 차감) 제출하는 근로소득지급명세서는 소득세법 제81조의11 및 동법 시행령 제147조의7에 따른 지급명세서 등 제출 불성실가산세 적용 대상에 해당하지 않습니다.

약정된 근로제공기간의 미경과로 권리제한부 주식 부여가 취소되면서 원천징수이행상황신고 등 경정청구하는 경우, 수정(권리제한부 주식상당액 차감) 제출하는 근로소득지급명세서는 소득세법 제81조의11 및 동법 시행령 제147조의7에 따른 지급명세서 등 제출 불성실가산세 적용 대상에 해당하지 않습니다.