서면-2025-법규소득-1752 (2026.03.25)

1. 사실관계

○질의법인의 임원 甲은 ’23.1.1.~‘24.12.31. 재직 후 퇴직하였으며 질의법인은 ’25.1월 퇴직금을 지급하면서 퇴직소득세를 원천징수^* 하였음

*퇴직연금계좌(IRP)로 이체하면서 퇴직소득세를 이연퇴직소득세로 계상하여 납부세액은 없음

○ ’25.7월 퇴직연금계좌에 납입한 甲의 퇴직금 일부가 소득세법 상 임원퇴직소득 한도를 초과한 사실을 인지하여 ’24년 귀속 근로소득 연말정산을 수정신고할 예정임

2. 질의요지

○퇴직금 지급시 퇴직소득으로 원천징수한 소득세법 상 임원퇴직소득 한도초과분을 근로소득으로 수정신고하는 경우 근로소득 수입시기 및 원천징수 관련 가산세 대상 여부

3. 관련규정

○ 소득세법 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. ｢법인세법｣에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

○ 소득세법 제22조 【퇴직소득】

① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

② 제1항제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.

③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 대통령령으로 정하는 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제49조 【근로소득의 수입시기】

① 근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 급여

근로를 제공한 날

2. 잉여금처분에 의한 상여

당해 법인의 잉여금처분결의일

3. 해당 사업연도의 소득금액을 법인이 신고하거나 세무서장이 결정ㆍ경정함에 따라 발생한 그 법인의 임원 또는 주주ㆍ사원, 그 밖의 출자자에 대한 상여

해당 사업연도 중의 근로를 제공한 날. 이 경우 월평균금액을 계산한 것이 2년도에 걸친 때에는 각각 해당 사업연도 중 근로를 제공한 날로 한다.

4. 법 제22조제3항 계산식 외의 부분 단서에 따른 초과금액

지급받거나 지급받기로 한 날

○ 소득세법 제134조 【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

① 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

② 원천징수의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 제137조, 제137조의2 또는 제138조에 따라 소득세를 원천징수하며, 제1호의 경우 다음 연도 2월분의 근로소득에 대해서는 제1항에서 규정하는 바에 따라 소득세를 원천징수한다.

1. 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때(2월분의 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우에는 2월 말일로 한다. 이하 같다)

2. 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때

○ 소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다.

1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

2.제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

② 제1항제3호에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다.

③ 원천징수의무자가 제140조에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항을 적용하여 추가 납부세액을 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다.

④ 제1항에도 불구하고 추가 납부세액이 10만원을 초과하는 경우 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분부터 4월분의 근로소득을 지급할 때까지 추가 납부세액을 나누어 원천징수 할 수 있다.

○ 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(생략)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득, 제6호에 따른 기타소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령으로 정하는 일용근로자의 근로소득의 경우에는 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일(휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음 달 말일)까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

4. 근로소득 또는 퇴직소득

○ 소득세법 기본통칙 137-0…1【 근로소득을 추가지급한 때의 연말정산 】

원천징수의무자가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 당해 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다.

○ 국세기본법 제47조의5【원천징수 등 납부지연가산세】

① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항제2호의 경우에는 징수한 세액)을 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 50(제1호의 금액과 제2호 중 법정납부기한의 다음 날부터 납부고지일까지의 기간에 해당하는 금액을 합한 금액은 100분의 10)에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 제1항에서 "국세를 징수하여 납부할 의무"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 의무를 말한다.

1. ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여 납부할 의무

2. ｢소득세법｣제149조에 따른 납세조합이 같은 법 제150조부터 제152조까지의 규정에 따라 소득세를 징수하여 납부할 의무

3. ｢부가가치세법｣제52조에 따라 용역등을 공급받는 자가 부가가치세를 징수하여 납부할 의무

임원에게 지급한 퇴직금 중 ｢소득세법｣ 제22조제3항 계산식 외의 부분 단서에 따른 초과금액은 근로소득으로 보는 것이며, 이 경우 수입시기는 ‘지급받거나 지급받기로 한 날’이고, 해당 소득을 지급하는 때에 소득세를 원천징수하는 것입니다.
이때, 원천징수·납부할 세액을 법정납부기한까지 과소납부한 경우 과소납부분 세액에 ｢국세기본법｣ 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연 가산세를 추가하여 납부하는 것입니다.