사전-2026-법규재산-0416 (2026.05.27)

1. 사실관계

○ 甲은 2022.02.18. 피상속인의 사망으로 A법인의 주식 18,000주를 상속받았으며 해당 주식에 대하여 가업상속공제를 적용 받음

 ○ 甲은 2026.02.20. 가업상속받은 주식 전부를 제3자에 양도하였으며 해당 주식의 양도로 인하여 가업상속공제의 사후관리 요건을 위반하게 되었음

 ○ 甲은 가업상속공제 사후관리 위반으로 인한 과세관청의 상속세 부과 및 자진 신고기한 전에 양도소득세를 신고납부할 예정임

2. 질의내용

○ 가업상속공제를 적용받은 주식을 보유하던 중 해당 주식을 양도함으로 인하여 가업상속공제의 사후관리 요건을 위반하게 된 경우

  - 사후관리 위반에 따른 상속세 부과 및 자진신고 전에 양도한 주식의 양도소득세를 신고하는 경우로서 취득가액 산정시 「소득세법」 제97의2제4항에 따른 이월과세 규정을 적용하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제97조의2 【양도소득의 필요경비 계산 특례】

① 거주자가 양도일부터 소급하여 10년(제94조제1항제3호에 따른 자산의 경우에는 1년) 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속(양도 당시 사망한 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)으로부터 증여받은 제94조제1항제1호 및 제3호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조제2항에 따르되, 다음 각 호의 기준을 적용한다.

 1. 취득가액은 거주자의 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득할 당시의 제97조제1항제1호에 따른 금액으로 한다.

 2. 제97조제1항제2호에 따른 필요경비에는 거주자의 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산에 대하여 지출한 같은 호에 따른 금액을 포함한다.

 3. 거주자가 해당 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우 필요경비에 산입한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우

 2. 제1항을 적용할 경우 제89조제1항제3호 각 목의 주택[같은 호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)을 포함한다]의 양도에 해당하게 되는 경우

 3. 제1항을 적용하여 계산한 양도소득 결정세액이 제1항을 적용하지 아니하고 계산한 양도소득 결정세액보다 적은 경우

③ 제1항에서 규정하는 연수는 등기부에 기재된 소유기간에 따른다.

④ 「상속세 및 증여세법」제18조의2제1항에 따른 공제(이하 이 항에서 "가업상속공제”라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

 1. 피상속인의 취득가액(제97조제1항제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 "가업상속공제적용률”이라 한다)

 2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 - 가업상속공제적용률)

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 증여세 상당액의 계산과 가업상속공제적용률의 계산방법 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 소득세법 시헹령 제163조의2 【양도소득의 필요경비 계산 특례】

③ 법 제97조의2제4항을 적용할 때 가업상속공제적용률은 다음 각 호의 구분에 따른 비율로 한다.

 1. 「소득세법」을 적용받는 가업(이하 이 조에서 "개인가업”이라 한다)의 경우: 「상속세 및 증여세법」제18조의2제1항에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액(이하 이 호에서 "가업상속공제금액”이라 한다)을 같은 항 각 호 외의 부분 전단에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율. 이 경우 가업상속공제가 적용된 자산별 가업상속공제금액은 가업상속공제금액을 상속 개시 당시의 해당 자산별 평가액을 기준으로 안분하여 계산한다.

 2. 「법인세법」을 적용받는 가업(이하 이 조에서 "법인가업”이라 한다)의 경우: 해당 법인가업의 총자산가액(상속개시일 현재 「상속세 및 증여세법」제4장에 따라 평가한 가액을 말한다) 중 상속개시일 현재 같은 법 시행령 제15조제5항제2호에 따른 사업무관자산을 제외한 자산가액이 차지하는 비율

④ 법 제97조의2제4항의 적용 대상이 되는 가업상속공제가 적용된 자산은 다음 각 호의 구분에 따른 자산으로 한다. <신설 2026.2.27>

 1. 개인가업의 경우: 「상속세 및 증여세법 시행령」제15조제5항제1호에 따른 사업용 자산

 2. 법인가업의 경우: 「상속세 및 증여세법 시행령」제15조제5항제2호에 따른 주식등

□ 상속세 및 증여세법 제18조의2 【가업상속공제】

① 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 가업[대통령령으로 정하는 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업(상속이 개시되는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 3개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 매출액 평균금액이 5천억원 이상인 기업은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 기업을 말한다. 이하 같다]의 상속(이하 "가업상속”이라 한다)에 해당하는 경우에는 가업상속 재산가액에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 한도로 한다.

 1. 피상속인이 10년 이상 20년 미만 계속하여 경영한 경우: 300억원

 2. 피상속인이 20년 이상 30년 미만 계속하여 경영한 경우: 400억원

 3. 피상속인이 30년 이상 계속하여 경영한 경우: 600억원

⑤ 가업상속공제를 받은 상속인이 상속개시일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항에 따라 공제받은 금액에 해당일까지의 기간을 고려하여 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액(제1호에 해당하는 경우에는 가업용 자산의 처분 비율을 추가로 곱한 금액을 말한다)을 상속개시 당시의 상속세 과세가액에 산입하여 상속세를 부과한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 부과하는 상속세에 가산한다.

 1. 가업용 자산의 100분의 40 이상을 처분한 경우

 2. 해당 상속인이 가업에 종사하지 아니하게 된 경우

 3. 주식등을 상속받은 상속인의 지분이 감소한 경우. 다만, 상속인이 상속받은 주식등을 제73조에 따라 물납(物納)하여 지분이 감소한 경우는 제외하되, 이 경우에도 상속인은 제22조제2항에 따른 최대주주나 최대출자자에 해당하여야 한다.

 4. 다음 각 목에 모두 해당하는 경우

  가. 상속개시일부터 5년간 대통령령으로 정하는 정규직 근로자(이하 이 조에서 "정규직근로자”라 한다) 수의 전체 평균이 상속개시일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 2개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 정규직근로자 수의 평균의 100분의 90에 미달하는 경우

  나. 상속개시일부터 5년간 대통령령으로 정하는 총급여액(이하 이 목에서 "총급여액”이라 한다)의 전체 평균이 상속개시일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 2개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 총급여액의 평균의 100분의 90에 미달하는 경우

⑨ 상속인이 제5항 또는 제8항제2호에 해당하는 경우 상속세 납세의무자는 상속인이 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날이 속하는 달의 말일 또는 제8항제2호에 해당하는 날이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고하고 해당 상속세와 이자상당액을 납세지 관할세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 제5항 또는 제8항제2호에 따라 이미 상속세와 이자상당액이 부과되어 이를 납부한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑩ 제5항 또는 제8항제2호에 따라 상속세를 부과할 때 「소득세법」제97조의2제4항에 따라 납부하였거나 납부할 양도소득세가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 상당액을 상속세 산출세액에서 공제한다. 다만, 공제한 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제15조 【가업상속】

㉑ 법 제18조의2제10항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 상당액”이란 같은 조 제1항에 따른 가업상속공제를 받고 양도하는 가업상속 재산에 대하여 「소득세법」제97조의2제4항을 적용하여 계산한 양도소득세액에서 같은 법 제97조를 적용하여 계산한 양도소득세액을 뺀 금액을 말한다.

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 가업상속공제를 적용받은 주식의 양도로 사후관리 요건을 위반하게 된 경우로서, 사후관리 위반에 따른 상속세를 「상속세 및 증여세법」 제18조의2 제9항에 따라 신고하거나 또는 부과되기 전에 해당 주식 양도에 대한 양도소득세를 신고함에 따라 취득가액을 산정하는 경우 「소득세법」 제97조의2 제4항 단서에 따른 이월과세를 적용하는 것입니다.