서면-2019-법령해석재산-2980 (2021.11.25)

1. 사실관계

○ ’17.11월. 서울 소재 주택^*을 신청인과 신청인의 모(母)(신청인과는 별도세대)가 각 1/2씩 공동취득(종전주택)

   * 가로주택정비사업 구역에 편입된 주택으로 2016년 조합설립인가, ’19.8월 관리처분계획인가, ’22.10월경 입주예정임

 ○ 신청인은 2017년 11월부터 2019년 12월까지 위 주택에서 거주함

 ○ ’20년 2월경 신청인은 종전주택을 2개의 입주권(신청인과 모(母)가 1/2씩 공동소유)으로 분양신청 하였고, 이후 신청인과 모(母)는 공동소유하고 있는 입주권의 지분(각 1/2)을 유상양도(매매 또는 교환)를 통해 단독소유로 정리^*할 예정임

   * 취득한 2개의 입주권은 청산금을 납부하지 않는 상태에서 취득하였고, 지분 교환은 가로주택정비사업의 사업시행계획의 변경에 의한 것이 아닌 것을 전제함

2. 질의내용

 ○ (질의1·2) 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특별법」상 가로주택정비사업에 따라 종전주택이 입주권으로 변환된 후에도 계속하여 사실상 주거용으로 사용하는 경우 준공 후 양도시 1세대 1주택 비과세 적용 시 거주기간에 합산할 수 있는지 여부

 ○ (질의3) 가로주택정비사업에 따라 2개의 입주권을 각 1/2씩 분양받은 공동소유자가 해당 입주권을 각자 단독소유하기 위해 공동소유지분을 서로 유상양도(매매 또는 교환) 하는 경우 양도소득세 과세방법

 ○ (질의4) (질의3)에서 단독소유로 정리한 입주권이 주택으로 준공된 이후에 해당 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 시 거주기간 계산방법

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 소득세법 제88조 【정의】

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

  가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

  나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

 7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

 9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

□ 소득세법(2017.02.08. 법률 제14569호로 개정된 것) 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 소득세법(2016.12.27. 법률 제14474호로 개정된 것) 제89조 【비과세 양도소득】

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

  나. 지상권

  다. 전세권과 등기된 부동산임차권

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

  1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

 　제55조제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

 2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

 3. 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

 4. 삭제 <2020.8.18>

□ 소득세법 시행령 제152조 【환지등의 정의】

① 법 제88조제1호가목에서 환지처분이란 「도시개발법」에 따른 도시개발사업, 「농어촌정비법」에 따른 농업생산기반 정비사업, 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료후에 사업구역 내의 토지 소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.(각호 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

 1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ무너짐ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

 2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

 3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간

□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

 9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

□ 도시 및 주거환경정비법(2017.02.08. 법률 제14567호로 개정된 것) 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "정비구역"이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

2. "정비사업"이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

 가. 주거환경개선사업: 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후·불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하거나 단독주택 및 다세대주택이 밀집한 지역에서 정비기반시설과 공동이용시설 확충을 통하여 주거환경을 보전·정비·개량하기 위한 사업

 나. 재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후·불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하거나 상업지역·공업지역 등에서 도시기능의 회복 및 상권활성화 등을 위하여 도시환경을 개선하기 위한 사업

 다. 재건축사업: 정비기반시설은 양호하나 노후·불량건축물에 해당하는 공동주택이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위한 사업

□ 도시 및 주거환경정비법(2017.02.08. 법률 제14567호로 개정되기 전의 것) 제2조 【정의】

1. "정비구역"이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. "정비사업"이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 또는 가로구역(街路區域: 정비구역이 아닌 대통령령으로 정하는 구역을 말하며, 바목의 사업으로 한정한다)에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다.

 가. 주거환경개선사업 : 도시저소득주민이 집단으로 거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

 나. 주택재개발사업 : 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

 다. 주택재건축사업 : 정비기반시설은 양호하나 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

 라. 도시환경정비사업 : 상업지역ㆍ공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

 마. 주거환경관리사업 : 단독주택 및 다세대주택 등이 밀집한 지역에서 정비기반시설과 공동이용시설의 확충을 통하여 주거환경을 보전ㆍ정비ㆍ개량하기 위하여 시행하는 사업

 바. 가로주택정비사업 : 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 가로구역에서 종전의 가로를 유지하면서 소규모로 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

□ 도시 및 주거환경정비법 제74조 【관리처분계획의 인가 등】

① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장·군수 등에게 신고하여야 한다.

□ 소득세법 기본통칙 98-162…2【 부동산에 관한 권리의 취득시기 】

부동산의 분양계약을 체결한 자가 해당 계약에 관한 모든 권리를 양도한 경우에는 그 권리에 대한 취득시기는 해당 부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날(아파트당첨권은 당첨일)이고 타인으로부터 그 권리를 인수받은 때에는 잔금청산일이 취득시기가 된다.

□ 재재산-1730, 2004.12.30.

 도시 및 주거 환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업 조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 그 권리의 취득시기는 당해 부동산을 분양 받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 함. 다만, 권리가 확정된 날 이후에도 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용하고 있는 경우에는 이를 주택으로 보며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

□ 서면4팀-810, 2005.05.24.

도시및주거환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보는 것이나, 권리가 확정된 날 이후에도 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에는 이를 주택으로 보는 것입니다. 귀하의 경우가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다. 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용하는 것입니다.

□ 소득세법 기본통칙 88-0…1 【 자산의 양도로 보지 아니하는 경우 】

③ 공동소유의 토지를 소유지분별로 단순히 분할하거나 공유자지분 변경없이 2개 이상의 공유토지로 분할하였다가 그 공유토지를 소유지분별로 단순히 재분할하는 경우에는 양도로 보지 아니한다. 이 경우 공동지분이 변경되는 경우에는 변경되는 부분은 양도로 본다.

□ 기획재정부 재산세제과-849, 2021.09.28.

[질의내용]

  가로주택정비사업에 따라 2개의 입주권을 각 1/2씩 분양받은 공동소유자가 각 공유지분을 서로 단독소유로 정리한 경우 양도소득세 과세 여부

  (제1안) 유상양도인 교환에 해당하므로 양도소득세 과세대상임

  (제2안) 공유물 분할에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 아님

[회신] 

 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 다만, 상호지분청산시에 시가차액에 관한 정산을 하는 경우 그 정산된 부분은 양도소득세 과세대상에 해당하는 것입니다. 끝.

1. ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제2조제1항제3호나목에 따른 가로주택정비사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 같은 법 제29조에 따른 사업시행계획인가로 입주자로 선정된 지위(이하 “입주권”)를 취득한 이후에도 가로주택정비사업의 정비대상 주택(이하 “종전주택”)을 사실상 주거용으로 계속 거주하는 경우에는 이후 준공된 신규주택을 양도할 때, 해당 거주기간을 「소득세법 시행령」제154조제1항의 거주기간에 합산하는 것이나, 사실상 주거용으로 사용하는지 여부는 사실확인하여 판단할 사항입니다.

2. 갑(자녀)과 을(母)이 공동소유하고 있는 종전주택(각 1/2지분) 1채를 가로주택정비사업에 따라 정비조합에 제공하고 2개의 입주권(A·B입주권, 갑과 을이 각 1/2지분 소유)을 분양받은 후, 갑과 을이 매매를 통해 A·B입주권을 단독소유한 경우 양도소득세 과세대상이나, 공동소유 지분을 서로 교환하여 각 단독소유로 지분정리하는 경우 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부에 대하여는 「기획재정부 재산세제과-849, 2021.9.28.」을 참고하시기 바랍니다.
□ 기획재정부 재산세제과-849, 2021.09.28.
[질의] 가로주택정비사업에 따라 2개의 입주권을 각 1/2씩 분양받은 공동소유자가 각 공유지분을 서로 단독소유로 정리한 경우 양도소득세 과세 여부
(제1안) 유상양도인 교환에 해당하므로 양도소득세 과세대상임
(제2안) 공유물 분할에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 아님
[회신] 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 다만, 상호지분청산시에 시가차액에 관한 정산을 하는 경우 그 정산된 부분은 양도소득세 과세대상에 해당하는 것입니다. 끝.

3. 또한 2.와 같이 조정대상지역 지정 이후에 취득한 종전주택을 가로주택정비사업에 의하여 A·B주택(이하 “신규주택”)으로 준공된 이후 양도하는 경우,
「소득세법」제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조제1항의 규정을 적용함에 있어서 거주기간 요건을 충족해야 하며,
원 조합원분에 해당하는 부분(지분변동 없이 지분교환한 부분 포함)의 거주기간은 종전주택과 신규주택의 거주기간을 합산하는 것이나,
유상취득분(지분교환 시 시가차액정산분 포함)에 해당하는 부분의 거주기간은 신축주택의 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날)부터 신규주택의 양도일까지의 거주기간으로 계산하는 것입니다.