사전-2023-법규소득-0254 (2023.10.19)

1. 사실관계

 ○질의법인은 ’14.○○.○○.부터 현재까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업으로서

  -’20.○○.○○. 증권을 코스닥시장에 상장하기 전에 임직원에게 주식매수선택권을 부여함

 ○위와 같이 질의법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원들은 ’23.○.○○. 해당 주식매수선택권을 행사할 예정임

2. 질의내용

○(쟁점①) ’23.1.1. 전에 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 ’23.1.1. 이후 행사하는 경우에 비과세·납부·과세특례 관련 적용법률

 ○(쟁점②) 임직원이 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받은 후 해당 벤처기업이 증권을 코스닥시장에 상장하였고, ’23.1.1. 이후 위 주식매수선택권을 행사하는 경우에 비과세·납부·과세특례의 적용 방법

3. 관련법령

「조세특례제한법」[법률 제19199호, 2022.12.31., 일부개정된 것]

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다. <개정 2018. 12. 24., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28., 2022. 12. 31.>

 ② 제1항이 적용되는 주식매수선택권은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)으로 한정한다. <신설 2022. 12. 31.>

 ③ 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2018. 12. 24., 2022. 12. 31.>

  [본조신설 2017. 12. 19.]

  [종전 제16조의2는 제16조의3으로 이동 <2017. 12. 19.>]

○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015. 12. 15., 2017. 12. 19., 2018. 12. 24., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28., 2022. 12. 31.>

  1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 “분할납부세액”이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

  3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

 ② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

 ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  [본조신설 2013. 8. 13.]

  [제16조의2에서 이동, 종전 제16조의3은 제16조의4로 이동 <2017. 12. 19.>]

○조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. <개정 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28.>

  1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

  2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하는 경우에는 「소득세법」 제87조의5에 따른 금융투자소득세(이하 “금융투자소득세”라 한다)를 과세한다. <개정 2015. 12. 15., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28.>

 ③ 제2항에 따라 금융투자소득세를 과세하는 경우 금융투자소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 해당하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제87조의18에 따른 금융투자소득 기본공제를 적용하지 아니한다. <개정 2022. 12. 31.>

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 「법인세법」 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2016. 12. 20., 2021. 12. 28.>

 ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익)을 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. <개정 2016. 12. 20., 2022. 12. 31.>

  1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일

  2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

  3. 제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우: 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 최초로 거래한 날

 ⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦ 제2항에 따라 금융투자소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다. <개정 2021. 12. 28.>

 ⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다. <신설 2022. 12. 31.>

 ⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. <신설 2022. 12. 31.>

 ⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2022. 12. 31.>

  [본조신설 2014. 12. 23.]

  [제목개정 2017. 12. 19.]

  [제16조의3에서 이동, 종전 제16조의4는 제16조의5로 이동 <2017. 12. 19.>]

○부칙 제1조(시행일)

 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

  1. 제72조제1항의 개정규정 중 “기업업무추진비”의 개정부분, 같은 조 제6항의 개정규정, 제136조 제목 및 같은 조 제2항의 개정규정, 같은 조 제3항의 개정규정 중 “기업업무추진비” 및 “기업업무추진비 한도액”의 개정부분, 같은 조 제4항의 개정규정 및 제104조의5의 개정규정, 제144조제1항 및 제2항의 개정규정(제104조의5를 추가하는 부분으로 한정한다): 2024년 1월 1일

  2. 제111조의2의 제목, 같은 조 제1항의 개정규정: 2023년 4월 1일

  3. 제126조의2(영화상영관에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정: 2023년 7월 1일

  4. 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 제16조의4제3항의 개정규정: 2025년 1월 1일

○부칙 제6조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 적용례)

 제16조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용한다.

○부칙 제7조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례에 관한 적용례)

 제16조의4제5항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 전용계좌를 통해 주식을 거래하는 경우부터 적용한다.

○부칙 제8조(금융투자소득에 관한 적용례)

 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 제16조의4제3항의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 발생하는 소득부터 적용한다.

○부칙 제30조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례에 관한 경과조치 등)

 ① 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익에 대한 소득세 비과세 한도에 관하여는 제16조의2제1항 본문의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 ② 제16조의2제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 누적 금액에 포함하지 아니한다.

귀 사전답변신청의 경우, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업이 임직원에게 같은 법 제16조의3에 따라 주식매수선택권을 부여한 후 증권을 코스닥시장에 상장하였고 해당 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 2023.1.1. 이후 행사하는 경우에, 위 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서는 「조세특례제한법」(법률 제19199호, 2022.12.31., 일부개정된 것)제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.