대법원 2014두40661 (2014.12.24)

사업용 고정자산의 양도인이 구 조세특례제한법 제31조 제1항, 제3항에 따라 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시까지 이월과세적용신청을 함으로써 양도소득세 이월과세가 적용되는 경우, 이월과세의 적용범위(=양도소득세 전부)

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 삼덕 담당변호사 김백영)

【피고, 피상고인】 김해세무서장

【원심판결】 부산고법 2014. 7. 24. 선고 (창원)2014누10151 판결

【주 문】

원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제31조 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합법인’이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제28조 제3항은 ‘양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다. 한편 구 조특법 제2조 제1항 제6호는 ‘이월과세(移越課稅)’를 ‘개인이 해당 사업에 사용되는 사업용 고정자산 등(이하 ‘종전 사업용 고정자산 등’이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 ‘양도소득세’라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용 고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것’으로 정의하고 있다.

구 조특법 제31조 제1항에 정한 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지는 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하려는 데 있는 점, 구 조특법 제2조 제1항 제6호의 문언상 장래에 통합법인이 납부하여야 할 세액은 ‘소득세법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 전부’로 해석되는 점 등을 종합하여 보면, 사업용 고정자산의 양도인이 구 조특법 제31조 제1항, 제3항에 따라 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시까지 이월과세적용신청을 함으로써 양도소득세 이월과세가 적용되는 경우에는 그 사업용 고정자산의 양도에 따른 양도소득세 전부에 대하여 이월과세가 적용된다고 봄이 타당하고, 양도인이 양도소득 과세표준이나 양도소득세액을 적게 신고하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

2. 그럼에도 원심은 이와 달리, 사업용 고정자산의 양도인이 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시까지 이월과세적용신청을 하였더라도 양도소득 과세표준신고 당시 양도소득세액을 적게 신고한 경우에는 신고한 양도소득세액에 한하여 이월과세가 적용되고 신고하지 아니한 양도소득세액에 대하여는 이월과세가 적용되지 아니한다고 전제한 다음, 원고가 사업용 고정자산인 이 사건 부동산을 주식회사 아트모아에게 현물출자하고 그에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 부동산의 취득가액을 과다하게 계산하여 양도소득세를 73,433,400원으로 적게 신고한 이상 위 세액에 대하여만 이월과세가 적용된다고 보아, 피고가 나머지 양도소득세액에 대하여 구 조특법 제31조 제1항에서 정한 이월과세의 적용을 부인하여 원고에게 한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 구 조특법 제31조 제1항에 정한 이월과세의 적용범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조희대(재판장) 신영철 이상훈(주심) 김창석