부산고등법원-94-구-3452 (1997.09.24)

【주 문】

1. 피고가 1993. 2. 1. 원고에 대하여 한 1993년 수시분 법인세 금 582,364,370원의 부과처분 중 금 526,219,156원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 10등분하여 그중 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이 유】

1. 과세처분의 경위

다음의 사실은, 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑제1,2호증, 갑제3호증의 1,2, 갑제4호증, 갑제5호증의 1,2, 갑제6호증, 갑제24호증, 갑제25호증의 1,2,3, 갑제26,27호증, 갑제28호증의 1,2, 갑제29호증의 1,2, 갑제30호증의 1,2, 갑제31호증, 을제1호증, 을제2호증의 1,2, 을제3호증의 1,3,4, 을제4,6,11호증의 각 기재 및 증인 김ㅇ기, 임ㅇ윤의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1949. 5. 8. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지를 소재지로 하여 설립된 교회인바, 현재의 소재지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 30 토지상에 새로운 교회당을 건립하여 그곳으로 교회를 옮기기 위하여 1983. 11. 10. 소외 ㅇㅇ종합건설주식회사(이하 소외회사라 한다)와 사이에 위 ㅇㅇ동 토지상에 철근콘크리트조 4층 연면적 8,208.48㎡의 교회당 신축에 관한 공사도급계약을 체결하였다.

나. 위 도급계약상 공사대금은 금 3,000,000,000원으로 하되, 그 공사대금은 원고 소유인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지의 13,14,15 및 ㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지의 2 토지 4필지 합계 1,188.4㎡의 구 교회당 부지와 그 지상건물 960.96㎡ 및 새로 건축될 교회당 옆의 부지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 19,20,26,27 토지 4필지 합계 4,366.2㎡를 공사비 일부의 대물변제로서 소외회사에게 양도하고, 또 소외 회사는 원고로부터 양도받은 위 ㅇㅇ동의 4필지 토지상에 아파트 105세대를 건축, 분양하여 그 분양대금(분양이익금)으로써 나머지 공사대금에 충당하기로 약정하였다(위 공사도급계약에 있어서, 원고가 대물변제한 토지의 가격을 금 1,888,696,000원으로 정한다든지, 그 토지대금지급에 갈음하여 소외회사가 신축한 아파트 중 60세대를 금 1,216,170,000원으로 계산하여 양도하기로 한다는 등의 약정은 원고와 소외회사의 법인회계처리를 위하여 한 형식적인 것에 불과하다).

다. 그런데, 소외회사는 새 교회당 및 아파트 신축공사를 시행하던 중 1985. 11.경 부도가 나서 그후 도산하였고, 이에 원고는 1986. 10. 31. 소외회사와 사이에 원고가 나머지 교회당 신축공사를 맡아 하기로 하면서, 이미 대물변제된 위 ㅇㅇ동 및 ㅇㅇ동 토지, 건물의 반환에 갈음하여, 신축중인 아파트 중 소외회사가 분양한 10세대를 제외한 나머지 95세대에 관한 기성고 및 대지권 등 일체의 권리를 양도받았다(95세대의 기성고 등을 양도받으면서 형식상 원고 몫인 60세대는 인수하고, 소외회사 소유인 35세대는 매수한다는 내용의 계약을 체결하였다).

라. 원고는 소외회사로부터 양도받은 신축중인 아파트의 잔여공사를 소외 김ㅇ진, ㅇㅇ개발주식회사, ㅇㅇ산업주식회사 등에 순차로 도급주어 완공단계에 이르게 되었는데, 1991년경 위 아파트의 수분양자들이 준공검사도 받기 전에 이에 입주하자, 피고는 원고의 위 아파트 분양을 비영리법인의 수익사업으로 인정하여, 원고가 양도받은 아파트 중 교회 사택용인 7세대를 제외한 88세대(이하 이 사건 아파트라 한다)의 분양대금을 금 5,669,000,000원으로, 분양원가를 금 2,320,000,000원으로 하여 그 매매차익 금 3,349,000,000원에서 필요경비 금 111,292,330원을 공제한 나머지 금 3,327,707,670원을 소득금액으로 산정한 다음, 위 소득금액 전액은 원고의 새 교회당 신축비로 소요된 것으로 인정하여 이를 비영리법인에 출연한 지정기부금으로 보아, 그중 지정기부금 한도액인 100분의 60을 초과하는 금 1,295,083,070원을 과세표준으로 하여, 1993. 2. 1. 원고에 대하여 1993년 수시분 법인세 금 582,364,370원을 부과하는 처분(이하 이 사건 과세처분이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 주장은 다음과 같다.

(1) 원고는 ㅇㅇ교ㅇㅇ회(ㅇㅇ)총회 소속 ㅇㅇ회 산하 지교회이고, 위 총회는 지교회 재산에 관하여 위 총회 유지재단에 귀속시키기로 결정하였으므로, 이 사건 아파트 분양사업의 주체는 지교회인 원고가 아니라 위 총회 유지재단이라고 할 것이고, 가사 이 사건 아파트 분양사업을 유지재단이 아닌 원고 명의로 하였다 하더라도 실질과세의 원칙상 그 납세의무자는 재단법인 ㅇㅇ교ㅇㅇ회(ㅇㅇ)총회 유지재단이라 할 것이므로, 이 사건 아파트 분양사업의 주체가 아닌 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 부존재 또는 당연무효이거나 위법하다.

(2) 이 사건 아파트의 분양은 원고가 한 것이 아니라 소외회사가 한 것이며, 가사 원고가 이를 신축·분양하였다 하더라도 그것은 원고의 새 교회당 건립을 위한 자급조달의 수단으로 이루어졌고, 그 분양대금은 바로 새 교회당 건립자금으로 충당되었으므로, 이는 비영리법인의 수익사업이라기보다는 비영리 내국법인의 기본재산출연으로 보아 비과세처리되어야 하거나 기부금으로 보아 비과세 처리되어야 하며, 또한 이 사건 아파트는 1991 사업연도 중 잔금청산이 되지 않았기 때문에 수익이 실현되었다고 볼 수 없어 잔금 823,050,000원(69세대분)은 수익금으로 가산되어서는 아니된다.

(3) 피고는 정확한 장부나 비용계산에 대한 근거서류 없이 제보자가 제출한 불명확한 장부를 근거로 과세하였을 뿐 아니라, 피고가 과세근거로 삼은 장부에 의하더라도 소득금액 산정에 있어서 다음과 같은 잘못이 있다.

(가) 공사비 지급에 갈음하여 대물지급한 아파트 중 4세대의 반환

원고는 1991. 10.경 새 교회당 신축공사대금으로 이 사건 아파트 중 13세대를 소외 ㅇㅇ산업주식회사에게 양도하였으나 이는 당시 원고 소속의 소외 현ㅇ호와 임ㅇ윤이 원고의 동의없이 임의로 양도한 것으로서 그 양도행위는 무효이므로, 이를 원고가 분양한 것으로 보기도 어려울 뿐만 아니라, 그후 원고는 위 ㅇㅇ산업주식회사로부터 위 공사대금이 과다지급되었음을 이유로 위 아파트 13세대 중 4세대를 반환받아 이를 원고가 소유하게 되었으므로, 위 아파트 4세대 매매가액 금 302,400,000원에서 매입가액 금 111,100,000원을 공제한 차액 금 191,300,000원은 이 사건 소득금액에서 감액되어야 한다.

(나) 이 사건 아파트 중 603호, 706호에 대한 매매가액의 과다산정

소외 김ㅇ애는 소외회사로부터 1995. 8.경 이 사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 금 29,590,000원에 분양받았으나 이를 ㅇㅇㅇ호로 바꾸었고, 소외 안ㅇ자는 소외회사로부터 1985. 8.경 이사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 금 24,510,000원으로 분양받았으나 이를 ㅇㅇㅇ호로 바꾸면서 분양가격을 금 29,590,000원으로 하였는바, 그럼에도 불구하고, 원고가 이 사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 김ㅇ애에게 금 56,000,000원에, ㅇㅇㅇ호를 안ㅇ자에게 금 39,400,000원에 분양한 것으로 계산하였으므로, 이 사건 소득금액은 그 차액인 금 36,220,000원만큼 과다계상되었다.

(다) 추가공사비등 손금불인정

원고는 이 사건 아파트를 인수한 후 1989. 1. 6.부터 1990. 10. 19.까지 사이에 추가공사비로 소외 김ㅇ진에게 금 449,413,000원을 지불하였고, 또 1991. 7. 10. 소외 ㅇㅇ산업주식회사에게 새 교회당 건축공사와 별도로 이 사건 아파트의 보수공사를 도급주어 그 공사비로 합계 금 74,700,000원을 지급하였다.

(라) 취득세 등 손금불산입

원고는, 1) 이 사건 아파트의 부지에 관하여, 1983. 10. 14. 소유권이전 비용 금 30,949,192원, 1989. 6. 14. 취득세 금 6,693,510원을 지출하였고, 2) 이 사건 아파트를 매매하면서 이를 중개한 소외 김ㅇ수에게 1991. 6. 25. 금 61,700,000원을 중개수수료로 지급하였고, 3) 이 사건 아파트에 관하여, 1988. 8. 9. 종합토지세로 금 1,337,360원, 1990. 9. 1. 재산세 등으로 금 10,154,030원, 1991. 10. 종합토지세로 금 4,712,000원, 1985년부터 1990년까지의 방위세 등으로 금 105,302,110원 합계 금 121,505,500원을 지출하였고, 4) 이 사건 아파트 공사대금을 지급하기 위하여 타인의 자금을 차용하고 그 이자로 금 48,891,135원을 지급하였고, 5) 이 사건 아파트 준공에 이르기까지의 마무리 공사비로 1993. 3. 21.부터 1993. 9. 24.까지 사이에 금 120,093,520원을 지출하였고, 6) 1993. 5. 8. 소외 ㅇㅇ종합건설주식회사에게 이 사건 아파트의 전체 마무리 공사를 금 353,000,000원에 도급주었는데, 위 회사는 그 공사중 금 120,000,000원 상당액을 공사하다가 중단하고, 아직까지 위 공사비를 지급하지는 않았으나 이것 역시 공사원가로 인정되어야 하고, 7) 1995. 7.경 소외 ㅇㅇ종합건설주식회사에게 이 사건 아파트의 마무리공사를 도급주어 이 사건 아파트 준공검사를 하였는데, 그 공사비로 금 231,006,650원을 지급하였고, 8) 이 사건 아파트 공사감리비용으로 소외 이ㅇ진에게 금 20,000,000원을 지급하였고, 9) 이 사건 아파트에 대한 준공검사 미필로 입주자들에게 소유권이전등기 해 주지 못하여 원고가 1992년, 1993년, 1994년 종합토지세와 재산세 합계 금 28,587,770원을 납부하였고, 10) 이 사건 아파트 부지의 소유권 분쟁으로 소외 ㅇㅇ산업주식회사가 1991. 12.경 소외 강ㅇ영에게 합의금 180,000,000원을 대위변제하고 원고가 1992. 1. 11. 위 회사에게 위 금원을 지급하였고, 11) 소외 현ㅇ호가 소외회사에게 금 300,000,000원을 융통하여 주고 이 사건 아파트 부지를 근저당 잡았으나, 소외회사의 부도로 이를 변제해 주지 못하여, 소외회사가 진 채무를 원고가 인수하여 1996. 7. 16. 원고가 이를 변제하였는바, 이와 같은 금액은 이 사건 아파트에 대한 공사원가에 산입되거나 일반관리비 등으로서 손금에 산입되어야 한다.

나. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

(가) 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제2항은, 국세기본법 제13조 제1항의 규정에 의한 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체는 비영리내국법인으로 보고 이 법을 적용한다고 규정하고 있고, 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항은, 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고, 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14076호로 개정되기 전의 것) 제8조는, 법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 사단등"이라 한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하면서, 제1호에서 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것을, 제2호에서 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것을 들고 있다.

앞서 인정한 사실관계에 의하면, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지지만, 그와 동시에 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서의 성질도 가진다고 할 것이므로, 원고는 국세기본법 제13조 제1항, 같은 법 시행령 제8조 제2호 소정의 법인격 없는 재단으로서 법인세 납세의무의 주체가 된다고 할 것이고(만약 원고가 법인세의 납세의무자의 요건을 갖추지 못한 비법인 사단 또는 재단이라면, 소득세법 제1조 제3항에 의하여 소득세 납세의무를 지게 되는 거주자로 되어 더 많은 납세의무를 지게 된다), 또한 앞서 든 증거들에 의하면, 이 사건 아파트 분양사업은 원고가 그 명의로 독자적으로 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 아파트 분양으로 인한 수익은 원고에게 귀속되었다고 할 것이다.

따라서, 이 사건 아파트 분양사업의 주체가 원고가 소속되어 있는 총회 유지재단이라거나, 실질과세의 원칙상 그 사업으로 인한 납세의무자는 총회 유지재단이라는 원고의 첫째 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

(가) 법인세법 제1조 제1항, 제2조, 같은 법 시행령 제2조 제1항에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대하여 법인세를 부과하되, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 비영리법인이라고 한다)에 대하여는 그 비영리 내국법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에도 불구하고 건설업 등의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여는 법인세 납세의무가 있다고 규정하고 있다.

따라서, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 아파트를 건축하여 분양한 사업은 법인세법 제1항 제1호 소정의 수익사업인 건설업에 해당한다 할 것이므로, 그 소득금액은 법인세 과세의 대상이 된다고 할 것이다.

(나) 법인세법 제18조 제1항은, 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서도, 제2항은, 대통령령이 정하는 비영리공익법인의 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 당해 사업연도의 소득금액에서 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금을 차감한 금액에 100분의 60을 곱하여 산출한 금액의 범위안의 지정기부금은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있다.

따라서, 앞서 본 증거들에 의하면, 원고는 이 사건 아파트를 분양하여 얻은 소득금액을 새 교회당을 건립하는 비용으로 전액 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 사건 소득금액은 전액 기부금에 해당하여 위 법령에 따라 그중 100분의 60을 손금에 산입하고, 나머지를 익금으로 보아 이에 대하여 법인세를 부과한 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이다.

(다) 법인세법 제17조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한고 규정하고, 제2항은, 내국법인이 각 사업연도에 있어서 상품·제품 또는 기타의 생산품을 판매함으로써 생긴 판매손익의 귀속연도는 그 상품·제품 또는 생산품을 인도한 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고, 제3항은, 내국법인이 각 사업연도에 있어서 제2항의 규정에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하고, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권등 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도한 경우에는 소유권등 이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 아파트를 신축하여 타인에게 이를 분양하고, 이 사건 법인세의 귀속연도인 1991년에 수분양자들을 입주시킴으로써 그들에게 이 사건 아파트를 인도하였으므로, 이 사건 아파트 분양사업의 귀속연도는 그 분양잔금이 청산되지 않았다고 하더라도 법인세법 제17조 제2항 소정의 상품 인도일이 속하는 1991년에 귀속되었다고 본 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

따라서, 이 사건 아파트의 분양사업은 비과세되어야 하거나, 과세소득이 발생하지 않았다는 원고의 둘째 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

(가) 갑제17호증, 을제3호증의 2의 각 기재, 증인 김윤기, 임충윤의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 이 사건 아파트 중 13세대는 1991. 10.경 원고의 새 교회당 신축공사대금으로 소외 신도산업주식회사에 양도하였다가 그후 1995. 3.경 원고와 위 회사 사이의 공사대금 정산에 따라 그중 4세대(103호, 105호, 803호, 906호)를 원고가 반환받은 사실, 위 4세대의 분양가액은 금 302,400,000원이고, 그 매입가액은 금 111,100,000원인 사실을 인정할 수 있으므로, 위 4세대는 1991 사업연도에는 아직 처분이 되지 않아 그 소득이 실현되었다고는 할 수 없어 그에 대한 매매차액인 금 191,300,000원은 이 사건 소득금액의 계상에서 제외되어야 할 것이다.

(나) 그리고, 갑제11호증의 1,2,3, 갑제12호증의 1,2,3, 갑제19,20호증의 각 기재, 증인 김ㅇ기, 임ㅇ윤의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 김ㅇ애는 소외회사로부터 1995. 8.경 이 사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 금 29,590,000원에 분양받았으나 이를 ㅇㅇㅇ호로 변경하였고, 소외 안ㅇ자는 소외회사로부터 1985. 8.경 이사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 금 24,510,000원에 분양받았으나 이를 ㅇㅇㅇ호로 변경하고 금 29,590,000원에 분양받은 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 소득금액의 산정에 있어서, 피고가 이 사건 아파트 ㅇㅇㅇ호를 김ㅇ애에게 금 56,000,000원에, ㅇㅇㅇ호를 안ㅇ자에게 금 39,400,000원에 분양한 것으로 계산함으로써 그 차액인 금 36,220,000원을 과다하게 계상하였으므로, 이 사건 소득금액에서 과다계상된 금액만큼 감액되어야 할 것이다.

(다) 한편 법인세법 제9조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제3항은, 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다.

따라서, 일반관리비 등 기간작용적 손금은 당해 사업연도 종료일 현재 채무가 확정된 것에 한하여 손금에 산입될 수 있고, 또 취득세, 등록세 등 각종 세금은 그 조세의 납세의무가 확정되는 사업연도의 손금에 산입될 수 있다고 할 것인바, 갑제9호증의 1,2의 각 기재, 증인 임ㅇ윤의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1991. 7. 10. 소외 ㅇㅇ산업주식회사에게 이 사건 아파트의 마무리 공사를 도급주어, 도장공사비 금 24,500,000원, 가스사용배관공사비 금 5,400,000원, 소방공사비 금 17,800,000원, 배출시설공사비 금 2,500,000원, 전기통신공사비 금 11,000,000원, 열사용기자재공사비 금 7,000,000원, 오수정화조공사비 금 6,500,000원, 합계 금 74,700,000원을 지출한 사실을 인정할 수 있으므로, 이는 이 사건 귀속사업연도에 해당하여 손금으로 산입되어야 할 것이나, 이를 제외한 나머지 원고 주장의 금액은 귀속사업연도가 다른 것이어서 손금에 산입될 수 없거나, 또는 그 지출사실을 인정할 만한 증거가 부족하거나 이미 이 사건 아파트의 분양원가로 장부상 계상된 금 2,320,000,000원 및 필요경비로 인정된 금 111,292,330원 속에 포함된 것으로 보이므로, 손금에 산입될 수 없다고 할 것이다.

따라서, 이 사건 소득금액의 산정에 있어서 위법이 있다는 원고의 셋째 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

다. 정당한 세액의 계산

앞서 인정한 바와 같이, 이 사건 아파트의 분양금액 중 반환받은 4세대의 분양금액과 이에 대한 분양원가를 공제한 차액 금 191,300,000원, 이 사건 아파트 중 ㅇㅇㅇ호, ㅇㅇㅇ호에 대한 과다계상된 분양대금 차액 금 36,220,000원, 소외 ㅇㅇ산업주식회사에 대한 마무리 공사비 금 74,700,000원을, 이 사건 소득금액에서 공제하면, 이 사건 소득금액은 금 2,935,487,670원이 되고, 그중 기부금으로서 손금으로 인정되는 100분의 60을 공제한 나머지 금 1,174,195,068원을 과세표준으로 하여 이 사건 정당한 법인세액을 산출하면, 이는 별지 법인세 계산내역서 기재와 같이 금 526,219,156원이 된다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 금 526,219,156원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 그 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조, 민사소송법 제89조, 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 9. 24.