대전지방법원-2006-구합-1014 (2006.11.22)

주 문

1. 이 사건 소 중 원고 ○○○의 소득세 부과처분 취소 청구 부분을 각하한다.

2. 원고 ○○○○○○ 주식회사의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청구취지

1. 피고가 2004. 4. 6. 원고 ○○○○○○ 주식회사에 대하여 한 별지 법인세 부과내역 기재 ‘잔존 부과처분’ 중 ‘원고들 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 선택적으로, 피고가 2004. 4. 6. 원고 ○○○에 대하여 한 별지 소득세 부과 내역 기재 ‘잔존 부과처분’ 중 ‘원고들 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다. 또는 피고가 2004. 4. 6. 원고 ○○○에 관하여 원고 ○○○○○○ 주식회사에 대하여 한 별지 소득금액변동통지내역 기재 ‘잔존 소득금액변동통지액’ 중 ‘원고들 주장의 정당한 통지액’ 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 과세처분 등의 경위

가. 원고 ○○○○○○주식회사(이하, ‘원고 회사’라고만 한다.)는 1986. 3. 24. 주택건설사업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 원고 ○○○은 1998년경부터 2004. 11. 3.까지 원고 회사의 대표이사로 근무하여 왔다.

나. 피고는 ○○지방국세청장으로부터 원고 회사에 대한 1997 사업연도부터 2001 사업연도까지의 정기 법인세조사결과를 통보받고, 아래 (1) 내지 (5)항 기재와 같이 가공매입세액 등 1,521억 3,434만 4,956원을 익금산입 또는 손금불산입하며, 미지급금 등 1,291억 1,667만 4,929원을 손금산입 또는 이익불산입하고, 사용처가 불분명한 금액 163억 3,637만 8,650원(= 2000년 사업연도 89억 3,784만 6,907원 + 2001년 사업연도 73억 9,853만 1,743원)을 당시 대표이사였던 원고 ○○○에 대한 상여로 처리하며 과소납부 세액을 산출한 후에 신고 및 납부불성실가산세를 추가하여 2004. 4. 6. 원고 회사에 대하여 1999년 사업연도 법인세 83억 6,891만 2,030원 , 2000년 사업연도 법인세 78억 3,669만 980원, 2001년 사업연도 법인세 14억 3,138만 5,810원을 각 부과˙고지하였고, 같은 날 원고 회사에게 원고 ○○○에 대한 상여 등의 처분에 관한 소득금액 변경통지를 하였으며, 그 무렵 위 소득금액 변경통지서를 받은 원고 회사는 2004. 5. 10. 근로소득세 64억 8,757만 8,210원(= 2000년분 35억 3,264만 2,210원 + 2001년분 29억 5,493만 6,000원)을 원천징수하여 피고에게 납부하고, 원고 ○○○은 위 금원을 수정신고하였다.

(1) 주식양도대금 차액의 익금산입

원고 회사는 2000. 11. 15. 보유중인 ○○○○○○(이하, ‘○○○○○○’이라고 한다.)의 주식 51만 5,383주(이하, ‘이 사건 주식’이라 한다.)를 ○○건설 주식회사(이하, ‘○○건설’이라 한다.)에 대금 3억원(1주당 약 582.09원)에 양도하였는데, 피고는 원고회사의 대표이사이던 원고 ○○○이 원고 회사의 주식 48.57%(모 소유지분 10% 포함)를 소유하는 동시에 ○○건설의 주식 20%를 소유하고 있으므로, ○○건설의 주주 등과 그 친족이 원고 회사의 발행주식 총수의 30% 이상을 출자하고 있는 경우에 해당하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호 및 동항 제4호에 의하여 원고 회사와 ○○건설은 특수관계에 있다고 판단함과 아울러 상속세법 및 증여세법(이하, ‘상증법’이라 한다.)에 의하여 이 사건 주식의 1주당 가액이 582.09원이 아닌 5,423원이라고 평가하고, 특수관계자에게 자산을 저가 양도하였다며 그 평가액 차이 금 24억 9,492만 2,000원(=(5,423원 - 582.09원) × 515.383}을 익금에 산입하고 기타 사외유출로 처분하였다.

(2) 지급이자 손금불산입 등

피고는 원고 회사와 ○○건설이 특수관계에 있다는 것을 전제로, 원고 회사가 ○○건설이 발주한 ○○ 5차 아파트 부지공사를 해주고 지연회수한 공사대금 34억 7,050만원(부가가치세 포함, 이하, ‘이 사건 공사대금’이라 한다.)에 대한 인정이자 금 6억8,756만 364원을 익금산입하고, 이 사건 공사대금과 별도로 원고 회사가 ○○건설에 약정에 의하여 대여한 금원(이하, ‘이 사건 대여금’이라 한다.)에 대한 이자 과소계상분 13억 1,988만 3,547원(= 1999 사업연도 532만 3,765원 + 2000 사업연도 11억 2,683만 3,587원 + 2001 사업연도 1억 8,772만 6,195원)을 익금산입하며, 가지급금 등과 관련된 차입금 지급이자 상당액 금 76억 5,699만 4,539원 {= 1998 사업연도 18억 5,753만 1,613원(1998 사업연도의 경우 과세표준이 마이너스로 법인세를 내지 않았으므로, 세무상 공제 가능한 이월결손금이 같은 금액만큼 줄어들게 되었고, 이는 실질적으로 1999 사업연도에 같은 금액만큼이 과세되는 효과가 발생하였다.) + 1999 사업연도 30억 3,104만 8,733원 + 2000 사업연도 18억 1,672만 6,879원 + 2001 사업연도 9억 5,168만 7,314원}을 손금불산입하였다.

(3) 업무추진비 손금불산입

원고 회사가 아파트부지를 조성하기 위한 업무추진비 명목으로 계상한 경비 70억 300만원(이하, ‘이 사건 업무추진비’라 한다.)에 관하여, 원고 회사가 이를 임˙직원을 통하여 우회적으로 지출하였고, 그 증빙이 불비되었다는 이유로 전액 손금 불산입하는 동시에 소득자에 따라 상여 또는 기타 사외유출로 소득처분하였다.

(4) 장기예약매출에 대한 공사진행을 재계산 후 공사수익 익금산입

원고 회사는 1998 사업연도부터 2001 사업연도까지 ○○시 ○○읍에서 ○○ 2차아파트 공사를 수행하면서 진입도로와 기존의 간선도로와의 연결부위에 대한 입체교차로 설치비용 54억 6,534만 7,370원(이하, ‘이 사건 설치비용’이라 한다.)을 총공사예정 원가 4,150억 2,100만원(=1998년도 1,251억 7,300만원 + 1999년도 1,435억 3,000만원 + 2000년도 1,445억 1,800만원)에 포함하여 작업진행률을 계산하였는데, 2001. 3.경 최종적으로 이 사건 입체교차로를 설치하지 아니하고 평면교차로를 설치한 상태로 아파트 준공검사를 받아 분양을 완료하였다. 이에 ‘원고 회사가 1999 사업연도 및 2000 사업연도의 공사수익을 인식하여 그 차액 46억 3,075만 7,019원(= 1999 사업연도 27억억 8,975만 7,902원 + 2000 사업연도 27억 1,556만 1,382원)을 익금산입하였다.

(5) 가공매입금액에 대한 상여처분 등

원고 회사는 2000 사업연도에 ○○건설이 아파트 공사와 관련하여 지급하여야 할 비용을 대신 지급하고 이를 원고 회사의 매입으로 회계처리한 후 그 증빙으로 ○○건기주식회사(이하, ‘○○건기’라고 한다.) 등으로부터 합계 62억 1,830만원에 달하는 가공매입세금계산서를 수취하여 증빙으로 첨부하는 한편, ○○건설로부터 총 63억 4,500만원에 달하는 어음을 수취하여 이를 매출로 회계처리한 것에 대하여 매출로 회계처리된 63억 4,500만원을 가공매출로 보아 익금불산입하고, 가공매입으로 유출된 금 62억 1,830만원(= 2000 사업연도 4억 9,331만 8,182원 + 2001 사업연도 17억 2,498만 1,818원)을 손금불산입함과 동시에 당시 대표이사인 원고 ○○○에게 상여로 소득처분하였다.

다. 이에 대하여 원고 회사가 ○○지방국세청에 이의신청을 하였고, ○○지방국세청은 2004. 12. 31. ○○○○○○의 주식양도와 관련하여 1주당 시가를 5,423원이 아닌 2,490원으로 보아 부당행위계산 부인을 함이 타당하다며, 1주당 시가를 2,490원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 내용의 결정을 하였으며, 피고는 위 결정에 따라 2005. 1. 28. 원고 회사의 2000 사업연도분 법인세 78억 3,669만 980원을 70억 5,324만 9,430원으로 감액경정하였다.

라. 그 후 원고 회사가 제기한 국세심판 절차에서, 이 사건 주식의 시가를 상속세 및 증여세법상의 보충적 평가액으로 하되, 국세심판 결정례에 따라 정리채권은 현재가치로 할인한 가액으로 대체하는 방법으로 평가하여 1주당 가액은 1,239원이라 산정하고, 종래 평가액 1주당 5,423원과의 차액을 익금산입액에서 제외하였고, 원고 회사가 ○○건설로부터 지연회수한 이 사건 공사대금에 대한 인정이자 계산분 6억 8,756만 364원은 익금산입에서 제외하였으며, 원고 회사가 이 사건 입체교차로 설치를 하지 않기로 확정된 시기는 2000. 11.경이므로, 1999 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어서는 이 사건 설치비용 54억 6,534만 7,370원을 총공사예정원가에 포함하고, 2000 사업연도부터는 사도개설과 관련한 실제 발생원가 누계액을 총공사예정원가에 포함하는 것으로 작업진행률을 계산하여 수입금액을 재계산하고, 1998년부터 2000년도까지 가공매입거래로 조성한 자금 중에서 토지 구입대금으로 사용처가 확인된 36억원은 각 지출연도에 토지취득원가에 가산하여 연도별 당해 아파트 분양수입에 대응되는 매출원가상당액은 손금에 산입하여 각 과세표준과 세액을 경정함과 아울러 가공매입금액 중 사용처가 불분명한 것으로 보아 2000 사업연도에 원고 ○○○에게 상여처분한 89억 3,784만 6,907원 중에서 36억원을 차감하여 그 소득처분을 경정하고, 2000 사업연도에 ○○건설의 부외비용 63억원을 가공매출과 연결된 가공매입금액과 관련하여 원고 ○○○에게 상여처분한 사항에 대하여는 원고 회사가 가공매출액 금 63억 4,500만원을 실제로 회수하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 소득처분을 경정한다는 결정을 하였다.

마. 이에 피고는 2006. 1. 23. 원고 회사에 대한 법인세 20억 6,357만 2,770원(= 1999 사업연도 18억 1,853만 1,790원 + 2000 사업연도 2억 2,650만 5,730원 + 2001 사업연도 1,853만 5,250원)을 감액경정하였고, 2006. 1. 24. 원고 ○○○에 대한 2000년분 소득금액변경통지 중 36억원을 감액하고, 2000년분 근로소득세 14억 4,000만원을 환급하는 한편, 원고 회사에 대하여 2006. 3. 27.부터 2006. 4. 21.까지 이 사건 가공매입 및 그와 관련된 가공매출에 대하여 재조사하였고, 그 결과 원고 회사가 지출한 68억 4,013만원(부가가치세 포함) 중 금 8억 3,140만 5,000원은 부가가치세 등으로 실제 지출된 사실이 확인된다며 이에 대하여 당초 원고 ○○○에 대한 상여처분에서 제외하고 기타 사외유출 처분하고, 2006. 6. 9. 원고 ○○○에 대한 2000년분 근로소득세 3억 3,256만 2,000원을 환급하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 1-1,2, 갑 2-1,2,갑 3, 갑 4, 갑 6-1~5, 갑 48, 갑 49, 을 1~15, 을 16-1~4, 을 17-1,2, 을 18, 을 44-1~8, 을 45-1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 원고 ○○○의 소득세 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부 원고 ○○○은, 피고가 원고 ○○○에 대하여 별지 소득세 부과내역 기재 ‘잔존 부과처분’란 기재와 같은 소득세 부과처분을 하였음을 전제로 그 중 ‘원고들 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분의 취소를 구한다.

그런데 위 부과처분 등의 경위에 의하면, 원고가 2004. 4. 6. 원고 회사에게 원고 ○○○에 대한 상여 등의 처분에 관한 소득금액 변경통지를 하였고, 그 무렵 위 소득금액 변경통지서를 받은 원고 회사가 2004. 5. 10. 원고 ○○○의 근로소득세를 원천징수하여 피고에게 납부한 사실이 인정된다.

한편, 원천징수라 함은 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자가 법이 정하는 바에 의하여 지급받는 자가 부담할 세액을 정부를 대신하여 원천적으로 징수하는 것을 말하며, 법에 의하여 징수할 의무가 있는 자를 원천징수의무자라 하고 징수한 세액은 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 관할 세무서 등에 납부하여야 하는바(소득세법 제127조, 제128조), 원천징수하는 소득세에 있어서 소득금액을 지급하는 때에 세금을 납부할 의무가 성립하고(국세기본법 제21조 제2항 제1호), 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정되는 것이며, 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경청일로부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의해 법인에게 통지하여야 하고, 이 경우 당해 배상˙상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은날에 지급한 것으로 의제되는 것이므로(소득세법 시행령 제192조), 이 사건의 경우 원고 회사가 소득금액변동통지서를 받은날에 소득세 납부의무가 성립˙확정되었다고 할 것이다.

위와 같이 원천징수에 있어서 국가에 대하여 법률상 납세의무를 부담하는 자는 원천징수의무자이고, 과세권자인 피고로서는 원천징수의무자인 원고 회사가 원고 ○○○으로부터 원천징수하여 납부한 세금을 징수한 바 있으므로, 원천징수의무자인 원고 회사는 피고의 소득금액변동통지에 불복하여 행정소송을 제기할 수는 있다고 할 것이나, 원천납세의무자의 경우에는 과세권자가 직접 그에게 원천세액을 부과한 경우가 아닌 한 과세권자의 원천징수의무자에 대한 납세고지로 인하여 자기의 원천세 납세의무의 존부나 범위에 아무런 영향을 받지 아니하므로 그 자신이 직접 피고를 상대로 항고소송을 제기할 수 없다(대법원 1994. 9. 9. 선고 93누22234 판결 등 참조).

따라서, 이 사건 소 중 원고 ○○○의 소득세 부과처분 취소 청구 부분은 당사자적격이 없는 자에 의하여 제기된 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분 중 주식양도대금 차액의 익금산입, 지급이자 손금불산입 등에 관련된 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 원고 ○○○은 1998. 4. 30. △△△에게 그가 소유하던 ○○건설의 보통주식 4만주(지분 20%)를 대금 600만원(= 주당 150원 × 4만주)에 매각하였고, 같은날 그 대금을 지급받았으나, 당시 △△△가 공무원 신분인 관계로 주주명부상 명의개서를 하지 못하고 있었다. 그런데 △△△가 공직에서 물러나 2000. 11. 24. ○○건설의 이사로 취임한 후 2004. 3.경 자신의 지분이 주주명부상 등재되어 있지 않은 사실을 발견하였고, 이에 원고 ○○○에게 주권인도 및 명의개서를 정식으로 요청하였으나 원고 ○○○이 ○○건설에 대한 통지를 거부하여 2004. 5. 11. 수원지방법원 ○○○○가단○○○○○호로 주권인도 청구의 소를 제기하였으며, 2004. 11. 5. 승소판결을 받아 위 판결에 기하여 명의개서를 하였고, 위 판결은 확정되었다. 그런데 이 사건 ○○건설 주식 양도 당시 ○○건설은 주권미발행 상태였으므로 당사자 간의 주식 양도 합의만으로 주식양도의 효과가 발생하였다 할 것이므로, 원고 회사의 ○○건설에 대한 이 사건 대여금에 대한 가지급금 인정이자 또는 가지급금 관련 차입금의 지급이자 등이 문제된 시점이나 원고 회사가 ○○건설 사이의 특수관계가 이미 소멸되었다. 따라서 원고 회사와 ○○건설이 특수관계자임을 전제로 하여 이 사건 ○○○○○○ 주식 양도대금 차액을 익금산입하고, 이 사건 대여금에 대한 인정이자를 재계산하여 익금산입하며, 가지급금 등 관련 차입금의 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하다.

(2) 가사 원고 회사와 ○○건설이 특수관계에 있다 하더라도 상증법에 의한 평가방법은 부당행위의 계산부인 규정을 적용함에 있어 ① 비교할 시가가 전혀 없거나, ② 시가가 있더라도 거래당사자가 특수관계에 있어 비교에 적절하지 않은 경우에만 사용되어야 할 것임에도 비교가능한 시가를 발굴하여 이를 적용하려는 노력없이 막연히 상증법에 의한 평가방법을 적용하는 것은 위법하고, 나아가 주식의 저가양도에 따른 부당행위계산부인에 있어서 2000. 11. 15. 이 사건 ○○○○○○ 주식의 양도시점에 ○○○○○○ 주식의 가치는 1주당 0원에 가까워 1주당 약 582원에 양도한 것은 경제적 합리성이 없는 거래가 아니다.

(3) 따라서 이와 다른 전제에서 계산하여 산정한 법인세 부과 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계법령

○ 법인세법

제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】

제28조 【지급이자의 손금불산입】

제52조 【부당행위계산의 부인】

○ 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것

제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)

제87조 (특수관계자의 범위)

제88조 (부당행위계산의 유형 등)

제89조 (시가의 범위 등)

○ 상속세 및 증여세법

제63조 (유가증권 등의 평가)

○ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 29 대통령령 제17039호로 개정되기 정의 것)

제54조 (비상장주식의 평가)

제60조 (조건부권리 등의 평가)

다. 인정사실

(1) ○○건설은 1991. 4. 11. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○○-○ ○○○빌딩 ○○층을 본점소재지로, 주택건설업 등을 사업목적으로 하여 설립된 회사인데, 2004. 11. 5. 현재 등기된 자본금 10억 5,500만 원, 21만 1,000주에 대해 그 주주들에게 주권을 발행하지 않았다.

(2) ○○건설의 주식이동상황명세서에 의하면, 1997년도부터 2002년도까지 ○○건설의 총 주식은 20만 주이고, 2003년부터 총 주식이 21만 1,000주가 되었다.

(3) 원고 ○○○은 1998년경 박○○ 등에게 명의신탁하였던 ○○건설의 주식 합계 12만 주를 실명전환하였고, 이미 자신의 명의로 보유하고 있던 주식 5만 6,000주를 합하여 총 17만 6,000주를 그 명의로 보유하게 되었는데, 1998. 6. 29. 최○○에게 3만 6,000주, △△△에게 5만주, 최○○에게 1만 8,000주, ○○○에게 3만 2,000주를 각 양도하였고, 이에 대한 증권거래세 신고를 함과 아울러 주식이동상황명세서에 양도사실이 기재되도록 하였다.

(4) 원고들이 제출한 1998. 4. 30.자 원고 ○○○과 △△△ 사이의 주식양도 ․ 양수계약서에는 원고 ○○○이 △△△에게 이 사건 ○○건설 주식 보통 주식 4만 주(당시 ○○건설의 20%)를 양도하되, 주식양도대금을 계약일에 현금으로 지급하기로 하고, 원고 ○○○이 대금을 수령함과 동시에 주권에 대한 모든 권리를 △△△에게 양도한다고 기재되어 있다.

(5) △△△는 2000. 11. 24. ○○건설의 대표이사로 취임한 이후 2005. 3. 22.경까지 줄곧 ○○건설의 대표이사로 근무하였다.

(6) △△△는 2004. 5. 11. 원고 ○○○을 상대로 수원지방법원 ○○○○가단○○○○○호 주권인도 청구의 소를 제기하였고, 소송과정에서 원고 ○○○은 ‘이 사건 ○○건설 주식 양도계약은 ○○시 ○○구 ○○2택지개발지구 ○○○○ 블록에 ○○층 내지 ○○층 아파트 ○개 동 ○○○세대를 신축한 ○○건설로부터 그 분양대행권을 수여 받은 원고 ○○○이 △△△의 도움을 받아 1998. 10.까지 위 아파트 전세대의 분양을 완료할 것을 정지조건으로 하여 성립된 것인데, 위 시기까지 그 분양완료가 이루어지지 아니하였으므로, 위 계약은 위 조건의 미성취로 인하여 그 효력이 발생하지 아니하였다 할 것이니, 그 유효를 전제로 하는 위 주식양도통지의무는 발생할 여지가 없다.’라는 주장과 같이 정지조건부계약이라는 점을 인정할만한 증거가 전혀 없다는 이유로 원고 ○○○에 대하여 ○○건설에 이 사건 주식양도통지의무의 이행하라는 내용의 판결이 선고되었다.

(7) 위 판결에 대하여 원고 ○○○이 항소하지 않아 위 판결은 그 무렵 확정되었고, 이 사건 ○○건설 주식에 관하여는 위 판결선고일인 2004. 11. 5. 그 명의개서가 완료되었다.

(8) 한편, ○○건설은 1998 사업연도부터 2004 사업연도가지 법인세 신고를 하면서 원고 ○○○이 1998 사업연도부터 2003 사업연도까지 이 사건 ○○건설 주식 4만 주를 보유하고 있다가 2004 사업연도에 위 주식을 처분한 것으로 기재된 주식이동상황명세서를 제출하였고, 이 사건 ○○건설 주식과 관련하여 증권거래세가 납부된 바도 없으며, ○○지방국세청장이 원고 회사에 대하여 2002. 7. 11.부터 2004. 2. 27.까지 1997 사업연도부터 2001 사업연도까지의 정기 법인세조사를 할 당시에도 원고 회사는 이 사건 ○○건설 주식 양도에 관하여 주장을 하거나 관련서류를 제출하지 않았다.

(9) 1998. 4. 30. △△△의 처 박△△ 명의의 ○○은행 예금계좌에서 현금 600만 원이 인출되었다.

(10) ○○건설산업주식회사는 2000. 12. 29. ○○○○○○의 주식 57만 4,040주를 특수관계자에게 1주당 175원에 양도하였다.

(11) ○○○○○○은 2000. 11. 7. 그와 특수관계에 있는 주식회사 ○○산업개발로부터 자기주식 7만 8,566주를 대금 1억 9,560만 4,440원(1주당 2,490원)에 취득한 것을 비롯하여 씩 2000. 4. 1.부터 2000. 12. 31.까지 그와 특수관계에 있는 17개 주택건설사업체로부터 자기주식을 1주당 2,490원에 취득하였다.

(12) 이 사건 ○○○○○○ 주식 양도 대금지급일인 2000. 12. 18.을 기준으로 한 ○○○○○○의 총 발행 주식수는 2억 8,972만 2,800주이고, 3년간 순손익액의 가중평균액은 -372억 1,848만 884원이어서, 1주당 3년간 순손익액의 가중평균액은 약 1128.5원(= -372억 1,848만 884원/2억 8,972만 2,800주)이고, 총리령이 정하는 이자율은 10%이므로, 상증법 시행령 제54조 제1항에 의하여 평가한 1주당 가액(순손익가치)은 0원 {-1,285원(=-128.5원/0.1)}이 된다.

(13) 한편, 2000. 12. 31.을 기준으로 하여 상증법상 계산방법에 의하여 평가한 ○○○○○○의 순자산가액은 1조 5,786억 7,963만 4,475원{= 자산 총계 5조 43억 7,862만 4,605원(= 대차대조표상의 자산 3조 2,186억 4012만 1,564원 + 구상채권대손충당금, 분양이행대손충당금, 장기성대출충당금 등 충당금 합계 4조 4,378억 5,208만 6,276원 + 유보금액 425억 7,241만 6,765원 - 회수불능확실충당금 2조 6,946억 8,600만 원) - 부채 총계 3조 4,256억 9,899만 130원(= 대차대조표상 부채액 4조 3,355억 3,351만 7,243원 - 구상채권상각충당금 9,098억 3,342만 7,113원)인바, 상증법 시행령 제54조 제2항의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액(순자산가치) = 약 5449원(= 1조 5,786억 7,963만 4,475원/2억 8,972만 2,800주)이다.

(14) 2000. 12. 31.경 ○○○○○○의 자산 중 정리채권의 장부가액은 약 2조 2,513억 7,900만 원인바, 상증법 시행령 제60조 및 국세청장이 시달한 ‘회사정리법에 의한 정리채권 및 정리채무의 평가방법 업무지시’에 의하여 정리채권 장부가액 약 2조 2,513억 7,900만 원은 평가기준일 현재 현재가치로 할인한 금액 약 1조 316억 2,800만원으로 대체하여 순자산가액을 계산하여 1주당 가액(순자산가치)를 추정하여 평가하면, 약 1,239원(=5,449원 - (2조 2,513억 7,900만원 - 1조 316억 2,800만 원)/289,722,800주}이 된다.

(15) 한편, ○○회계법인이 감사하여 공시한 ○○○○○○의 2000 사업연도 재무제표에 대한 감사보고서에 의하면, ○○○○○○은 주택사업공제조합으로 설립되어 1999. 6. 주식회사(기존 조합원출자금 3조 2,500억 원을 47% 감자하여 8,480억 원을 최초 자본금으로 함)로 전환된 회사로서 2000 회계연도에 당기 영업순손실은 1조 7,102억 3,200만 원이며, 당기순손실은 1조 8,352억 6,00만 원이 발생하였고, 당기 대차대조표일 현재 회사의 유동부채가 유동자산보다 1조 1,099억 원만큼 많고 누적결손으로 인하여 총부채가 총자산보다 1조 1,168억 9,300만 원 많아 계속기업으로서의 존속능력에 중대한 의문을 불러일으킬 불확실성이 존재한다고 보고되고 있다.

[인정근거] 갑 7 내지 12, 갑 13-1,2, 갑 14~16, 갑 22-5, 갑 25, 갑 44, 갑 45, 갑 46-1~5,을 21-1,을 27-1, 2,을 34, 의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 특수관계 있는 자와의 거래행위인지 여부

이 사건의 경우 원고 회사의 주장과 같이 1998. 4. 30. 이 사건 ○○건설 주식이 △△△에게 양도되어 그 효력이 발생한 것이라면 이 사건 주식의 양도 시점 등에 원고회사와 ○○건설 사이의 법인세법상 특수관계는 소멸하는 것이고 그렇게 되면 이 사건 각 부과처분 중 특수관계의 성립을 전제로 하는 주식의 저가양도에 관한 부당행위 부인액, 이 사건 대여금의 인정이자 차액 상당 익금 산입액, 원고 회사 가지급금 관련 차입금 지급이자 손금불산입액을 기초로 한 세액 부분은 당연히 위법하여 취소되어야 하므로, 과연 원고 ○○○이 1984. 4. 30. 이 사건 ○○건설 주식을 △△△에게 양도하였는지 여부에 관하여 본다.

위 인정사실에 의하면, ○○건설이 법인세 신고 당시 제출한 주식이동상황명세서에도 원고 ○○○이 2003 사업연도까지 위 주식을 보유하다가 2004 사업연도에 처분한 것으로 기재되어 있다는 것이바, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 ○○건설 주식은 2004년도에 양도된 것으로 추정된다 할 것이므로, 그 이전에 위 주식이 양도되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 할 것이다.

그런데 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고 회사가 이 사건 세금문제가 발생하기 전까지는 ○○건설의 주식을 양도받았다고 주장한 바 없는 점, ② ○○건설의 2003 사업연도까지의 주식이동상황명세서에 주식이동상황이 표시된 바도 없고, 이 사건 주식의 양도로 인한 증권거래세를 신고ㆍ납부한 바도 없는 점, ③ 1998. 4. 30. △△△의 처 박△△의 통장에서 600만 원이 현금으로 인출되었다는 점만으로는 이 금원이 주식매매대금으로 지급되었다고 곧바로 인정할 수 없는 점, ④ △△△가 수원지방법원에 제기한 주권인도청구의 소는 원고 회사에 대한 세무조사가 종료된 이후인 2004. 5. 11.에야 비로소 제기된 것이고, 그 판결의 내용을 보더라도 원고 ○○○이 주식 양도계약 및 대금지급에 관하여는 전혀 다투지 아니한 채 원고들이 제시하는 주권양도ㆍ양수계약서상에 아무런 기재가 없는 등 그 근거 자료가 전혀 없어 받아들여질 가능성이 희박한 정지조건 미성취 항변만을 하였으며, 판결 선고일인 2004. 11. 5. 명의 개서가 이루어졌고, 원고 ○○○이 위 판결에 항소하지 않았는바, 이 사건 각 부과처분을 의식하여 형식적으로 소송을 제기한 것이 아닌가 하는 의심이 강하게 드는 점, ⑤ △△△가 1998. 4. 30.경 이 사건 ○○건설 주식을 실제로 양수하였다면 2000. 11. 24. ○○건설의 대표이사로 취임하고서도 2004. 3.경까지 주주명부에 등재된 사실을 몰랐다는 것에 쉽게 수긍이 가지 않는 점. ⑥ △△△가 1999년부터 2004년까지 매해 3월 말에 개최되는 ○○건설의 정기주주총회소집통지를 받고 총회에 참석하였다는 취지의 갑 제41,42,43호증의 각 1 내지 6의 각 기재는 임시주주총회의사록은 공증이 된 것과 달리 정기주주총회의사록이 공증되지 않았고, 5년간 소집통지영수증 상 △△△의 서명이 같은 필기구로 작성된 것으로 보이는 사정 등에 비추어 믿기 어려운 점, ⑦ △△△가 ○○건설의 주주로서 2003. 7. 1.자 및 2003. 8. 28.자 임시주주총회에 참석하였다는 내용의 갑 제39,40호증의 각 기재만으로는 △△△가 1998. 4. 30. 원고 ○○○으로부터 이 사건 주식을 양도받았다는 점을 인정하기에 부족한 점 등을 종합하면, 원고 회사의 주장과 같이 원고 ○○○이 이 사건 ○○건설 주식을 1998. 4. 30. △△△에게 양도하였음을 인정하기 어렵고, 이 사건 ○○○○○○ 주식의 양도 시점이나 이 사건 대여금에 대한 인정이자 및 차입금에 관한 지급이자 등이 문제되는 시점에 원고 ○○○이 이 사건 ○○건설 주식을 보유하고 있었다고 봄이 상당하다.

따라서, 위 시점에 원고 회사와 ○○건설이 특수관계에 있지 않다는 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때에 해당하는지 여부

(가) 법인세법 제52조가 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

한편, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 주주 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 들고 있고, 같은 령 제89조 제1항, 제2항에 의하면, 부당행위계산의 부인과 관련하여 시가는 당해거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간의 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고, 시가가 불분명한 경우에는 보충적으로 상증법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 기준으로 하도록 규정하고 있다.

그렇다면, 비상장주식의 평가에 있어서 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고, 그와 같은 실례가 없거나 실례가 있더라도 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없는 경우로서 달리 시가를 산정할 방법이 없는 경우에는 상증법과 구 상증법 시행령에서 정한 보충적 평가방법에 의하여 주식가액을 평가하여야 하며, 한편, 시가나 보충적 평가방법에 의한 가액에 미달하여 거래를 하였다 하더라도 그 거래가 경제적 합리성을 결한 것이 아니면, 부당행위계산 부인을 할 수 없다 할 것인바, 조세소송에 있어서 과세관청이 과세처분의 적법성을 입증하여야 하고 과세처분을 하기 위해서는 과세요건 사실의 인정이 필요하므로 과세요건 사실의 존부 또는 과세표준에 관하여 원칙적으로 과세관청이 입증 책임을 부담하므로, 부당행위계산 부인에 있어서도 원칙적으로 과세관청이 납세의무자의 행위가 부당행위계산에 해당한다는 점을 입증하여야 하고, 시가와의 비교를 필요로 하는 부당행위계산 유형에 있어서는 시가를 과세관청이 입증하여야 할 것이나, 과세관청으로서는 법인세법 시행령 제88조 제1항 등에서 정하여진 유형의 행위에 해당하는 것만 입증하는 것으로 족하고, 부당행위계산 부인 규정의 적용을 피하기 위해서는 납세의무자가 조세의 감소가 없다거나 거래가 경제적 합리성이 있어 조세를 부당하게 감소한 것이 아니라는 점을 입증하여야 한다.

(나) 이 사건의 경우, ○○건설산업주식회사가 2000. 12. 29. ○○○○○○의 주식 574,040주를 그 특수관계자에게 1주당 175원에 양도하였고, ○○○○○○이 2000. 4. 1.부터 2000. 12. 31.까지 그와 특수관계에 있는 17개 주택건설사업체로부터 자기주식을 1주당 2,490원씩에 취득한 것은 본 바와 같으나, 이는 특수관계자 간의 거래로서 불특정 다수인 사이에 자유로이 이루어지는 통상적인 거래가 아니므로 위 175원이나 2,490원이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없고, 그밖에 제3자 간에 일반적으로 거래된 매매사례가액을 인정할 만한 자료가 없으므로, 달리 시가를 산정할 방법이 없어 보충적 평가방법을 택할 수밖에 없다고 할 것이다. 그런데 피고가 구 상증법 제61조 내지 제64조의 규정에서 정한 보충적 평가방법과 정리채권에 대한 가액조정에 의하여 2000. 12. 30. 현재 이 사건 주식의 시가를 1주당 1,239원이라고 평가한 사실은 위 인정과 같고, 이 사건 주식의 양도가액인 1주당 약 582원은 위평가액에 미달하므로, 원고 회사의 이 사건 ○○○○○○ 주식의 양도는 일응 법인세법 시행령 제 88조 제1항 제3호 소정의 ‘특수관계에 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때’에 해당한다.

그러므로 원고 회사의 주장과 같이 이 사건 ○○○○○○ 주식의 양도시점에 ○○○○○○ 주식의 가치가 1주당 0원에 가까워 1주당 약 582원에 양도한 것이 결코 경제적 합리성이 없는 거래가 아닌지 여부에 관하여 살피건대, 2000 사업연도 대차대조표상 2000. 12. 31. 현재 ○○○○○○의 유동부채가 유동자산보다 1조 1,099억 원만큼 많고 누적결손으로 인하여 총부채가 총자산보다 1조 1,168억 9,300만 원 많아 자본잠식상태에 있는 것으로 감사보고되고 있음은 앞서 본 바와 같고, 이를 기초로 이 사건 양도시점에서의 ○○○○○○ 주식의 가치를 평가할 경우 원고가 주장하는 바와 같이 0원에 가까울 수 있다. 그렇지만, ○○○○○○ 주식의 가치는 유형적ㆍ물리적 재산만으로 평가될 수 있는 것은 아니고 인적 구성이나 조직, 대외적 지명도 등 무형적 가치도 그 평가 요소가 될 수 있는 점, 구 상증법 시행령 제55조는 비상장주식의 가치 산정의 기준이 되는 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하되, 이를 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 이연자사ㆍ준비금ㆍ충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다고 규정하고 있는바, 일응 그 평가방법이 합리적이라고 할 것이고, 다른 대안이 없는 한 그 평가 방법을 따라야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 상증법상 계산방법에 따라 ○○○○○○의 2000. 12. 31. 현재 순자산가치(대차대조표상의 자산에 구상채권대손충당금, 분양이행대손충당금, 장기성대출충당금을 더하고 회수불능확실충당금을 공제한 자산총계와 대차대조표상 부채액에서 구상채권상각충당금을 뺀 부채 총계의 차액)는 1조 5,786억 7,963만 4,475원인 점, 원고 회사는 이 사건 양도 당시 ○○○○○○ 주식 1주당 가치가 0원에 가깝다는 주장만을 할 뿐 그 양도가액인 587원이 어떠한 근거로 산출되었으며, 그 가액이 왜 합리적인 지에 관하여는 구체적으로 주장ㆍ입증하지 못하고 있는 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 대차대조표상 순자산이 잠식상태라는 사정만으로 곧바로 이 사건 ○○○○○○ 주식의 양도가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있다고 단정하기에는 부족하므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

4. 이 사건 각 부과처분 중 작업진행률의 재계산에 따른 익금산입에 관련된 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

원고 회사가 ○○시 ○○읍에 ○○ ○차 아파트 공사를 시행하던 중인 1998년경 ○○시가 원고 회사 및 인근에서 아파트 공사를 시행하던 ○○건영주식회사와 ○○상사주식회사에 대하여 아파트 부지와 인근 ○○호 국도를 연결하기 위한 사도 설치를 요구함에 따라 원고 회사 등은 사도를 설치하기로 하고, 1998. 2. 10. ○○시로부터 ‘교통영향평가 심의내용을 준공 전까지 이행할 것’을 조건으로 사도 설치 허가를 받았으나, 1998. 4. 15. ○○토지공사는 원고 회사가 국도 4호선에 접속부위가 평면교차로인 사도를 연결할 경우 교통소통에 문제가 되므로 사도개설계획을 변경하여 수립할 것을 요구해 왔으며, 이에 원고 회사 등은 평면교차로가 아닌 입체교차로를 설치하기로 합의하였다. 그런데 1999. 5. 18. ○○토지공사에서 재차 사도의 접속이 불가함을 알려와 원고 회사가 관계기관 사이에서 갈팡질팡하는 동안 위 아파트의 공사가 완료되었고, 조속히 분양을 해야 하는 원고 회사로서는 위 사도와 제43호 국도를 평면교차로로 연결하는 것을 강행하였으며, 이후 준공검사를 득하여 아파트의 분양을 마치게 되었고, ○○토지공사는 2001 1.경에야 원고 회사가 분납금을 납부한 후 사도 접속에 협조하겠다는 공문을 보내왔다. 따라서 원고 회사가 1999 및 2000 사업연도의 작업진행률을 계산하기 위하여 총공사예정비를 계산하는 시점에는 입체 교차로를 건설할 예정이었으므로, 입체교차로 설치비용을 총공사예정비에 포함하여 1999 및 2000 사업연도의 작업 진행률을 계산한 것은 합리적이라 할 것인바, 피고가 뚜렷한 근거 없이 입체교차로를 설치하지 않기로 최종 확정된 시기를 2000. 11.경으로 보아 원고회사의 1999 사업연도 작업진행률 계산은 인정하면서도 2000 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어서는 입체교차로 설치의무가 소멸되었으므로 실제 평면교차로 건설비용만 산입하여야 한다며 작업진행률을 재계산하여 그 차액을 익금산입한 것은 위법하다.

나. 관계법령

○ 법인세법시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

○ 건설업회계처리준칙

제3조(정의) 이 준칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

다.인정사실

(1) 원고 회사는 ○○시 ○○읍에 ○○ ○차 아파트 공사를 시행하던 중인 1998. 2. 10. 인근에서 아파트 공사를 시행하던 ○○건영주식회사와 주식회사 ○○등과 함께 ○○시로부터 ‘교통영향평가 심의내용을 준공 전까지 이행할 것’ 등을 조건으로 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○-○ ~ ○○리 ○○-○ 구간, 연장 581.5m, 폭 20m의 사도 설치 허가를 받고, 1998. 8. 6. 사도 설치 착공 신고를 하였다.

(2) 그런데 ○○토지공사가 1999. 4. 15. 자신이 시행하는 ○○2지구 및 ○○지구의 연결도로가 종전의 국도 ○○호선과 접속하여 평면교차로를 시행할 계획이나 원고 회사등이 시행하는 아파트 진입로로 개설하는 사도가 위 지구의 연결도로에 접속하는 것으로 계획되어 있어 이에 대한 교통영향분석결과 폭 35m의 간선도로상의 지근 거리 (80m)에 2개의 평면교차의 접속으로 교통소통에 제반 문제가 제기되므로 사도의 별도 접속은 불가한 실정이라며 이를 감안하여 사도개설계획을 변경수립할 것을 요구해 왔다.

(3) 이에 원고 회사 등은 ○○2지구 및 ○○지구의 연결도로와 국도 ○○호선 접속지점에 콘크리트구조의 입체교차로의 설치(예상공사비 45억 5,724만 8,000원, 20m 도로의 접속분담금 9억 809만 9,370원, 합계 54억 6,534만 7,370원이 소요될 것으로 예상)를 검토함과 아울러 1999. 4. 28. ○○토지공사에게 위 공사가 당초 위 연결도로의 국도 43호선 접속지점에 콘크리트 구조물을 설치하여 입체교차 하도록 설계하였으며, 현재는 설계변경하여 국도 ○○호선과 평면교차 하도록 하고 있는바, 원고 회사 등이 ○○ 지구 아파트 공사를 진행하면서 ○○토지공사의 입체교차 형식에 맞추어 ○○시로부터 허가를 얻었으며, 사도 설치 행위 착공계를 제출한 후 현재 공사중으로 사도개설 허가내용은 아파트 분양시 입주자들에게 공고한 사항으로 사도개설계획변경을 위해 입주예정자들의 동의, 용인시의 변경허가 등의 절차를 위해 검토기간이 필요하다고 회신하였고, ○○토지공사는 1999. 5. 18. 재차 교통체증의 우려로 인하여 사도의 접속이 불가하다며 사도접속계획 변경을 촉구하여 왔다.

(4) 그 후 원고 회사 등과 ○○토지공사는 원고 회사 등이 시공하는 아파트 진입사도의 ○○토지공사가 시행하는 도로에의 접속에 대한 비용분담 등에 관하여 합의점을 찾지 못하였고, 이에 2000. 5. 말경까지 사도 접속 변경에 대하여 아무런 진전이 없었으며, 입체교차로 설치비용이 지출된 바도 없다.

(5) 그 후 원고 회사는 2000. 10. 23. ○○토지공사에게 위 공사가 시행 중인 ○○○○ 2지구 지구 외 연결도로 사도 접속 분담 최종합의금액인 14억 3,100만원 중 원고 회사 지분으로 4억 2,493만 5,000원의 당좌수표를 보관시켰고, 주식회사 ○○은 2000. 10. 25. ○○토지공사측에 ‘○○2지구 연결도로 사도 접속에 따른 분담금 납부요청 회신’이라는 제목하에 원고 회사 등이 아파트 단지 진출입 사도를 접속함에 있어 2000. 10. 20. 상호합의한 도로건설 비용 최종합의금 14억 3,100만원을 2005. 12. 30. 까지 납부할 것을 확약한다는 내용의 공문을 보냈다.

(6) 그러던 중 원고 회사 등은 아파트의 공사가 완료하고, 사도와 국도 43호선을 평면교차로로 연결하는 것을 강행하였고, 이후 2001. 3.경 평면교차로를 설치한 상태로 준공검사를 얻어 아파트를 분양을 마치게 되었다.

(7) ○○토지공사는 2001. 1. 16. 원고 회사 등에게 그 수익자 분담금 합계 17억 4,000만 원을 납부하면 원고 회사등의 아파트 진입사도 및 기반시설관로의 접속에 협조하겠다는 내용의 공문을 보내왔다.

(8) 한편, 원고 회사는 이 사건 각 부과처분에 대한 국세심판을 제기하면서 2000. 11.경 도로건설 자체가 축소되고 입체교차로가 평면교차로로 변경되었다고 주장하였다.

［인정근거］ 갑 4, 갑 28, 갑 29~1~4, 갑 30-1,2, 갑 32, 갑 33, 을 42, 을 43-1,2, 을 47-1,2, 을 48~50의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 법인세법시행규칙 제34조 규정에 의하면, 총공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 당해 연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말하고, 건설업회계처리준칙 제3조 제3호에서 ‘공사예정원가’의 산정은 대차대조표일 현재로 발생된 공사원가와 발생이 예상되는 공사원가의 합계금액으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 한편, 위 인정사실에 의하면, ○○토지공사가 1999. 4.경 원고 회사 등에 대하여 사도 건설 계획 변경을 요구하였고, 이에 원고 회사 등이 내부적으로 입체교차로의 설치를 검토하였으나 ○○토지공사 측과 위 아파트 진입 사도 접속 분담금 등에 관한 합의점을 찾지 못하여 2000. 5. 말경까지 사도 건설 변경에 대하여 별다른 진전을 보이지 못하다가 2000. 10. 23. 원고 회사가 ○○토지공사에게 사도 접속 분담 최종합의금액인 14억 3,100만원 중 원고 회사 지분으로 4억 2,493만 5,000원의 당좌수표를 보관시켰으며, 주식회사 ○○도 2000. 10. 25. ○○토지공사 측에 2000. 10. 20. 상호합의한 도로건설 비용 최종합의금 14억 3,100만 원을 2005. 12. 30.까지 납부할 것을 확약한다는 내용의 공문을 보냈고, 한편, 원고 회사가 이 사건 각 부과처분에 대한 국세심판을 제기하면서 2000. 11.경 도로건설 자체가 축소되고 입체교차로가 평면교차로로 변경되었다고 주장한 사정을 알 수 있는바, 위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고 회사가 ○○토지공사에게 사도 접속 분담금 명목으로 4억 2,493만 5,000원의 당좌수표를 보관시킨 2000. 10. 23. 무렵에 입체교차로를 설치하지 않는 것으로 확정되었다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서, 1999 사업연도에는 사도 건설과 관련하여 증액된 이 사건 설치비용을 총공사예정비에 포함하여 작업진행률을 계산하고, 입체교차로를 설치하지 않기로 확정된 2000. 10. 23.경이 속하는 2000 사업연도부터는 실제 발생된 누적 사도 건설비를 총공사예정비에 포함하여 작업진행률에 의한 수익금액을 다시 계산하는 것이 타당하다할 것이고, 2000 사업연도 사도 건설과 관련하여 증액된 이 사건 설치비용을 총공사예정비에 포함하여 작업진행률을 계산한 원고 회사의 회계처리에 대하여 원고 회사를 회계감사한 회계법인이 ‘적정의견’이라고 표명하였다는 내용의 갑 제32호증의 기재만으로는 2000 사업연도 작업진행률과 관련한 원고의 회계처리가 적정하다고 단정하기 부족하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 각 부과처분 중 업무추진비의 손금불산입, 가공매입 및 가공매출과 관련한 상여처분 등에 관련된 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 원고 회사가 1998년부터 2001년까지 토지정지작업을 수행한 ○○시 ○○읍 및 ○○면 일대는 당시 인기 분양지역으로서 수많은 건설회사가 아파트 건설 사업부지확보에 총력을 집중한 지역으로서, 원고 회사의 임 ․ 직원들은 현지인 및 종종 임원들과 끊임없는 접촉을 해 왔고, 고가의 부동산중개수수료를 지불하는 과정에서도 영수증을 받을 수 없는 실정이었으며, 원고 회사가 토지를 매입완료한 후에도 무허가 건물 등에 거주하는 주민들을 이주시키기 위해 큰 비용이 소요되었다. 이와 같은 사업의 특성상 원고 회사가 모든 토지정지작업 관련 비용을 직접 지출할 수 없었고, 원고 회사의 임 ․ 직원들에게 사전에 정해진 금원을 업무추진비 형태로 지급하였으며, 원고 회사의 임 ․ 직원들은 위 금원을 업무추진비로 하여 아파트 건설부지 등을 경쟁건설업체보다 저렴하고 신속하게 구입할 수 있었다. 그러나 그 발생 비용의 특성상 다른 비용에 비하여 정확히 대응되는 증빙을 갖추기 어려울 뿐만 아니라 원고 회사가 임 ․ 직원들에게 이 사건 업무추진비를 실제로 지급한 자료가 있어 그 증빙이 전혀 불비된 것이 아니므로 전액 손금산입되어야 하고, 그렇지 않다 하더라도 적어도 원고 회사의 임직원들에 대한 상여로 볼 수 있으므로 원고 회사의 임직원들에 대하여 소득세를 추징하는 것은 별론으로 하고 원고 회사의 손금에서 완전히 배제하는 것은 위법하다.

(2) 이 사건 가공매입금액은 원고 회사가 ○○건설을 대신하여 사업부지조성작업과 관련된 비용을 지출하고, 이를 장부에 반영하기 위하여 매입으로 처리하고 ○○건기등으로부터 가공세금계산서 등을 수취하여 첨부한 것임은 원고 회사도 인정하나, 원고회사가 위와 같은 비용지출의 대가로 ○○건설로부터 63억 4,500만 원 상당의 어음을 수령하고 그 후 전액 현금 결제받았으므로 사외 유출된 금액과 유사한 금액이 결국 ○○건설로부터 원고 회사에 유입됨으로써 실제로 소득이 부당하게 사외 유출된 바 없고, 설사 소득이 유출되었다고 보더라도 이는 ○○건설에 귀속되는 것이 타당하므로, 가공매입금액 60억 872만 5,000원을 손금불산입함에 있어 그 소득처분은 ‘기타 사외유출’이 되어야 할 것임에도 그 소득의 귀속자를 확인하지 않고 일방적으로 원고 회사에 대표자 상여로 소득금액 변경 통지함과 동시에 원고 ○○○에 대하여 소득세를 부고한 것은 위법하고, 적어도 원고 회사에 대한 재조사과정에서 실제 그 지출 및 회수가 확인된 금 12억 5,895만 원의 범위 내에서는 원고 ○○○에 대한 상여처분은 취소되어야 한다.

나. 관계법령

○ 법인세법

제19조 (손금의 범위)

제26조 (과다경비 등의 손금불산입)

제67조 (소득처분)

○ 법인세법시행령(2001. 12. 31 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

제19조 (손비의 범위)

제43조 (상여금 등의 손금불산입)

제106조 (소득처분)

다. 판단

(1) 먼저, 이 사건 업무추진비 70억 300만 원을 사업과 관련된 지출로 보아 손금에 산입하여야 하는지 여부에 관하여 본다.

갑 제18 내지 27호증,을 제52 내지 57호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면 원고 회사가 임 ․ 직원들이 업무를 수행함에 있어서 정상적인 회계처리가 불가한 경비지출이 과다한 경우가 있어 업무추진의 효율성을 제고하고 직원의 사기 진작을 위해 한도금액 내 업무추진비를 지급하기로 하는 내용의 내부결재를 하고, 매분기별로 업무추진비 명목으로 원고 회사 임 ․ 직원들에게 46억 8,300만 원, 원고 회사 계열사 임 ․ 직원들에게 46억 8,300만 원, 원고 회사 계열사 임 ․ 직원들에게 23억 2,000만 원, 합계 70억 300만 원을 지급한 사실이 인정된다. 그런데, 법인세법 제19조 제2항은 손비를 ‘이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’라고 규정하고 있는바, 이 사건 업무추진비가 원고 회사의 손금으로 인정되기 위해서는 위 금원이 원고의 주장과 같이 사업상 부득이하게 발생된 비용이라고 하더라도 지출시기, 지출내용 및 대상, 액수 등이 확인되어야 하며, 그 지출용도도 법인세법 제19조 제2항이 규정한 바와 같이 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것임이 밝혀져야 할 것이다. 그러나 이 사건 업무추진비와 관련하여 그 지출의 대상이나 지출용도 등을 구체적으로 알 수 있는 아무런 증빙이 없으므로 위 금원이 업무와 관련하여 사용되었다고 볼 수 없고, 한편, 위 금원이 정관․주주총회 또는 이사회의결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 정상적으로 지급된 것이 아니므로 이를 법인세법 시행령 43조 제2항 임원 등의 상여금에 해당한다고 할 수도 없다.

나아가, 원고 회사의 주장과 같이 아파트 건설업의 특성상 경쟁업체보다 양질의 사업 부지를 신속하고 저렴하게 매입하기 위하여는 끊임없이 이 지주들과 접촉하여 흥정하는 등 많은 노력과 비용이 소요되고, 부지 구입을 위한 물밑작업 등에 소요되는 비용은 그 특성상 증빙을 갖추기 어려운 측면이 있다 하더라도, 건전한 기업 경영과 부당한 경비에 대한 과세권 확보를 위해 기업회계는 투명하게 운영되어야 하며, 만일 법인의 지출에 대해 내부기안문서만이 있을 뿐 금융자료나 거래의 상대방이 발행한 영수증 등 객관적인 증빙을 갖추지 못하여 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실˙비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것임이 확인되기 어려운 경우까지 비용으로 인정하여 손금산입하게 된다면, 법인이 가공매입 등으로 비자금을 조성하여 이를 뇌물, 로비자금 또는 임˙직원의 사적인 용도로 사용하는 것까지도 손금산입하는 것이 가능해지는 몹시 부당하고 불합리한 결과가 초래된다 할 것이므로, 기업이 더 많은 이익의 추구를 위해 증빙을 갖추기 어려운 비용을 지출하였다면, 과세 단계에서 이를 비용으로 인정받지 못하고 손금불산입 되는 것은 감수할 수밖에 없다 할 것이다.

따라서, 피고가 이 사건 업무추진비를 각 귀속자에게 상여 또는 기타 사외유출 처분함과 동시에 원고 회사의 손금에 산입하지 아니한 것은 타당하다 할 것이므로, 이 사건 업무추진비의 손금불산입이 위법하다는 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 다음으로 가공매입금액은 가공매출금액과 직접 대응하는 것으로 보아 상여처분 금액에서 제외되어야 하는지 여부에 관하여 본다.

갑 제4호증, 을 제18, 58호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고 회사가 ○○건기 등으로부터 합계 금 62억 1,830만원에 달하는 가공매입세금계산서를 수취하여 가공매입의 증빙으로 첨부하고, 원고 회사가 ○○건설로부터 실제 공사금액 31억 5,500만원보다 많은 95억원의 세금계산서를 발행하여 63억 4,500원을 가공매출(세금계산서 발행일자 ; 2000. 5. 15. ~ 2000. 7. 31.)한 사실, ② 원고 회사는 ○○건설로부터 2000. 4. 15.부터 2000. 8. 9.까지 받을 어음 7매 합계 104억 5,000만원 상당을 받았고, 가공매입액에 대해서는 사업시행자인 ○○건설이 지급하여야 할 ○○ 이씨 △△△ 업무추진비 36억 6,000만원, 부동산 컨설팅 수수료 15억 5,000만원, 무허가건축물의 이주 및 철거와 토지 대금 추가지급금 10억 9,000만원 합계 63억원을 지급하였다는 ○○건설의 추가비용확인서를 제시하고 있는 사실, ③ 피고는 이 사건 국세심판결정에 따라 2006. 3. 27.부터 2006. 4. 21.까지 이 사건 가공매입 및 가공매출에 대하여 재조사를 하였는데, 그 과정에서 원고 회사가 지출한 68억 4,013만원(부가가치세 포함) 중 금 8억 3,140만 5,000원은 부가가치세 등으로 실제 지출된 사실이 확인된다며 이 부분을 당초 원고 ○○○에 대한 상여처분에서 제외하고 기타 사외유출 처분하고, 2006. 6. 2. 원고 ○○○에 대한 2000년분 근로소득세 3억 3,256만 2,000원을 감액경정하였으며, 68억 4,013만원중 위 8억 3,140만 5,000원을 제외한 60억 872만 5,000원의 경우 그 지출형태가 당초 가공거래처인 ○○건기 외 6개 업체를 대상으로 지급어음 발행은 하되 거래처로 교부하지 않고 보관하고 있다가, 어음 만기시 원고 회사 내 현금유보액이 있으면 어음을 회수한 후 현금을 인출하는 방법(제1 방법 369억 7,520만 5,000원)과 만기시 어음결제 계좌(법인통장)에 결제 가능 금액이 있으면 제3의 인물(금융거래추적에 의하여 확인된 김○○, 김△△, 이○○)의 계좌(원고 회사에서 비자금 조성을 목적으로 만들어 놓은 비밀계좌)를 통해 교환결제 방식으로 현금을 인출하는 방법(제2방법 23억 3,352만원)으로 원고 회사 자금이 사외에 유출된 것이 원고 회사의 회계부장 문답서, ○○○○은행 및 ○○은행 금융조회서, ○○○ 금융거래내역등에 의해 확인된 사실, ④ 피고는 또한 위 재조사 과정에서 가공매입과 관련하여 ○○ 이씨 △△△ 업무추진비 36억 6,000만원, 부동산 컨설팅 수수료 15억 5,000만원, 무허가건축물의 이주 및 철거와 토지 대금 추가지급금 10억 9,000만원 합계 63억원을 지급하였다는 ○○건설의 추가비용확인서의 내용에 대한 별다른 증빙이 없음을 확인한 사실, ⑤ 한편, 피고가 가공매입에 따른 비용을 지출하기 위하여 가공매출하였다고 주장하는 69억 7,950만원(부가가치세 포함)에 대하여 가공매입을 통한 원고 회사 자금 유출액을 청구하기 위한 가공매출인지 및 가공매출금액이 전액 원고 회사로 입금되었는지 여부에 대하여 재조사한 결과, ○○건설로부터의 전체 매입액 104억 5,000만원 중 실제 입금액은 47억 2,945만원으로 실제 부지조성공사 도급금액 34억 7,050만원을 제외하면 가공매출과 관련하여 현금 입금된 금액은 12억 5,895만원밖에 되지 않으며, 이 또한 2001. 11. 1. 이전에 매출과 관련하여 원고 회사로 입금된 자금은 전혀 없으며, 그 사용처 또한 불분명한 것으로 확인된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정과 같이 가공매출액과 가공매입액이 상이할 뿐만 아니라 ○○건기 등으로부터의 가공매입 시점은 2000. 1. 31.부터 2000. 8. 10.까지이나 가공매출 시점은 2000. 5. 31.부터 2000. 7. 31.까지로 서로 시점이 상이한 점, ○○건설의 매입비용을 대신 지급하였다는 63억원에 대해서는 ○○건설의 추가비용 확인서 이외에 원고 회사가 이 사건 가공매입으로 사외유출된 자금이 직접 법인의 업무를 위하여 사용되었다거나 ○○건설의 부지조성비용을 지급하는데 사용하였다는 점에 관하여 금융거래 및 사실조사에서 확인되지 않는 점, 나아가 가공매입을 통해 유출된 금액 60억 872만 5,000원중 제2방법을 통해 유출된 23억 3,352만원은 금융조회결과 원고 회사의 비자금 계화로 흘러들어간 사실과 제1방법을 통해 유출된 36억 7,520만 5,000원은 객관적인 증빙확보가 불가능한 현금으로 유출되었음에 비추어 이는 법인의 자금을 고의로 유출하기 위한 변칙회계처리의 전형적인 유형으로 볼 수 있는 점 등 위 인정사실에 나타난 제반 사정에 비추어 보면, 가공매입액 60억 875만 5,000원이 가공매출과 연관되지 않는 것으로 보아 원고 ○○○에게 상여처분한 것은 타당하다 할 것이고, 결국 ○○건설의 부외비용을 가공매입으로 조성된 자금으로 대지급하고 가공매출세금계산서를 발행하는 방법으로 대지급한 자금을 전액 현금으로 회수하였고, 적어도 12억 5,895만원은 원고 회사에 유입되었으므로 이와 관련한 소득금액변동통지 부분이 취소되어야 한다는 원고 회사의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

6. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 원고 ○○○의 소득세 부과처분 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 각 법인세 부과처분과 소득금액변동통지가 위법함을 전제로 한 원고 회사의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.