전주지방법원-2006-구합-696 (2007.01.11)

주 문

1. 피고가 2005.4.12. 원고에게 한 2003년 2기분 부가가치세 1,848,900원, 2004년 1기분 부가가치세 29,194,370원, 같은 해 2기분 부가가치세 166,289,590원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 골프장(○○○컨트리클럽)을 운영하는 법인으로서 2003. 7.18. ○○시로부터 ○○시 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 5필지 약 163,943㎡ 토지를(이하 ′이 사건 토지들´이라 한다) 대부받아 사용하되 연간 대부료 3,000,001,000원, 대부기간 2005. 4. 1.부터 2025. 3. 31.까지로 하고, 원고가 이 사건 토지들에 대중골프장을 조성하여 20년간 사용한 후 모든 시설물을 ○○시에 기부채납하기로 하는 내용으로 ○○시와 공유재산대부계약을 체결한 후 이 사건 토지들에 골프장 조성공사를 하였다.

나. 원고는 피고에게 부가가치세를 신고하면서 이 사건 골프장 조성공사와 관련한 2003. 2기에 31,447,000원, 2004. 1기에 734,704,000원, 2004. 2기에 2,573,152,000원의 각 부가가치세 매입세액을 원고의 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다.

다. 그런데, 피고는 원고가 신고한 위 매입세액 중 아래의 표 기재 내용과 같은 토지 관련 조성비용으로 2003. 2기 15,000,000원, 2004. 1기 247,830,000원, 2004. 2기 1,481,025원을, 각 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 동법 시행령 제60조 제6항에서 매입세액 불공제대상으로 규정한 ′토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액′에 해당한다고 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니하기로 하고, 2005. 4. 12. 원고에게 가산세를 포함하여 2003년 2기분 부가가치세 1,848,900원, 2004년 1기분 부가가치세 29,194,370원, 같은 해 2기분 부가가치세 166,289,590원을 각 부과하는 경정처분(이하 ′이 사건 부과처분′이라 한다)을 하였다.

토지관련 조성비용

( 단위 : 천원)

상 호

공사내용

공 급 가 액

2003. 2기

2004. 1기

2004. 2기

합 계

주식회사 ○○

토목공사

500,000

500,000

주식회사 ○○

토목공사

378,567

378,567

○○ 주식회사

정지작업

363,636

363,636

유한회사 ○○

토사매입

85,522

150,772

236,294

유한회사 ○○

폐기물처리

97,100

97,100

주식회사 ○○

교통영향평가

18,000

32,000

50,000

○○

토사매입

19,272

21,217

40,489

○○

토사매입

25,956

25,956

주식회사 ○○

코스설계

25,000

25,000

주식회사 ○○

도시계획변경

15,000

15,000

○○

도자작업

1,980

3,474

5,454

○○

토사매입

6,360

6,360

합 계

15,000

247,830

1,481,026

1,743,856

라. 원고는 이에 불복하여 2005. 5. 18. 국세심판원에 심사청구를 하였으나 2006. 1. 19. 기각결정을 받은 이후 2006. 4. 17. 이 사건 소를 제기하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑제1호증, 갑제2호증의 1내지 3, 갑제3 내지 5호증,

을 제1호증의 1내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당자자들 주장의 요지

(1) 원고 주장의 요지

원고는, 피고가 근거법령으로 주장하는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 동법시행령 제 60조 제6항의 매입세액이 불공제되는 〃토지관련 매입세액〃 규정은 용역등을 공급받는자 즉, 토지소유자인 ○○시에 대하여 적용되는 규정으로 용역 등의 공급자에 불과한 원고에게 적용되는 규정이 아니고, 이 사건 토지들은 ○○시로부터 대부받은 토지에 불과하여 골프장 건설로 인하여 토지의 가치가 현실적으로 증가한다 하더라도 소유자가 아닌 원고에게 그 토지의 가치상승이 발생하지 아니하므로 위 규정이 원고에게 적용될 수 없다고 주장한다.

(2) 피고 주장의 요지

이에 대하여 피고는, 토지는 그 용도 ․ 소유 여부에 관계없이 면세로 취급되고, 그 일부를 구성하는 토지에 대한 자본적지출분 역시 면세로 취급되어야 하므로, 원고가 ○○시 소유의 이 사건 토지들을 임차하여 이 사건 토지들에 골프장을 건설 ․ 사용한 후 이를 기부체납하기로 하는 등 피고가 이 사건 토지들을 소유하지 않고 있다 하더라도 그 소유 여부와 관계없이 이 사건 골프장 조성공사비는 토지관련 매입세액으로 공제될 수 없다고 주장한다.

나. 관계 법령

■ 부가가치세법

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 〃납부세액〃이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 〃매출세액〃이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 〃매입세액〃이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 〃환급세액〃이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투 자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

■ 부가가치세법 시행령

제60조 (매입세액의 범위)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 〃대통령령이 정하는 토지관련 매입세액〃이라 함 은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경 우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련 된 매입세액

다. 판단

(1) 원론적으로 부가가치세는 생산 및 유통의 모든 단계에서 각 사업자가 창출한 부가가치에 대하여 부과하는 조세로서 어떤 재화이든 간에 완성재로서 소비자에게 공급되기까지에는 원료의 생산에서부터 원료의 가공, 제품생산 및 제품의 도 ․ 소매 등 생산및 유통의 여러 단계를 거쳐야 하는데, 이 여러 단계를 개괄하면 최초에 생산된 부가가치는 재화 또는 용역으로서 다음 사업자(기업)의 자본재로 투입되고 여기에 다시 노동과 자본이 투입되어 새로운 부가가치가 형성되며 이러한 과정이 반복됨으로써 생산물의 판매가격은 계속 증가되고, 최종소비단계에서 총합계된 부가가치세액이 누적되므로 결국 최종소비자는 누적된 부가가치총액, 즉 최종생산물의 가격에 대한 조세를 부담하게 된다. 따라서 생산 및 유통의 각 단계에서 부가된 가치에 대한 조세와 생산물의 최종 가치에 부과된 조세의 과세표준은 결과적으로 일치하며, 부가가치세는 종전의 영업세나 물품세와 같이 기업의 매출금액 전액에 대하여 과세하는 것이 아니라 매출금액에서 매입금액을 공제한 나머지 금액, 즉 부가가치에 대하여 부과하는 세금이라 할 것이다.

(2) 우리 나라는 부가가치세 과세방법으로서 전단계 세액공제법을 채택하여 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하고 있다. 부가가치세법 제17조 제1항에서는 공제되는 매입세액으로서, ① 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 ② 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하고 있는데 매출세액에서 공제부인되는 것으로 열거되어 있는 매입세액은, ① 의무를 태만하였거나 불이행함으로 인하여 공제하지 아니하는 매입세액{제1호 ․ 제1호의 2(세금계산서 미제출 등의 매입세액)}, ② 거래의 성질에 따라 공제하지 아니하는 매입세액{제2호(사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액), 제3호(비영업용 소형승용차의 구입과 유지에 관한 매입세액), 제3호의 2(접대비 등의 지출에 관련된 매입세액), 제4호(면세사업에 관련된 매입세액 및 토지관련매입세액)}으로 구분할 수 있으며, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 불공제하는 매입세액 중 위 〃대통령령이 정하는 토지관련 매입세액〃이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하고 있다.

(3) 이 사건에서 문제되는 토지관련 매입세액 즉 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 있는 입법취지는, 토지는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화이고, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것으로 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되고 있으므로, 토지에 대한 면세제도의 기본원리상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 마땅히 이를 매입세액으로 공제하여서는 아니 되는 것이라 할 것이다.

(4) 그렇다면, 이와 같이 매입세액으로 공제하지 아니하는 토지관련 매입세액에 대한 규정은 토지의 양도차익을 수익하는 당해 토지를 소유하고 있는 자에게만 적용되는 규정이라 할 것이므로, 자기의 사업을 위하여 사용된 어떠한 재화 또는 용역의 공급이 타인 소유 토지의 가치를 현실적으로 증가시키게 된다 하더라도 그 토지의 소유자가 아닌 자에게는 이를 매입세액으로 공제하지 아니하는 토지관련 매입세액에 해당한다 할 수 없고 매입세액으로 공제되는 것이라 할 것이다.

(5) 따라서, 원고가 피고에게 신고한 매입세액 중 토지관련 조성비용 2003. 2기 15,000,000원, 2004. 1기 247,830,000원, 2004. 2기 1,481,025원 부분은 각 매입세액으로 공제되는 것이라 할 것이므로 이를 매입세액으로 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다(다만, 원고가 이 사건 토지들에 대중골프장을 조성하기 위하여 앞서 본 바와 같이 토목공사, 골프장코스 조성공사 등을 함으로써 이 사건 토지들에 부합되어 그 토지의 가치를 증가시킨 행위는, 원고가 ○○시와 사이에 약정한 연간 약30억원의 대부료와는 별도로 대부료에 상응하는 새로운 용역을 ○○시에 제공한 행위로서 원고에게는 새로운 매출세액에 해당한다 할 것이고, ○○시에는 매입세액에 해당되나 이 사건 토지들의 소유자인 ○○시로서는 토지의 자본적 지출에 해당하는 매입세액으로 공제되지 아니하는 매입세액에 해당한다 할 것이다)

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.