서울행정법원-2005-구합-33081 (2007.10.26)

주 문

1. 피고가 2003. 7. 18.원고에 대하여 한 7,974,050,000원의 소득금액변동통지 중 1,960,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 25%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2003. 7. 18.(소장 기재 ‘2003. 7. 14.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 7,974,050,000원의 소득금액변동통지를 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 전신인 구 OO전자 주식회사(2002. 4. 1. OO전자 주식회사와 주식회사OO이아이로 분할되었고, 주식회사 OO이아이와 주식회사 OO씨아이가 2003. 3. 1 합병하여 원고가 되었다: 아래에서는 ‘구 OO전자’라고 한다)는 1999. 7. 8. 법인세법상의 특수관계자인 구OO 및 허OO로부터 당시 비상장회사였던 OO.OOO엘시디 주식회사(그 상호가 종전의 ‘주식회사 OO소프트’에서 1998. 11. 16. ‘OO엘시디 주식회사’로. 다시 1999. 8. 27. 현재의 것으로 변경되었다; 아래에서는 ‘OO LCD'라고 한다)의 주식 총 175,000주(구OO로부터는 116,667주, 허OO로부터는 58,333주; 아래에서는 이를 통틀어 ’이 사건 주식‘이라고 한다)를 1주당 56,300원(아래에서는 ’이 사건 거래가액‘이라고 한다)으로 계산하여 총 9,852,500,000원에 매수하였다(아래에서는 ’이 사건 거래‘라고 한다)>

나. 그 후, 구OO 및 허OO (아래에서는 이들을 통틀어 ‘구OO 등’이라고 한다)는 각 이 사건 거래가액을 실지거래가액으로 계산하여 이 사건 거래에 대한 1999년도분 양도소득세(구OO는 965,941,260원, 허OO는 483,191,490원) 및 중권거래세를 신고․ 납부하였다.

다. 그런데 OO지방국세청장은 구 법인세법 시행령(2001.12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것; 아래에서는 ‘상증법’이라고 한다)상의 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 거래 당신의 이 사건 주식의 시가(아래에서는 ‘이 사건 주식시가’라고 한다)를 ‘1주당 10,734원｛=1주당 평가액 9,758원(=순자산가액 707,461,988,198원 ÷ 발행주식 총수 72,500,000) × 최대주주 소유주식의 평가율 110%, 원 미만은 반올림｝’으로 산정하고, 이를 기초로 이 사건 거래가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 고가매입에 해당한다고 판단하여 부당행위계산부인에 따라 7,974,050,000원(=이 사건 거래가액에 의한 총 매수가액 9,852,500,000원-이 사건 주식시가에 의한 총 매수가액 1,878,450,000원)을 구 OO전자의 익금에 산입함과 동시 위 금액만큼 구OO 등에 대한 상여 또는 배당으로 소득처분하여야 한다고 판단한 후, 피고에게 이를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2003. 7. 18. 원고에게,위 익금 산입액 중 5,316,048,522원을 구OO에 대한 상여로, 2,658,001,478원을 허OO에게 대한 배당으로 각 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고(아래에서는 ‘이 사건 처분’이라고 한다)> 한편 구OO 등의 각 주소지 관할 세무서장은 각 그 무렵 이 사건 처분을 근거로 구OO 등에게 그들이 신고․ 납부한 위 나 항의 양도소득세를 재계산하여 그 중 위 각 소득처분액에 해당하는 양도소득에 대한 양도소득세(구OO는 956,888,732원, 허OO는 478,440,266원)를 환급하였다.

마. 원고는 2003 . 7. 25. 국세심판원에 위 소득처분에 대한 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2005. 7. 21. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증의 각 1,2, 갑 4, 5호증, 을 1, 2호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하고, 따라서 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 이 사건 거래가액인 ‘1주당 56,300원’은 원고는 외국회사인 OOO(Koninklijke OOO Electronics N.V.;아래에서는 ‘OOO’라고 한다) 사이에 체결된 OO LCD에 대한 합자투자계약을 기초로 산정된 것인바, 이는 OO LCD의 당시 기업가치를 적정하게 반영한 주식가액으로서 이를 이 사건 주식시가로 보아야 하므로, 그에 따른 이 사건 거래 가액의 산정 경위에 구 OO전자가 위 합작투자계약에 따라 이 사건 주식을 매수할 수 밖에 없었던 점 및 이 사건 거래가액에 이 사건 주식에 수반된 경영권프리미엄에 대한 대가가 포함되어 있었던 점 등을 보태어 보면, 이 사건 거래는 경제적 합리성이 인정되는 정상적인 거래이다.

(2) 이 사건 거래 당시에는 비상장주식 고가매입의 경우에 개인의 고가양도분에 대하여는 당시 시행되던 구 소득세법(1999 . 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것; 아래에서는 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제96조 제2호에 따라 그 개인에게 양도소득세만 을 부과할 수 있었을 뿐이고, 이에 대하여 법인세법상 상여․ 배당 등으로 소득처분을 함으로써 그 개인에게 종합소득세를 부과할 수는 없었으므로, 가사 이 사건 거래가 고가매입에 해당한다고 하더라도, 과세관청으로서는 구OO 등의 고가양도분에 대하여 상여․ 배당 등으로 소득처분을 할 수는 없고 ‘기타 사외유출’로 소득처분을 하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 구OO 등의 고가양도분에 대하여 상여․ 배당 등으로 소득처분을 함으로써 구OO 등으로 하여금 이 사건 거래 이후에 시행된 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정된 것: 아래에서는 ‘변경 소득세법’이라고 한다) 제96조 제3항에 따라 고가양도분에 관하여 종합소득세 납부의무를 부담하게 한 이 사건 처분은 조세법률주의 및 소급과세금지원칙에 위배된다.

나. 관계법령

별지 기개와 같다.

다. 인정사실

(1) 구 OO전자, OOO산전 주식회사(변경전 상호 : OO산전 주식회사)및 OO정보통신 주식회사(그 후 합병해산되어 현재는 존재하지 아니한다) 등은 1985. 2월경 게임소프트웨어 제작 등을 주 업종으로 하는 OO LCD(당시의 상호는 ‘주식회사 OO소프트’였다)를 설립하였다.

(2) 그 후, 구 OO전자는 1998. 11. 18. OO그룹의 구조조정 과정에서 OOO산전주식회사와 OO정보통신 주식회사로부터 그들이 보유하고 있던 OO LCD(당시의 자산규모는 약 250억 원이었다)의 주식을 상증법상 보충적 평가방법에 따라 1주당 2,009원으로 계산하여 인수하였고, 1998. 11. 19. 이사회를 개최하여 그 계열회사들이 영위하고 있던 엘씨디(액정 표시 장치;아래에서는 ‘LCD'라고 한다)사업을 OO LCD에게 양도하기로 결의한 후 1998. 12. 10. OO LCD에게 LCD사업을 양도하였으며, 1998. 12. 17. OO LCD의 7,000억 원 유상증자에 단독으로 참여하여 그 신주를 전량 인수함으로써 OO LCD의 주식 99.76%를 보유하기에 이르렀다.

(3) 한편, 구 OO전자는 1998. 12. 14. OOO와 사이에 LCD사업의 합작과 관련한 양해각서(MOU)를 작성하였는데, 그 주요내용은 구 OO전자와 OOO가 LCD사업을 위하여 신규법인을 설립하고 그 지분비율은 50:50으로 하여, 구 OO전자와 OO반도체 주식회사가 각기 영위하던 LCD사업을 각 분리하여 1998. 12. 29.까지 신규법인에게 이를 양도하는 것이었다.

(4)그 후 OO반도체 주식회사는 위양해각서에 따라 1998. 12. 31. OO LCD에게 LCD사업을 양도하였다. 이와 같이 구 OO 전자와 OO반도체 주식회사로부터 LCD사업을 인수함에 따라, OO LCD는 이전과는 완전히 다른 사업을 영위하는 회사가 되었고 그 규모도 이전에 비하여 현격히 커졌다.

(5)구 OO전자는 1999. 5. 8. OOO와 사이에 위양해각서를 대체하여 LCD사업의 합작과 관련한 협약(LOI: 아래에서는 ‘이사건 협약’이라고 한다)을 체결하였는데, 그 골자는 구 OO전자가 1999. 7. 31.이전까지 구OO 등으로부터 OO LCD의 지분(구OO는 0.16%, 허OO는 0.08%)을 인수함으로써 OO LCD를 자신의 완전한 자회사로 만들고, OOO가 1999. 7. 31. 구 OO전자로부터 OO LCD의 주식 50%를 이전받는 대가(이사건 협약상의 ‘구매가격’)로 구OO전자에게 미화(아래에서는 생략한다) 총 16억달러 (그 중 6.3억 달러는 유상증자대금으로서 OO LCD에게 귀속되고, 9.7억 달러는 OO LCD에 대한 신주인수권의 인수대가로서 구 OO전자에게 귀속된다)를 지급하는 것이었다. 그 밖에 이 사건 협약의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) OOO의 OO LCD에 대한 실사가 완료된 후, 실사 과정에서 밝혀진 사실로 인하여 OO LCD의 가치가 구매가격의 5%를 초과하여 감소하였다고 OOO가 합리적으로 판단하는 경우, OOO는 구 OO전자에게 구매가격에 관하여 재협상 통지를 할 수 있고, 이 경우 쌍방은 성실한 협상을 시작하여 16억 달러 이하의 구매가격을 합의한다. OOO가 재협상 통지를 하지 아니하거나 OOO가 제안한 새로운 구매가격이 16억 달러의 95% 이상일 경우 16억 달러가 최종 구매가격이 된다.

(나) OO LCD는 가능한 한 빨리 구 OO 전자에게 2억 달러의 현금배당금을 지급하고, OOO는 위 현금배당금에 대한 모든 권리를 포기한다.

(다) 구 OO전자는 위 현금 배당금 상당의 이월채무액을 포함하여 OO LCD에 대한 1999. 6. 30.자 임시 대차대조표를 작성한다. 만약 임시 대차대조표상의 순영업자산(대차대조표상 총자산에서 현금, 현금등가물, 유가증권 및 무이자부 채권을 공제한 나머지 금액)이 ‘2조 286억 5,600만 원’과 차이가 있는 경우 그 차액의 50%를 구매가격에 반영하고, 임시 대차대조표상의 순 경제적 부채가치(대차대조표에 반영된 현금, 현금등가물,유가증권을 제외한 총 이자부 채무액)가 ‘8억 달러’와 차이가 있는 경우 그 차액의 50%를 구매가격에 반영한다.

(6) 구 OO전자는 이 사건 협약 체결 후인 1999. 7. 8.이 사건 거래를 하였는데, 당시 이 사건 협약의 내용을 기초로 OO LCD의 기업가치를 총 34억 달러｛=32억 달러(=OOO의 투자금액 16억 달러 ×100/50)+OO LCD가 구OO 전자에게만 지급하기로 한 현금배당금 2억 달러｝로 간주하고, 여기에 1201.4원/달러의 환율을 적용하여 이를 OO LCD의 당시 발행주식 총 72,500,000주로 나눔으로써(100원 미만은 버림) 이 사건 거래 가액인 ‘1주당 56,300원’을 산정하였다.

(7) 그 후, 구 OO전자와 OOO는 1999.07. 26. OO LCD에 대한 합작투자계약(JVA;아래에서는 ‘이 사건 합작계약’이라고 한다)을 체결하고 이에 따라 OO LCD의 지분을 각 50%씩 보유하게 되었는데, 이 사건 합작계약의 주요 거래조건은 다음과 같은 차이점 외에는 이 사건 협약과 대체로 동일하다.

(가) 실사결과에 따른 구매가격의 조정에 관한 내용은 없다.

(나) 임시 대차대조표에 의한 구매가격의 조정은 1억달러를 그 한도로 하고, 그 방법은 OO LCD의 구 OO 전자에 대한 현금배당금 2억 달러의 증감에 의한다.

(다) 1999년 하반기 및 2000년의 OO LCD 매출총이익 합계가 8,000억 원을 초과하는 경우, OOO는 구 OO전자에게 2,605억 원을 추가로 지급한다.

(8) OO LCD는 그 후 수차례의 유상증자를 거쳐 그 자본의 총액이 이 사건 합작계약 체결 당시의 7,250억 원에서 1999. 9. 1조 4,500억 원으로, 2004. 7. 23. 1조 6.180 억 원으로, 2004. 9. 8. 1조 6,265억 7,850만 원으로, 2005. 7. 27. 1조 7,890억 7,850만원으로 각 변경되었고, 2004. 5. 25. 그 주식을 분할하여 액면가를 종전의 1만 원에서 5,000원으로 감액하였으며, 현재 위와 같이 분할된 OO LCD의 주식 시가는 1주당 약35,000원 정도이다.

(9) 이 사건 거래 당시 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 상증법상의 보충적 평가방법에 의하여 산정된 이사건 주식의 가액은 ‘1주당 10,734원’이었다.

(10) 이 사건 거래 당일의 원화/미화 환율(최종매매기준율)은 ‘1180.50원/달러’였다.

(11)이 사건 거래 다시 구OO는 구 OO전자의 임원이었고, 허OO는 구 OO전자의 임원 또는 사용인이 아닌 주주였다.

【인정근거】 갑 5 내지 8, 10, 11호증, 갑 15호증의 1 내지 4, 갑 18 내지 20, 36호증, 을 3, 4호증의 각 기재, 증인 하민용의 증언 및 변론 전체의 취지

라. 판 단

(1) 원고의 첫째 주장에 대하여

(가) 비상장주식에 대한 고가매입 여부 및 정도의 판단 기준

1) 법인세법 제52조 제1항은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’를 부당행위계산부인의 대상으로 규정하고 있고, 같은 조 제1항은 부당행위계산부인의 적용에 있어 ‘시가(건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격)’를 기준으로 하도록 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호는 ‘고가매입(법인이 특수관계자로부터 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우)’부당행위계산부인의 한 대상으로 규정하고 있고, 같은 시행령 제89조 제2항은 고가매입 여부의 판단에 있어 시가가 불투명한 경우에는 ‘상증법상의 보충적 평가방법에 의하여 산정된 가액’을 시가로 보도록 규정하고 있다.

2) 그런데 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 ‘시가’라 함은 ‘통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액’을 의미하는 것이므로, 고가매입인가의 여부는 정상적인 거래가액을 기준으로 결정할 것이고, 거래의 선례가 없는 비상장 주식에 대한 거래가 이루어진 경우라도 그 거래가 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것이어서 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 있으면 그 거래가격을 당시의 시가로 볼 수 있고, 주식의 매매가액을 그대로 당시의 시가로 볼 수 있는 한 그 주식은 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 1992. 10. 27 선고 92누1971 판결의 취지 참조), 이러한 경우 당해 거래는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 정한 고가매입에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

3) 나아가, 만약 비상장주식에 관하여 ‘특수관계자의 관계에 있지 아니한 자 사이의 정상적인 거래’에 의하여 형성된 객관적인 교환가격이 존재한다면 그 거래가 단 1회에 불과하더라도 위 교환가격을 해당 비상장주식의 시가로 볼 수 있으므로, 이러한 경우에는 비상장주식에 대한 거래가 고가매입에 해당하는지 여부의 판단 및 그 고가매입분(시가를 초과하는 매입액)의 산정은 모두 위 교환가격을 기준으로 하여야 할 것이고, ‘주식의 거래’와 ‘그 주식을 발행한 기업의 지분에 대한 거래’가 본질적으로 서로 다르지 아니한 점을 고려하면, 위 교환가격 산정의 근거가 되는 ‘정상적인 거래’에는 해당 비상장주식 자체를 목적으로 하는 주식매매계약뿐만 아니라 기업지분의 취득을 그 주된 목적으로 하는 계약도 포함된다고 봄이 상당하다.

(나) 이 사건 거래가 고가매입(경제적 합리성을 무신한 거래)에 해당하는지 여부

1) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 거래가액이 이 사건 협약 및 합작계약에 따라 산정된 것으로서 OO LCD의 당시 기업가치를 적정하게 반영하고 있다고주장하나, ① 이 사건 협약 및 합작계약의 내용에 의하더라도 OOO가 당시 부담하기로 한 구매가격 16억 달러 중 6.3억 달러는 유상증자대금으로서 OO LCD에게 귀속되기로 되어 있었으므로, ㅇ직 위 유상증자대금이 OO LCD에게 귀속되기 전에 이루어진 이 사건 거래 당시를 기준으로 할 때 위 16억 달러 전부가 OO LCD의 당시 기업가치에 대한 대가라고 볼 수는 없는 점, ② 구 OO전자가 이 사건 거래가액을 산정함에 있어서 이 사건 거래 당일의 환율보다도 높은 환율(변론 전체의 취지에 의하면 ‘이 사건 협약체결 당일의 환율’로 보인다)을 적용한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 거래가액은 OO LCD의 당시 객관적인 기업가치를 적정하게 반영하고 있다고 할 수 없어 이를 이 사건 주식시가로 보기는 어렵다.

2) 이러한 사정에 앞에서 본 바와 같이 ① 구OO 등은 구 OO전자의 대주주 내지 임원으로서 이 사건 협약의 체결과 이 사건 거래에 주도적인 영향력을 행사할 수 있는 위치에 있었던 점, ② 구 OO전자가 OOO와 함께 작성한 양해각서에서는 합작투자기업으로 ‘신규법인’을 상정하였으면서도 굳이 원래는 LCD사업과 전혀 무관하였던(그러나 구OO 등이 개인적으로 주식을 보유하고 있었던) OO LCD를 합작투자기업으로 정하였고, 그 결과 구OO 등에게 이 사건 주식 양도에 따른 막대한 차익을 안겨준 점, ③ 구 OO 전자는 1998년 말경 계열사로부터 그들이 보유하고 있던 OO LCD의 주식을 상증법상 보충적 평가방법에 따라 이 사건 거래가액보다 현저히 낮은 가액으로 계산하여 인수함으로써 OO LCD의 주식 99.76%를 보유하기에 이르렀음에도 당시 구OO 등 으로부터 이 사건 주식을 매수하지 아니하고(그 이유에 대하여는 아무런 주장․ 입장도 없다) 이 사건 협액에 따라 주식산정의 근거를 달리(즉, 상증법상 보충적 평가방법에 의하여 산정된 금액보다 현저히 높은 가액으로)주장할 수 있게 된 시점에 이르러서야 비로서 이 사건 주식을 매수한 점 등을 보태어 보면, 비록 이 사건 거래가 이 사건 협약에 따른 것이고 이 사건 거래가액에 경영권 프리미엄이 포합되어 있는 사정을 감안하더라도(특히 경영권 프리미엄 관련 주장은, 원고가 ‘이 사건 거래가액의 산정기초인 OOO의 투자금액에 이미 경영권 프리미엄이 반영되어 있음’을 자인하는 이상, 별다른 의미를 가질 수 없다), 이 사건 거래는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 고가매입 및 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

(다) 이 사건 거래로 인한 고가매입분(소득금액변동통지액)의 산정

1) 먼저 이 사건 거래가 이 사건 협약 및 합작계약의 각 체결일 사이에(또한 이 사건 합작계약 체결일과 근접한 시점에) 이루어졌고 이 사건 협약과 이 사건 합작계약의 주요 거래조건이 대체로 동일한 점에 비추어 보면, 이 사건 거래 당시 OO LCD의 기업가치는 ‘이 사건 합작계약 당시 OO LCD의 기업가치와’ 동일하다고 봄이 상당하다.

2) 그런데, ① 이 사건 합작계약이 그 주요 거래조건에 대하여 상반되는 이해관계를 가진 당사자 사이에서 합작투자에 관한 통상적인 국제 상거래관행 및 장기간에 걸친 치열한 협상에 따라 체결된 점, ② 이 사건 합작계약에 따른에 따른 거액의 투자금이 공신력 있는 자문기관에 의한 정밀실사결과 및 일반적인 기업가치평가기법에 따라 평가된 OO LCD의 당시 기업가치에 기초하여 산출된 점, ③ OOO가 이 사건 합작계약에 따라 이후 투자액에 비추어 상당한 얻은 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 이 사건 합작계약은 ‘특수관계자의 관계에 있지 아니한 자 사이의 정상적인 거래’로서 OO LCD의 당시 객관적인 기업가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있으므로, 결국 이 사건 거래 당시 OO LCD의 기업가치는 ‘이 사건 합작계약의 거래조건으로부터 산출된 OO LCD의 기업가치’와 동일하다고 봄이 상당하다.

3) 나아가 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 비록 이 사건 협약 및 합작계약은 단순한 지분양도계약이 아니라 합작투자에 대한 계약으로서 다시 많은 계약항목 및 전제조건(특히 구 OO전자 의무사항) 등을 포함하고 있으나,이러한 계약항목 및 전제조건들은 모두 부수적인 것이거나 당시 이미 이행이 완료된 것들이고, OOO로서는 이 사건 협약 및 합작계약의 주된 목적이 어디까지나 ‘당시 이미 LCD사업의 인수를 마친 OO LCD의 50% 지분 취득’에 있었던 점, ② 이 사건 협약 및 합작계약상 OOO가 부담할 구매가격 ‘16억 달러’는 사후조정이 가능하나, 이는 거액의 투자에 따르는 위험을 줄이려는 취지에서 구체적인 조건에 따라 제한적인 범위 내에서만 인정되는 사후조정인 점, ③ 위 구매가격은 OO LCD가 구 OO전자에게 2억 달러의 현금배당금을 지급한 이후의 OO LCD 기업가치를 기준으로 산정된 것으로 보이는 점, ④ 다만 위 구매가격 중 6.3억 달러는 유상증자대금으로서 OO LCD에게 귀속될것인바, 이는 이 사건 합작계약 체결 당시의 OO LCD 기업가치에 대한 대가가 아니라 장차 있을 유상증자로 인한 기업가치의 증가분에 대한 대가이고, 위 유상증자로 인한 경제적 효과는 OOO 및 구 OO전자 모두에게 그 지분비율에 따라 귀속된다고 평가함이 상당한 점, ⑤ 그 밖에 이 사건 합작계약에 따라 실제로 사후조정된 구매가격 또는 매출총이익에 의한 추가지급금은 모두 이 사건 합작계약 당시를 기준으로 평가된 OO LCD의 기업가치에 반영하기 적절하지 아니한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 합작계약상 OOO가 부담할 구매가격 ‘16억 달러’는 「이 사건 합작계약 당시 OO LCD의 기업가치에서 2억 달러를 공제하고 6.3억 달러를 더하여 산정된 기업가치의 50%에 대한 대가」라고 봄이 상당하므로, ‘이 사건 합작계약의 거래조건으로부터 산출된 OO LCD의 기업가치(= 이 사건 거래 당시 OO LCD의 기업가치)’는 27.7억 달러｛=32억 달러(= 16억 달러×100/50) + 2억 달러 - 6.3억 달러}라고 봄이 상당하다.

4) 따라서 이 사건 주식시가는 ‘1주당 45,100원(= 이 사건 거래 당시 OO LCD의 기업가치 27.7억 달러 × 당시 환율 1180.50원/달러 ÷ 발행주식 총 72,500,000주, 100원 미만은 버림) ’으로 계산되므로, 피고는 특별한 사정이 없는 한 이 사건 거래가액이 이 사건 주식시가를 초과하는 ‘1주당 11,200원(= 56,300 - 45,100원)’에 해당하는 고가 매입분 총 1,960,000,000원( = 11,200원/주 × 175,000주)을 부당행위계산부인에 따라 소득처분｛구OO에 대한 상여 1,306,670,400원(= 11,200원 /주 × 116,666주), 허OO에 대한 배당 653,329,600원(= 11,200원/주 ×58,333주)}하고 원고에 대하여 위 소득처분금액에 관한 소득금액변동통지를 하여아 할 것이다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대하여

(가) 이 사건 거래에 관하여는 구 소득세법이 적용되는바, 구 소득세법 제94조 제4호 및 제96조 제2호에 의하면 비상장주식의 양도로 인하여 발생하는 소득의 원칙적으로 당해 비상장주식의 양도 당시의 실지거래가액을 양도가액으로 하여 양도소득금액을 계산하여야 할 것이고, 이 경우의 ‘실지거래가액’이란 그 문언상의 의미, 변경 소득세법 제96조 및 대법원 2006. 9. 28. 선고 2005두2971 판결 등에 비추어 볼 때 ‘객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가’가 아니라 원고의 주장과 같이 ‘당해 자산의 양도 당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액’이라고 해석함이 상당하다.

또한 변경 소득세법에서 제96조 제3항이 신설되어 거주자가 주식 등의 자산을 법인세법 제52조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인에게 양도하여 같은 법 제67조의 규정에 의한 상여 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 같은 법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의양도 당시의 실지거래가액으로 보도록 함으로써 ‘시가와 취득가액의 차액’에 해당하는 양도차익에 대하여는 양도소득세를 부과하고 그 나머지인 ‘실지거래가액과 시가와의 차액’에 해당하는 양도차익에 대하여만 법인세법상 소득처분(소득금액변동통지)의 대상으로 삼을 수 있게 되었고, 구 소득세법은 위와 같은 부당행위계산부인의 경우 양도소득세와 법인세법상 소득처분에 따른 종합소득세의 중복적용을 조정하거나 배제하는 규정을 두지 아니하였음은 원고가 지적하는 바와 같다.

그러나, 종합소득세․ 갑종근로소득세와 양도소득세는 납세의무 성립의요건과 시기 및 개념상의 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서, 과세관청이 위 조세의 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것이고, 어느 소득이 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것이 아니라고 할 것이다(대법원 2003. 5. 13. 선고 2002두12458 판결의 취지 참조).

(나) 이러한 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 이 사건 거래가 고가매입으로서 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상에 해당함은 앞에서 본 바와 같으므로, 비록 이 사건 거래가 주식의 양도라는 형식을 취하고 그 대가로서 대금이 수수되었지만, 그 대금 가운데 ‘실지거래가액 시가와의 차액’에 해당하는 부분의 지급은 그 실질에 있어서 원고가 특수관계자인 구OO 등에게 원고의 소득을 분여하는 귀속시킨 것이고, 이는 법인세법 제67조에 따른 소득처분의 대상에 해당한다.

(다) 따라서 피고가 이 사건 주식의 대금 가운데 ‘실지거래가액과 시가와의 차액’에 해당하는 부분을 ‘구OO 등에 대한 상여 또는 배당’으로 소득처분하고 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 다음 위 소득처분의 대상인 소득에 대한 양도소득세를 구OO등에게 환급한 것은 모두 실질과세의 원칙에 따른 것으로서 적법하다고 할 것이므로, 이 사건 처분이 원고의 주장과 같은 사유로 조세법률주의 또는 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 수는 없다.

(3 )소결론

따라서, 이 사건 처분은 총 1,960,000,000원(구OO에 대한 상여 1,306,670,400원, 허OO에 대한 배당 653,329,600원)의 범위에서 적법하고 이를 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이러한 범위 내에서 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.