서울행정법원-2007-구합-10730 (2008.01.24)

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

원고에 대하여, 피고 ○○세무서장이 2005. 12. 17. 한 각 부가가치세 2002년 1기분 41,807,780원, 2002년 2기분 154,124,150원, 2003년 1기분 125,232,240원, 2003년 2기분, 122,955,270원, 2004년 1기분 54,492,760원의 각 부과처분, 피고 ○○세무서장이 2005. 12. 17. 한 각 종합소득세 2002년 귀속분 45,814,850원, 2003년 귀속분 55,302,240원, 2004년 귀속분 5,250,790원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1.처분의 경위

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○○에서 ○○○○○(이하, ‘이 사건 사업장’이라 한다)이라는 상호로 ○○에서 여성복을 수입하거나, 국내에서 제조․도매하는 업체로부터 중저가 상품을 매입하여 전국 11곳의 ○○백화점과 2곳의 ○○백화점, 3곳의 ○○○(변경 전 상호:○○○○○)에 납품하는 업체를 운영하다가 2004. 3. 31. 폐업신고를 한 개인사업자이다.

나. 원고는 2001년 제2기부터 2004년 제1기까지의 과세기간 중 주식회사 ○○○○(이하 ‘○○○○’이라 한다)으로부터 398,600,000원, 주식회사 ○○(이하‘○○’이라 한다)으로부터 1,399,080,000원, ○○○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○○○○’라 한다)로부터 424,350,000원, 주식회사 ○○○○○○○(이하 ‘○○○○○○○’이라 한다)로부터 1,442,163,000원 합계 3,664,193,000원 상당의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 이 사건 매입세금계산서의 명세는 아래 <표1>과 같다.

<표1> 매입세금계산서 명세

(단위:천원)

기별

합계

2001.2.

2002.1.

2002.2.

2003.1.

2003.2.

2004.1.

○○○○

398,600

75,500

323,100

○○

1,399,080

230,600

616,200

552,280

○○○○○○○○

424,350

279,350

145,000

○○○○○○

1,442,163

161,475

876,499

404,189

합계

3,664,193

75,500

553,700

895,550

885,755

876,499

404,189

다. 그런데 이 사건 사업장의 주소지를 관할하는 세무서의 장인 피고 ○○세무서장은 원고가 실물거래 없이 이 사건 매입세금계산서를 교부받았다는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 2005. 12. 17. 원고에게 부가가치세 2001년 2기분 14,371,420원, 2002년 1기분 100,385,810원, 2002년 2기분 154,124,150원, 2003년 1기분 125,232,240원, 2003년 2기분 122,955,270원, 2004년 1기분 54,492,760원 합계 571,561,650원을 경정고지하였고, 이와 같은 과세자료를 통보받은 원고의 주소지를 관할하는 ○○세무서장은 2005. 12. 17. 원고에게 종합소득세 2001년 귀속 54,469,200원(실지조사 과세함), 원고의 2002년~2004년 귀속 종합소득금액은 단순경비율로 이를 추계결정하여 2002년 귀속 45,814,850원, 2003년 귀속 55,302,240원, 2004년 귀속 5,250,790원 합계 160,837,080원을 경정고지하였다(위 과세처분 중 아래 마.항 기재와 같이 감액되고 남은 처분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고가 이에 불복하여 2006. 3. 17. 국세심판원에 심판청구를 하자, 국세심판원은 2006. 12. 12. ○○○○이 교부한 세금계산서에 대하여는 ○○○○지방법원 등에서 무죄가 선고되어 확정되었다는 이유로 이 사건 매입세금계산서 중 ○○○○으로부터 매입한 398,600,000원(2001년 2기분 75,500,000원, 2002년 1기분 323,100,000원)은 실지거래한 것으로 하여 각 과세기간의 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각하는 결정을 하였다.

마. 이에 따라 피고 ○○세무서장은 부가가치세 중 2001년 2기분 14,371,425원과 2002년 1기분 58,578,030원을 감액경정하였고, 피고 ○○세무서장은 종합소득세 중 2001년 귀속분 54,469,203원은 감액경정하였으나 2002년 귀속분에 대하여는 감액경정을 하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1~8, 갑11-1․2, 을1-1~6, 을2-1~3, 을3, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) ○○, ○○○○○○○○, ○○○○○○○(이하 ‘이 사건 거래업체’라 한다)은 주로 ○○구에 소재지를 두고 있었으나 자신들의 시장 거래처가 대부분 ○○○시장에 있는데다가 온라인 송금보다는 수표나 현금 결제를 원하였기 때문에 편의상 원고로부터 온라인으로 납품대금을 지급받아 수표발행 수수료를 절감하기 위하여 원고의 주거래 은행인 우리은행 압구정역지점에서 원고나 원고 직원의 이름으로 수표발행의뢰서 및 수표에의 배서가 작성되었고, 이 사건 거래업체들은 영세업체들로서 자금력이 튼튼하지 못하여 원고로부터 납품대금을 지급받으면 바로 시장 거래처에 밀린 대금을 지급하고자 원고로부터 송금받은 날 바로 대금을 인출하게 되었을 뿐 아니라 그와 같은 사정 때문에 이 사건 거래업체 명의의 계좌에 잔액이 없는 것이며, 원고나 원고의 모인 진○○의 계좌에 이 사건 거래업체들로부터 입금이 이루어진 것은 자금난을 겪고 있던 이 사건 거래업체들이 원고나 위 진○○으로부터 돈을 빌렸다가 이를 변제하기 위한 것이거나 납품했던 물품의 반품에 따른 납품대금 반환을 위한 것이었으므로 이러한 사정에 비추어 보면, 원고와이 사건 거래업체들과의 이 사건 매입세금계산서에 관한 거래는 실지 거래라 할 것이므로 이와 달리 이 사건 매입세금계산서가 실지 거래 없이 작성된 것으로 보아 부가가치세 산정시 이 사건 매입세금계산서 상당의 매입세액을 공제하지 아니하고, 종합소득세 산정시 이 사건 매입세금계산서 상당의 매입세액을 필요경비로 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 국세심판원이 이 사건 매입세금계산서 중 원고가 ○○○○으로부터 교부받은 2001년 2기분 75,500,000원, 2002년 1기분 323,100,000원 합계 398,600,000원에 대하여는 이를 실지 거래로 인정하여 각 과세기간의 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준을 경정하라는 취지의 심판을 하였음에도, 피고 ○○세무서장은 2002년 귀속 종합소득세에 대하여는 국세심판원의 결정을 따르지 않은 채 감액경정을 하지 않고 있는바, 이는 국세심판원의 경정을 위반하여 원고의 정당한 재산권을 침해하는 것이므로 이 사건 처분 중 2002년 귀속 종합소득세 부과처분은 이러한 점에 있어서도 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 거래업체의 대표자와 소재지 등은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 거래업체 명세

매입처

대표자

소재지

자료상 고발

○○

최○○

○○ ○○구 ○○동 ○○○

2004. 11. 고발

○○○○○○○

이○○

○○ ○○구 ○○동 ○○-○

2004. 03. 고발

○○○○○○○

이○○

○○ ○○구 ○○동 ○○-○

○○세무서에서 조사중

(2) 원고가 이 사건 매입세금계산서를 교부받고 지급한 대금에 대하여 세무관서에서 금융추적조사를 실시한 결과 아래와 같은 내용이 확인되었다.

(가) 원고가 ○○의 예금통장으로 송금한 대금 15억 3,900만원은 원고의 사업장 인근인 ○○은행 ○○○○지점에서 출금되었고, 그 중 2002. 5. 28. 등에 인출된 금액인 8억 300만원을 원고가 수표로 지급받거나 원고 또는 진○○의 예금통장에 입금하였으며, 2002. 10. 18. 같은 시각에 ○○의 계좌에서 4,477만원ㄴ과 ○○○○○○○○계좌에서 2,530만원을 인출하여 7,000만원의 수표를 원고가 발급받았고, 2002. 6. 4. 4,840만원을 인출하였다가 3,440만원을 입금한 후 이를 취소하여 진○○의 통장에 입금하였으며, 2002. 9. 4. ○○은행 ○○○지점에서 5,700만원을 출금하여 진○○의 계좌에 입금하는 등 ○○의 사업장이 ○○동임에도 ○○의 예금통장에서 출금된 것은 모두 원고의 사업장 인근 ○○은행 ○○○○지점에서 원고가 송금한 날 즉시 인출되어 잔액이 없는 상태이다.

(나) 원고가 ○○○○○○○○의 예금통장으로 송금한 대금 4억 6,600만원 중 3억 6,000만원은 ○○은행 ○○○○지점에서 출금되었고, 2002. 10. 18. 등에 원고가 1억 6,400만원을 수표로 출금하여 원고 또는 진○○의 통장에 입금된 거승로 드러났으며, 원고가 2002. 10. 18. 석란의 예금통장과 ○○○○○○○의 예금통장에서 출금한 금액을 합하여 7,000만원의 수표를 받았고, ○○○○○○○의 사업장이 ○○동임에도 ○○○○○○○의 예금통장에서 출금된 것은 모두 원고의 사업장 인근인 ○○은행 ○○○○지점에서 출금되었으며, 원고가 송금한 날 즉시 인출되어 잔액이 없는 상태이다.

(다) 원고가 ○○○○○○○의 예금통장으로 송금한 대금 15억 8,600만원은 원고의 사업장 인근인 ○○은행 ○○○○지점에서 출금되었고, 원고, 원고의 오빠인 심○○ 직원 박○○ 등이 2003. 6. 3. 등에 출금된 9억 3,200만원을 수표 또는 현금으로 수령하였으며, 직원 박○○가 2003. 12. 31. 7,500만원을 출금하여 원고의 계좌로 300만원을, 그 외 여러 명의 계좌로 6,900만원을 무통장입금의 방법으로 송금하였으며, 원고가 2004. 1. 30. 1억 1,500만원을 출금하여 이○○에게 7,000만원, 조○○에게 1,000만원을 각 송금하고, 나머지 3,500만원은 원고가 수표로 3,200만원, 현금으로 300만원을 수령하였으며, 원고의 오빠인 심○○이 2004. 2. 16. 100만원을 출금하여 조○○에게 송금하였고, ○○○○○○○의 사업장이 ○○동임에도 ○○○○○○○의 예금통장에서 출금된 것은 모두 원고의 사업장 인근인 ○○은행 ○○○○지점에서 출금된 것이며, 원고가 송금한 날 즉시 인출되어 잔액이 없는 상태이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑5, 6, 갑12-1․2, 을3, 을4-1․2, 을5-1~83, 을6-1~18, 울7-1~79, 을8~11, 을12-1․2, 을13~15, 증인 이○○, 이○○(각 일부), 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 거래업체와의 거래가 실지 거래인지 여부

위 인정사실에 의하며, 원고가 송금한 이 사건 거래업체의 예금통장 개설은행은 이 사건 거래업체 사업장의 인근 은행이 아니라 원고의 사업장 근처에 소재하는 은행이고, 원고가 지급한 매입대금을 바로 원고가 되찾아 원고 또는 원고의 모인 진○○ 명의의 통장에 입금하거나 타인에게 송금한 것으로 나타나고 있는바, 이 사건 거래 업체들이 원고로부터 그 대금을 현금이나 수표 또는 어음으로 교부받는 것이 아니라 온라인으로 송금을 받으면서도 굳이 자신들의 사업장 부근이 아닌 원고의 사업장 인근에서 단지 원고의 은행거래실적을 이용하여 그리 큰 금액으로 보이지 않는 수표 발급 등 수수료를 절감하기 위하여 원고나 원고 직원과 동행하여 그들의 명의로 수표발행을 의뢰하고 수표에 배서하게 한다는 것은 매우 이례적인 일이어서 그대로 받아들이기 어려울 뿐 아니라(이 사건 거래업체들이 수표 발급 수수료를 다소 절약할 수 있었을지는 모르나, 금융거래실적이 고스란히 원고의 것으로 된다는 점에서 더욱 그러하다), 원고가 이 사건 거래업체들로부터 반환받은 금액의 규모와 시기 및 횟수, 특히 원고나 진○○이 이 사건 거래업체에 돈을 빌려주었다가 반환받은 것이 사실이라면 원고가 이 사건 거래업체들에게 일단 그 납품대금을 온라인으로 송금하였다가 이를 인출한 후 돌려받는 절차를 취할 필요 없이 이를 상계처리하는 것이 사리에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서 중 법원의 판결에 의하여 무죄로 확정된 ○○○○을 제외한 이 사건 거래업체들에 대한 부분은 단순히 금융결제방식을 이용하여 실물 거래 없이 교부받은 가공세금계산서라 할 것이어서(따라서 원고나 진○○이 이 사건 거래업체에 자금을 빌려주었다가 원고가 이 사건 거래업체들에게 온라인으로 송금한 납품대금 중 일부를 돌려받은 것이라는 점에 부합하는 갑 제13호증의 1 내지 6, 갑 제14 내지 20호증의 각 기재와 증인 이○○, 이○○의 각 증언 부분은 믿지 아니하고, 형사사건과 행정사건은 입증의 정도를 달리할 뿐 아니라 검찰의 불기소처분이 법원의 사실인정을 구속하는 것이 아니라는 점에서 갑 제21호증의 1 내지 3의 각 기재는 위와 같이 판단함에 장애가 되지 아니한다) 이와 다른 전제에서 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 2002년 귀속 종합소득세에 대한 감액경정을 하지 않은 것에 대하여 소득세법 제80조 제3항, 같은 법 시행령 제143조 제1항, 제3항에 의하면, 당해 연도의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 장부 및 기타 증빙서류를 근거로하여야 하나 과세표준을 계산할 수 있는 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우, 기장의 내용이 상품 또는 제품의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우에는 수입금액에 기준경비율 또는 단순경비율을 적용하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있도록 하고 있다.

그런데 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 2002년 귀속의 경우 매출원가 허위기장률 51.1%, 결정소득률 52.9%이고, 2003년 귀속의 경우 매출원가 허위기장률 71.2%, 결정소득률 72.1%이며, 2004년 귀속의 경우 매출원가 허위기장률 58.6%, 결정소득률 45.4%이고, 2002년 귀속의 경우 심판결정내역을 반영하더라도 매출원가 허위기장률 39.71%, 결정소득률 41.9%이며, 한편 원고의 경우 2002년 표준소득률은 5.2%인 사실을 인정할 수 있는바, 따라서 2002년 과세표준 및 세액을 경정함에 있어 과세표준을 계산할 수 있는 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 할 것이어서 원고에 대한 2002년 귀속 종합소득세를 추계결정한 것은 위법하다고 할 수 없는 이상 2002년 귀속 종합소득세는 수입금액에 일정한 단순경비율을 곱하여 산출하는 추계과세에 의하여 한 것이어서 새순물산에 대한 매입세금계산서가 실지거래에 의한 것으로 밝혀졌다 하더라도 그 세액이 조정될 여지가 없는 것이므로 이와 달리 주장하는 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 각 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.<개정 1993.12.31>

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 "매출·매입처별세금계산서합계표"라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 거래기간

3. 작성일자

4. 거래기간동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

부가가치세법시행령

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조제2항제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1의4. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8122로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해년도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

소득세법시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법시행령 제142조 【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

○ 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2의 규정에 따른 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2007년 12월 31일까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액

1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 끝.