서울고등법원-2007-누-27464 (2008.05.14)

주문

1. 제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 원고 패소부분을 취소한다.

2. 피고가 2004. 3. 10. 원고에게 한 2000년도 귀속 양도소득세 42,354,994,019원의 부과 처분 중 36,214,254,998원을, 증권거래세 773,585,769원의 부과처분 중 668,024,704원을 각 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

4. 소송총비용은 이를 7분하여 그 6은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 3. 10. 원고에게 한 2000년도 귀속 양도소득세 42,354,994,590원(42,354,994,019원의 오기로 보인다)과 증권거래세 773,585,890원(773,585,769원의 오기로 보인다)의 각 부과처분을 취소한다.

이유

1. 과세처분의 경위

가. 원고와 국내외 8개 법인(○○○그룹에 속하는 ○○○-○○○ Ltd, ○○○-○○○ Ltd, ○○○-○○○ Ltd 3개사와 ○○○ 그룹에 속하는 ○○○ ○○○-○○○ ○○○ Ltd, ○○○○ 2개사 및 ○○그룹에 속하는 ○○○○ 주식회사, ○○○○ 주식회사, 주식회사 경보 3개사를 말한다. 이하 “양도인들”이라 하고, 국내 법인들을 표시함에 있어 주식회사는 생략한다)은 코스닥 등록업체인 ○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○’이라고 한다) 발행주식 중 약 47.85%(74,993,052주, 이하 ‘양도인들 소유 주식’이라 한다)를 보유하면서 ○○○○○에 대한 경영권을 행사해 오다가 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’라 한다)와 사이에 2000. 3.경 양도인들 소유 주식을 ○○○에 일괄 양도하는 협상을 시작하여, 2000. 6. 6. 거래조건협상이 타결되었고, 2000. 6. 15.에는 주식구매계약이, 2000. 7. 25.에는 부속계약이 각 체결되었다.

나. 원고는 2000. 10. 5. 위 계약에 따라 그가 소유한 ○○○○○ 주식 5,883,218주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 양도한 대가로 ○○○로부터 현금 66,669,526,019원을 지급받는 한편 ○○○가 보유하고 있던 ○○○○○○○ 주식회사 발행주식 421,265주(이하 ‘이 사건 ○○○○○○○ 주식’이라고 한다)의 주권을 교부받았다.

다. 원고는 2000년 귀속 양도소득세와 이 사건 주식에 대한 증권거래세를 신고하면서 이 사건 주식에 대한 양도가 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보고, ① 2001. 5. 31. 이 사건 주식의 기준시가(양도일인 2000. 10. 5. 이전 1개월의 평균 종가인 13,600원)에 의하여 산정된 양도소득세 7,201,375,342원을 신고납부하고, ② 2001. 11. 10. 이 사건 주식의 매매거래 기준가격에서 증권업협회가 정한 가격제한폭의 금액을 차감한 가액(1주당 12,200원)을 기준으로 증권거래세 358,876,290원을 신고납부 하였다.

라. ○○지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 과정에서 원고와 ○○○ 사이에 이 사건 ○○○○○○○ 주식의 1주당 가액을 390,000원으로 합의하였고, 이는 이 사건 주식 양도의 실지거래가격이라고 보아 원고가 이 사건 주식을 양도하고 수령한 현금 66,669,526,019원과 이 사건 ○○○○○○○ 주식 421,265주를 164,293,350,000원(1주당 390,000원)으로 환산하여 합산한 230,962,876,019원을 이 사건 주식의 실지거래가액으로 하여 양도소득세 및 증권거래세 과세표준과 세액을 경정ㆍ고지하도록 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 ○○지방 국세청장의 과세자료 통보에 따라 2004. 3. 10. 원고가 양도소득 150,216,642,589원과 증권거래세 과세표준 159,187,616,419원을 신고 누락하였다는 이유로 2000년 귀속 양도소득세 48,279,588,590원과 2000년 10월분 증권거래세 875,531,890원을 결정ㆍ고지하였다.(이하, 위 양도소득세 및 증권거래세 결정ㆍ고지를 통칭하여 “제 1차 과세처분”이라고 한다.)

바. 원고는 제1차 과세처분에 불복하여 2004. 6. 1. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2006. 4. 18. “원고는 이 사건 주식을 양도하고 현금과 ○○○○○○○ 주식을 양도의 대가로 받았으므로 양도가액은 현금과 이 사건 ○○○○○○○ 주식의 시가를 합한 금액이 되어야 하고, 양도 시기는 계약이 최종적으로 확정된 2000. 7. 25.로 보아야 한다.”는 이유로, 이 사건 주식의 양도가액을 원고가 지급받거나 교부받은 현금 66,669,526,019원과 이 사건 ○○○○○○○ 주식 421,265주의 2000. 7. 25. 당시 시가인 합계 145,757,690,000원{= 346,000원(2000. 7. 25. 당시 증권거래소 종가) × 421,265주}을 더한 212,427,216,019원으로 보고 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 결정을 하였다.

사. 피고는 2006. 5. 28.경 국세심판원의 결정에 따라 제1차 과세처분에 의한 세액을 양도소득세는 42,354,994,019원으로, 증권거래세는 773,585,769원으로 각 감액하여 원고에게 고지하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다.)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 이 사건 주식의 양도와 관련된 실지거래가액이 존재한다는 전제 아래 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 과세처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 원고와 ○○○는 이 사건 주식의 양도와 관련하여 양도가액을 합의한 사실이 없으므로 실지거래가액이 존재하지 않는다. 그리고 국세심판원은 원고가 제기한 심판청구사건에서 이 사건 주식의 양도와 관련하여 실지거래가액이 존재하지 않는다고 보고 양도 당시의 시가를 기준으로 과세표준과 세액을 경정하라고 결정하였고, 피고는 그에 따라 감액경정을 하였으므로 이 사건 과세처분의 처분사유는 실지거래가액이 부존재함을 전제로 이 사건 주식의 양도 당시의 시가를 기준으로 과세표준과 세액을 산정하는 것으로 변경되었다고 보아야 한다. 따라서 피고가 이 사건 소송에서 다시 실지거래가액이 존재한다고 주장하는 것은 재결의 기속력, 행정절차상 요구되는 처분사유의 제시의무, 신뢰보호 또는 금반언의 원칙, 불이익변경금지 원칙 등에 위배되어 실체법상으로나 소송법상으로 허용될 수 없다.

(2) 소득세법상 실지거래가액이 없는 경우 양도가액은 양도 당시의 시가가 아니라

기준시가에 의하여 산정하여야 하고, 그 대상은 ○○○○○○○ 주식이 아닌 이 사건 주식이고, 기준이 되는 시기도 원고가 ○○○로부터 양도대금을 전액 지급받은 날인 2000. 10. 5. 이어야 하므로, 이와 달리 2000. 7. 25.자 ○○○○○○○ 주식의 시가를 기초로 과세표준을 산정한 이 사건 과세처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 3 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 양도인들과 ○○○ 사이에 2000. 6. 6.자 거래조건협상에서 타결된 내용은, ○○○○○ 주식의 양도대가로 현금 30%와 ○○○○○○○ 주식 70%를 지급받는 조건을 선택한 매도자들{원고, ○○○○, ○○○○, 정보(2001. 7. 30. ○○○○에 흡수 합병됨), ○○○ 그룹}은 ○○○○○ 주식을 1당 40,000원으로, ○○○○○○○ 주식은 1주당 390,000원으로 평가하여 주식교환비율을 1 : 9.75로 하고, ○○○○○ 주식의 양도 대가로 현금 20%와 약속어음 80%를 지급받는 조건을 선택한 매도자들(○○○ 그룹)은 ○○○○○ 주식을 1주당 37,000원으로 평가하여 매도한다는 것이었는데(을 제5호증의 1, 2,), 이와 같이 양도대금의 일부를 ○○○○○○○ 주식으로 받는 매도자들이 소유하고 있는 ○○○○○ 주식을 더 높은 가격으로 평가하기로 한 것은 대체취득하는 ○○○○○○○ 주식의 시세변동으로 인한 손해발생의 위험성 및 이를 현금화하는 과정에서 수반되는 비용지출 등을 감안하여 앙도대금의 일부를 현금이 아닌 ○○○○○○○ 주식으로 지급받는 경우에 발생할 수 있는 실질적인 양도가액의 감소분을 사전에 보전해 주기 위함이었다.

(2) 그 후 2000. 6. 8. 양도인들 내부에서 경영권 행사 비중을 감안하여 원고와 ○○그룹 측이 ○○○그룹과 ○○○그룹으로부터 경영권에 대한 보상 명목으로 300억 원에 해당하는 ○○○○○○○ 주식 76,923주를 넘겨받기로 하는 내용의 합의가 이루어졌고(30,000,000,000원 ÷ 76,923.0769주 = 390,000원), ○○○ 그룹과 ○○○ 그룹은 양 그룹에 배정된 매수대가(현금, 약속어음 및 ○○○○○○○ 주식)를 지급수단별로 각각 합산하여 매도주식의 비율대로 양 그룹간에 재배분하기로 하였는데, 당시 양도인들 측에서 작성한 계약서 초안 부록 2.1에 의하면, 원고는 이 사건 주식을 양도하는 대가로 현금 70,598,616,000원과 ○○○○○○○ 주식 444,773.1152주 합계 244,060,130,944원을 취득하는 것으로 되어 있었다(을 6호증의 1, 2).

(3) 양도인들과 ○○○ 사이에 2000. 6. 15. 체결된 주식구매계약의 내용은, 기존에 합의된 계약 중 양도인들에게 배정된 ○○○○○○○ 주식 중 1주 미만의 주식 합계 4.9795주를 주당 390,000원으로 계산하여 그 합계 1,942,000원을 양도인들에 배정된 현금에 추가하는 것 이외에 변동된 계약내용은 없었다. 위 계약에 의하면, ○○○가 양도인들에게 양도인들 소유 주식의 양수대가로 현금 합계 748,728,282,200원(25%), 약속어음 합계 972,876,608,801원(35%), ○○○○○○○ 주식 합계 3,024,397주(40%)를 지급하고, 양도인들 소유 주식을 양수하는 것이었으며, 원고의 경우 이 사건 주식을 양도하고, 그 대가로 현금 70,598,660,944원{= 70,598,616,000원 + 44,944원(≒ 0.1152주 × 390,000원)}의 지급과 ○○○○○○○ 주식 444,773주를 양도받는 것이었다.

(4) 2000. 7. 25.자 부속계약의 내용은, 양도인들 소유 주식 양도대금에서 ○○○○○○○ 주식이 차지하는 비율(40%)과 현금 등이 차지하는 비율(60%)은 그대로 하되, 현금 중 원화, 달러화, 약속어음으로 지급할 금액의 비율과 국내법인 주주에게 지급할 ○○○○○○○ 주식 수를 일부 조정한 것으로, 구체적으로 일부 조정한 내용을 살펴보면, ○○○에서 ○○○○○의 ○○○PCS 가입자 수 등 자산실사결과에 따른 ○○○의 손해배상요구에 대하여 협상한 결과 총 손해배상액을 280,875,517,412원으로 하고, 그중 13,499,999,998원은 현금(원화)에서 차감하며, 235,875,217,414원은 약속어음금에서 차감하고, 나머지 31,500,300,000원은 내국인 주주에게 지급할 ○○○○○○○주식 수에서 80,770주{1주당 390,000원으로 계산됨, 2000. 6. 15.자 계약에 따라 내국인 주주가 취득할 ○○○○○○○주식 수는 총 1,528,181주였으나 2000. 7. 25.자 부속계약에 따라 위 80,770주를 뺀 나머지 1,447,411주를 내국인 주주가 취득함(을 8호증의 2)}를 차감하는 것이다.

(5) 그 다음날인 2000. 7. 26. 원고를 제외한 양도인들은 일괄적으로 ○○○로부터 양도인들 소유 주식의 양도대금을 지급받았으나, 원고는 이 사건 주식의 단기보유로 인한 양도소득세 중과를 피하기 위하여 2000. 10. 5. 양도대금을 지급받았다. 양도인들 소유 주식의 양도인별 양도주식 수, 원화, 달러화, 약속어음금 및 ○○○○○○○ 주식수의 내역은 아래 [표] 기재와 같다.

양도인

양도주식 수

대금지급방식

원화

달러화

약속어음(원)

○○○○○○

주식수

○-○ Ltd.

7,952,804

41,184,531,397

29,035,919

115,824,861,620

217,220

○-○ Ltd.

6,882,481

35,641,966,450

25,128,139

100,236,647,279

187,985

○-○ Ltd.

7,076,337

36,645,838,386

25,835,913

103,059,971,527

193,280

소계

21,911,622

113,472,336,233

79,999,971

319,121,480,426

598,485

○-○ Ltd.

28,707,767

144,524,133,550

20,491,404

478,682,525,751

897,731

○○○○

4,159,686

25,683,322,418

99,508,625

소계

32,867,453

170,207,455,968

120,000,029

478,682,525,751

897,731

○○주식회사

11,330,759

128,402,163,332

811,334

원고

5,883,218

66,669,526,019

421,265

○○ 주식회사

1,500,000

16,998,400,325

107,406

주식회사 ○○

1,500,000

16,998,400,325

107,406

소계

20,213,977

229,068,490,001

1,447,411

합계

74,993,052

512,748,282,202

200,000,000

797,804,006,177

2,943,627

(6) 한편, 원고 등 위 양도인들을 위 표와 같이 ○○○그룹, ○○○그룹 및 내국인 주주로 분류하여 그 대금지급방식을 살펴보면, 원화, 달러화, 약속어음으로 지급된 금액 비율과 ○○○○○○○주식으로 지급된 금액 비율 및 이 사건 주식 1주당 양도가액은 다음 표와 같다(다만, 환율은 원고를 제외한 양도인들이 일괄적으로 양도대금을 지급받은 2000. 7. 26.자 매매기준율인 1,114.90원/달러로 하고, ○○○○○○○주식의 1주당 가액은 2000. 7. 25. 종가인 346,000원으로 한다).

(단위 : 백만 원)

주주

양도 주식 수

대금지급방식

1주당 양도 가액(원)

현금 등

○○○주식

합계

주식 수

비율(%)

금액

비율(%)

수량

가액

비율(%)

금액

비율(%)

○그룹

(○ ○)

32,867,453

(4,159,686)

43.86

(5.54)

782,677

(136,625)

71.6

898

310,614

28.4

1,093,293

(136,625)

42.84

(5.35)

33,264

(32,845)

○그룹

21,911,622

29.21

521,190

71.6

599

207,076

28.4

728,861

28.56

33,264

내국인 주주

20,213,977

26.95

229,069

31.4

1,447

500,804

68.6

729,873

28.59

36,107

계

74,993,052

100

1,533,532

60.0

2,944

1,018,494

40.0

2,552,027

100

34,030

(※ 1주당 양도가액은 계산의 편의상 원 미만을 버린다. 이하 같다)

(7) 이 사건 주식의 코스닥 시자에서의 1주당 거래가액은 2000. 7. 25.에는 16,800원, 2000. 7. 26.에는 17,700원, 2000. 10. 5.에는 14,450원 이었고, ○○○○○○○주식의 증권거래소에서의 1주당 거래가액은 2000. 6. 5.에는 394,000원, 2000. 6. 8.에는 377,000원, 2000. 6. 15.에는 357,000원, 2000. 7. 25.에는 346,000원, 2000. 7. 26.에는339,000원, 2000. 10. 5.에는 266,000원이었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제4 내지 8, 10, 11호증의 각 1, 2, 을 제9, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 처분사유가 변경되었다고 볼 수 있는지 여부

앞서 본 사실과 갑 제2호증의 기재에 의하면, 국세심판원의 결정 취지는 “구 소득세법 제95조 제1항은 양도소득의 총수입금액을 양도가액이라 규정하고 있는바, 이는 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 취득하는 대가로 취득하는 모든 수입으로 해석되므로, 이 사건 주식의 양도가액은 원고가 ○○○로 받은 현금과 ○○○○○○○주식의 시가를 합한 금액이 되어야 할 것인데, 이 사건의 경우 원고를 비롯한 양도인들과 ○○○가 이 사건 주식구매계약의 체결과정에서 단계별로 ○○○○○주식의 양도가액, 대금지급방법, 대금지급비율, 현금 대신 지급할 ○○○○○○○주식의 수 등을 계속 변경하여 오다가 2000. 7. 25. 최종적으로 확정하였으므로, 당초 산정한 ○○○○○○○주식의 1주당 가격 390,000원이 아닌 2000. 7. 25. 당시의 ○○○○○○○ 주식의 시가를 기준으로 양도가액을 산정하여야 한다”는 것일 뿐 이 사건 주식의 양도와 관련하여 실지거래가액이 존재하지 않는다는 취지는 아닌 사실(국세심판원은 그 결정문 18쪽 하단에서 “청구 주장과 같이 당초 계약시점부터 이 사건 주식의 실지거래가액이 확인되지 아니한 것으로 보기는 어렵다”고 판단하여 실지거래가액이 존재하지 않는다는 원고의 주장을 명시적으로 배척하고 있다)이 인정되므로, 국세심판원의 결정과 피고의 감액경정에 의하여 이 사건 과세처분의 처분사유가 변경되었다고 볼 수 없다. 따라서 이에 반하는 취지의 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이 사건 주식의 양도와 관련된 실지거래가액의 존부 및 그 액수

(가) 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제96조 제2항이 규정하고 있는 양도차익산정에 있어서의 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2006. 9. 28. 선고 2005두2971 판결 등 참조).

(나) 그런데, ① 위에서 본 바와 같이 원고를 비롯한 양도인들은 2000. 3.경부터○○○에 자신들이 보유하고 있던 ○○○○○주식 합계 74,993,052주(지분 47.85%)를 일괄 양도하기로 하는 내용의 협상을 합께 진행하여 2000. 6. 15. 공동으로 ○○○와 사이에 이 사건 주식구매계약을 체결하였고, 2000. 7. 25. ○○○와 사이에 주식 양도 대금 조정에 따른 부속계약을 체결함으로써 양도대금을 최종적으로 확정하였으며, 그 다음날인 2000. 7. 26. 원고를 제외한 양도인들이 양도대금을 일괄적으로 지급받았으므로 ○○○가 이 사건 주식구매계약에 따라 지급한 양도대금은 모든 양도인들에 대하여 동일한 기준에 따라 산정되었다고 보는 것이 경험칙에 부합하는 점, ② 양도인들이 ○○○로부터 수령한 전체 양도대금에서 ○○○○○○○주식이 차지하는 비율을 살펴보면, 유일하게 양도대금 전액을 현금으로 지급받은 ○○○ ○○○○○의 경우는 0%, ○○○ 그룹과 ○○○ 그룹의 경우는 각각 28.4% 정도이고(○○○ 그룹의 경우 ○○○ ○○○○○를 포함하여 산정한 값이다). 원고를 비롯한 내국인 주주들의 경우는 68.6% 정도인데, 원고를 제외한 양도인들이 일괄적으로 양도대금을 지급받은 2000. 7. 26.자 환율 및 양도대금이 최종적으로 확정된 2000. 7. 25.자 ○○○○○○○ 주식의 종가를 기준으로 하여 양도인 들이 ○○○로부터 지급받은 ○○○○○주식 1주에 대한 양도가액을 계산하면 ○○○ ○○○○○의 경우는 32,264원, ○○○ 그룹과 ○○○ 그룹의 경우는 각각 33,264원(○○○ 그룹의 경우 ○○○ ○○○○○를 포함하여 산정한 값이다). 원고를 비롯한 내국인 주주들의 경우는 36,107원이 되는바, 이와 같이 전체 양도대금에서 ○○○○○○○ 주식이 차지하는 비율이 높을수록 ○○○○○ 주식 1주를 기준으로 계산한 양도가액이 증가하는 것은 대체취득하는 ○○○○○○○주식의 시세변동으로 인한 손해발생의 위험성 및 이를 현금화하는 과정에서 수반되는 비용지출 등을 감안하여 양도대금의 일부를 현금이 아닌 ○○○○○○○주식으로 지급받는 경우에 발생할 수 있는 실질적인 양도가액의 감소분에 사전에 보전해 주기 위한 것이므로(실제로 ○○○○○○○주식의 증권거래소에서의 1주당 거래가액은 2000. 6. 5.에는 394,000원, 2000. 6. 8.에는 377,000원, 2000. 6. 15. 에는 357,000원, 2000. 7. 25.에는 346,000원, 2000. 7. 26.에는 339,000원 2000. 10. 5.에는 266,000원으로 상당 기간 하락추세를 보였다). 원고가 ○○○로부터 지급받은 ○○○○○주식 1주에 대한 양도가액인 36,107원과 ○○○ ○○○○○가 받은 위 32,845원의 차액 부분을 이 사건 주식 그 자체의 대가로 약정된 금액으로 볼 수는 없는 점,

③ 위에서 본 바와 같이 원고를 비롯한 양도인들과 ○○○가 이 사건 주식구매계약의 체결과정에서 단계별로 ○○○○○ 주식의 양도가액, 대금지급방법, 대금지급비율, 현금 대신 지급할 ○○○○○○○ 주식의 수 등을 조정하여 오다가 2000. 7. 25.최종적으로 이를 확정하고, 그 다음날인 2000. 7. 26.○○○가 곧바로 양도대금을 일괄적으로 지급한 사정에 비추어 볼 때, 양도인들과 ○○○가 2000. 6. 6.자 거래조건협상에서 ○○○○○○○ 주식의 가격을 390,000원으로 평가하기로 합의한 것은 당시 시세 등을 반영하여 ○○○○○ 주식과 ○○○○○○○주식의 교환기준을 정한 것으로 보일 뿐 양도인들이 대체취득하는 ○○○○○○○주식의 1주당 가액을 390,000원으로 구체적으로 확정한 것으로 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 주식구매계약 당시 원고와 ○○○는 이 사건 주식의 양도가액도 양도대금 전액을 현금으로 지급받은 ○○○ ○○○○○의 1주당 양도가액인 32,845원을 기준으로 산정하였다고 볼 수밖에 없고, 달리 이 사건 주식의 1주당 양도가액이 위 32,845원을 초과한다는 점을 인정할 만한 증거가 없다.

(다) 그렇다면, 이 사건 주식의 실지거래가액은 1주당 양도가액을 32,845원으로 계산한 합계 193,234,295,210원(= 32,845원 × 5,883,218주)이라 할 것이므로, 이 사건 주식의 양도와 관련하여 실지거래가액이 존재하지 않는다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(라) 다만, 이 사건 주식의 실지거래가액을 위 193,234,295,210원으로 하여 정당한 세액을 계산하면 별지 1, 2의 각 세액계산표 기재와 같이 양도소득세는 36,214,254,998원, 증권거래세는 668,024,704원이 되므로, 이 사건 과세처분 중 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 양도소득세 36,214,254,998원, 증권거래세 668,024,704원을 각 초과하는 부분은 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 이 사건 과세처분 중 양도소득세 36,214,254,998원, 증권거래세 668,024,704원을 각 초과하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

(별지 1)

세액계산표(1)

(단위 : 원)

구 분

이 사건 과세처분

정당한 세액

이 사건 주식의 양도가액(1)

193,234,295,210

장내 주식가액(2)

2,910,155,950

기타 주식(3)

1,047,799,200

양도가액(4=1+2+3)

216,385,171,169

197,192,250,360

취득가액(5)

47,522,198,059

47,522,198,059

필요경비(6)

1,070,667,677

983,970,895

양도소득(7=4-5-6)

167,792,305,433

148,686,081,406

양도소득 기본공제(8)

2,500,000

2,500,000

과세표준(9=7-8)

167,789,805,433

148,683,581,406

세율

20%

20%

산출세액(10)

33,557,961,086

29,736,716,281

기납부세액(11)

7,201,375,342

7,201,375,342

신고불성실가산세(12)

2,635,619,304

2,253,496,203

납부불성실가산세(13)

13,362,788,971

11,425,417,856

총결정세액(14=10+12+13)

49,556,369,361

43,415,630,340

납부하여야 할 세액(15=14-11)

42,354,994,019

36,214,254,998

1) 신고불성실 가산세 : 112,676,704,692원(=148,686,081,406원-36,009,376,714원) / 148,686,081,406원 × 29,736,716,281원 × 0.1

2) 납부불성실 가산세 : 22,535,340,939원(29,736,716,281원-7,201,375,342원) × 1014 × (5/10,000)

(별지2)

세액계산표(2)

(단위 : 원)

구 분

이 사건 과세처분

정당한 세액

과세표준

212,427,216,019

193,234,295,210

세율

5/1,000

5/1,000

산출세액

1,062,136,080

966,171,476

기납부세액

358,876,290

358,876,290

가산세(10%)

70,325,979

60,729,518

납부하여야 할 세액

773,585,769

668,024,704

(별지 3)

관계법령

[구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호호 개정되기 전의 것)]

○ 제94조 (양도소득의 범위)

양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제 97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

○ 제96조 (양도가액)

② 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 실지거래 가액에 의한다.

○ 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 제99조 (기준시가의 산정)

① 제96조 제1항 본분, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산

양도자산의 종류․규모․거래상황과 상속제산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

○ 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지)

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방 국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

[구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것)]

○ 제89조　（자산의 취득가액 등)

①법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세․등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조․생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비․노무비․운임․하역비․보험료․수수료․공과금(취득세와 등록세를 포함한다)․설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 시가

○ 제157조 (토지 등의 범위)

⑤ 법 제94조 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제158조 제1항 제1호․제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인 외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.

가. 신규로 유가증권시장에 상장하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것

나. 증권거래법 제172조의2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록을 하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것

다. 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

○ 제162조 (양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

○ 제163조 (양도자산의 필요경비)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

○ 제165조 (토지․건물 외의 자산의 기준시가 산정)

① 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식등 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목(동목에서 준용하고 있는 가목의 규정 중 “평가기준일 이전․이후 각 2월”은 각각 “양도일․취득일 이전 1월”로 한다) 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준 시기나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의한다. 다만, 장부분실 등의 사유로 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 적용한다.

○ 제176조의2 (추계결정 및 경정)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

[구 증권거래세법(2000. 12. 29. 법률 제6302호로 개정되기 전의 것)]

○ 제7조 (과세표준) 증권거래세의 과세표준은 다음 각호에 의한다.

1. 증권거래소에서 양도되는 주권에 대한 증권거래세의 과세표준은 거래소가 대체결제종목으로 지정하여 당해 증권거래소에서 양도되는 주권의 양도가액의 합계액

2. 증권거래소에서 거래되는 매매수량단위 미만의 주권 또는 증권거래법 제3조 제4호의 규정에 의하여 등록된 법인의 주권 등을 증권거래법 제194조의 규정에 의하여 증권관리위원회가 정한 장외거래방식에 의하여 양도하는 경우의 증권거래세의 과세표준은 그 양도한 가액의 합계액

3.제1호 및 제2호외의 주권 등의 양도의 경우에는 당해 주권 등의 양도가액. 다만, 양도가액을 알 수 없거나 그 가액이 대통령령이 정하는 방법(이하 “양도가액평가방법”이라 한다)에 의하여 평가한 가액보다 낮은 경우에는 그 양도가액평가방법에 의하여 계산한 가액으로 한다.

[구 증권거래세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17040호로 개정되기 전의 것)]

○ 제4조 (양도가액평가방법) 법 제7조 제3호 단서의 규정에 의한 주권 등의 양도가액평가방법은 다음 각호의 가액에 양도된 당해 주권등의 거래수량을 곱하여 계산하는 것으로 한다.

1. 증권거래소에 상장된 주권을 증권거래소 또는 증권회사를 통하지 아니하고 양도한 경우에는 양도일의 직전 거래일에 증권거래소가 공표한 당해 주권의 최종시세가액에서 증권거래소가 정한 가격제한폭의 금액을 차감한 가액

2. 증권거래법 제3조 제4호의 규정에 의하여 등록된 법인의 주권 등을 증권관리위원회가 정한 거래방식이 아닌 방식으로 양도한 경우에는 증권업협회가 공표한 양도일의 매매거래기준가격에서 증권업협회가 정한 가격제한폭의 금액을 차감한 가액

3. 제1호 및 제2호 외의 방식으로 주권 등을 양도한 경우에는 상속세및 증여세법시행령 제63조의 규정에 의하여 계산한 가액.