수원지방법원-2007-구합-8448 (2008.06.04)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

청구취지

피고가 2006. 7. 18. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 법인세 369,910,590원의 부과처분 중 220,999,460원을 초과하는 부분과 2002년 귀속 법인세 264,728,310원의 부과처분 중 254,606,650원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 동안 확정된 자기주식처분손실 등의 손금 569,3131078원(이하 ‘이 사건 손금’이라 한다)을 해당 사업연도의 손금으로 계상하지 아니하고, 이 중 531,825,458원을 2001 사업연도에 37,487,620원을 2002 사업연도에 각 손금으로 계상하였다.

나. 중부지방국세청장은 원고에 대한 법인세 조사과정에서 위와 같은 사실을 발견하고 피고에게 원고의 2001 및 2002 사업연도와 관련하여 이 사건 손금 및 기타 손금을 불산입하고 이에 따라 그 법인세를 경정 ․ 고지할 것을 지시하였고, 이에 따라 피고는 2006. 7. 18. 원고에게, 2001 사업연도 법인세의 미납부 가산세 및 2002 사업연도 결손금 소급공제에 의한 환급 법인세에 대한 이자상당액을 포함한 2001 사업연도 법인세 485,465,630원 및 2002 사업연도 법인세 268,469,279원을 부과하는 내용의 법인세증액경정결정을 하고 이를 고지하면서, 1998 사업연도부터 2000 사업연도까지의 법인세에 대하여는 부과제척기간이 만료되어 이 사건 손금을 추가로 산입하여 이를 경정할 수 없다는 이유로 감액경정결정을 하지 않았다.

다. 원고는 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2007. 6. 27. 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분 중 위 가산세 및 이자상당액에 해당하는 부분을 부과하지 않는 것으로 위 각 부과처분을 경정한다는 내용의 결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2007. 7. 25. 원고에게 위 2006. 7. 18.자 각 부과처분을 2001년 귀속 법인세 369,910,590원 및 2002년 귀속 법인세 264,728,310원으로 감액하여 부과하는 것으로 경정하였다(이하 위 2006. 7. 18. 자 각 부과처분 중 위와 같은 감이 감액경정되어 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 12, 을 제2호증의 1 내지 10, 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제4호증, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 고의가 아닌 착오로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하지 못하고 차회 사업연도에 산입하게 된 것이고, 부과제척기간의 경과로 인하여 위 손금을 해당 사업연도에 산입하여 법인세 경정을 할 수도 없게 되었으므로, 이 사건 손금은 원고가 신고한 대로 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입되어야 함이 타당함에도, 이 사건 처분은 이 사건 손금을 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입하지 아니함으로써, 위 손금 상당의 소득에 대하여 이중과세를 한 것이거나, 이 사건 처분 사건 부과처분 이후에 국세기본법 제26조의2 제2항에서 부과제척기간이 만료되었더라도 경정결정을 할 수 있는 경우로서 제3호(같은 법 제45조의2 제2항에 의하여, 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한때 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구하는 경우 등)를 신설한 취지에 반하는 것이거나, 과잉금지의 원칙에 반하여 원고의 재산권을 과도하게 침해하는 것으로서 위법하다.

(2) 이 사건 손금을 해당 사업연도의 손금에 산입함으로써 위 해당 사업연도에 결손금이 발생하게 되고 위 결손금은 2001 및 2002 사업연도에 이월되어 그 소득금액에서 공제되어야 하는 것임에도 불구하고, 이 사건 처분은 위와 같이 이월되는 결손금을 2001 및 2002 사업연도의 소득금액에서 공제하지 아니한 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여 살피건대, ① 법인세법 제14조 제1항 및 제40조 제1항에서는, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하고, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 손금의 귀속사업연도는 1998 내지 2000 사업연도라고 할 것이어서 이를 2001 및 2002 사업연도의 손금에 산입할 수는 없다 할 것이고, ② 이 사건 처분은 2001 및 2002 사업연도의 소득(각 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액)에서 법인세법 제13조 소정의 금액을 공제한 과세표준에 대한 것이고 이 사건 소금은 1998 내지 2000 사업연도의 과세표준을 같은 방법으로 산정함에 있어서 당해 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 공제되어야 할 금원일 뿐이므로, 부과제척기간의 경과로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하여 법인세를 경정할 수 없는 상태에서 피고가 위 손금을 원고가 신고 한 대로 2001 및 2002 사업연도의 손금으로 산입하지 아니한 채 그 법인세를 산정한 것을 두고 이중과세라고 할 수도 없으며, ③ 이 사건 부과처분 이후에 시행된 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호(2007. 12. 31. 신설되어 2008. 1. 1.부터 시행됨)에서 부과제척기간이 만료되었더라도 경정으로 인하여 당해 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에 경정청구할 수 있는 것으로 규정하고 있기는 하나, 위 규정은 이 사건 처분 이후에 신설된 규정으로서 위 처분을 함에 있어 적용된다고 할 수 없을 뿐만 아니라 이를 근거로 이 사건 손금을 2001 및 2002 사업연도에 산입하여야 한다고 할 수 있게 되는 것도 아니고, ④달리 원고의 착오로 이 사건 손금을 해당 사업연도에 산입하지 못하게 된 이 사건에 있어서, 그 부과 제척기간의 경과로 이 사건 손금을 해당 사업연도로 산입하여 법인세 경정을 할 수 도 없게 되었다는 이유만으로 , 피고가 위 손금을 원고가 신고한 사업연도에 산입하여야 의무가 있다거나 위 손금을 원고의 신고대로 산입하지 아니한 채 행해진 이 사건 처분이 과잉금지의 원칙에 반하여 원고의 재산권을 침해하는 것이라고 볼 자료가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여 살피건대, 각 사업연도의 결손금이라 함은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과 하는 금액을 일컫는 것으로서, 을 제 12 내지 14호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 손금을 해당 사업연도인 1998 내지 2000사업연도에 산입하더라도 위 각 사업연도의 결손금은 발생하지 않는 사실을 인정할 수 있으므로, 위 각 사업연도에 결손금이 발생하였음을 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기고 하여 주문과 같이 판결 한다.

<관계법령>

○ 법인세법

제13조【과세표준】

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세 소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액

제14조【각 사업연도의 소득】

①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

②내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제40조【손익의 귀속사업연도】

①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

②제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제26조의2【국세부과의 제척기간】

①국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국세조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

②다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

④제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제45조의2【경정 등의 청구】

①과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

②과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과 후에 발생한 때

③제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법

제26조의2【국세부과의 제척기간】

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날 부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정․판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

3. 제45조의2 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우(2007. 12. 31. 신설)

부칙<제8330호, 2007.12.31>

제1조【시행일】

이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제46조의2의 개정규정은 2008년 10월 1일부터 시행하며, 제85조의6의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.