대법원-2008-두-3135 (2008.06.12)

주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이 유

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고보충이유서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

[서울고등법원2005누30374 (2008.01.16)]

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 파산자 ○○건설산업 주식회사에 대하여 한 2000. 11. 3.자 1996 사업연도 법인세 부과처분 및 2003. 2. 1.자 1997 사업연도 법인세 부과처분 중 별지 ‘부과처분 목록 1’의 각 인용금액란 기재 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지, 항소취지 및 부대항소취지

1. 청구취지

피고가 파산자 ○○건설산업 주식회사에 대하여 한 별지 부과처분 목록 Ⅰ 기재 법인세, 농어촌특별세 부과처분에 관한 현지 고지세액 기재 부분 중 각 취소청구액 기재 부분과 별지 부과처분 목록 Ⅱ 기재 소득세(원천징수분) 부과처분 및 별지 부과처분 목록 Ⅲ 기재 부가가치세의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 부대항소취지

제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 파산자 ○○건설산업 주식회사에 대하여 한 별지 부과처분 목록 Ⅰ 기재 1996 사업연도 법인세 법인세 부과처분 중 8,290,974,833원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고에 대하여, 별지 Ⅰ 내지 Ⅲ과 같이 1995 사업연도 내지 1998사업연도 귀속 법인세 부과처분, 1995 사업연도 귀속 농어촌특별세 부과처분, 1995 사업연도 내지 1999 사업연도 귀속 소득세(원천징수분) 부과처분 및 1995 사업연도 1기분 내지 1999 사업연도 2기분 부가가치세 부과처분의 각 취소 청구를 하였는데, 제1심 법원은 그 중 1996 사업연도 법인세 부과처분 중 25,716,991,021원, 1997 사업연도 법인세 부과처분 중 30,519,804,714원의 각 부과처분의 취소청구를 인용하고, 나머지 부분에 대하여는 원고의 소를 각하(1998 사업연도 법인세 부과처분 중 377,820,960원을 초과하는 세액에 관한 취소 청구 부분)하거나 원고의 청구를 기각(위에서 인용되거나, 각하된 부분을 제외한 나머지 부분)하였다. 이에 대하여 피고가 1996 사업연도 및 1997 사업연도 법인세 부과처분 중 각 취소청구가 인용된 부분에 대하여만 항소하였고, 원고는 1996 사업연도 법인세 부과처분 중 취소 청구가 기각된 부분 중 일부에 대하여 부대항소를 하였으므로, 이 법원 심판대상은 위 1996 및 1997 사업연도 귀속법인세 부과처분 취소청구 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1 내지 19, 42, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1 내지 6, 갑 제15호증, 갑 제20호증, 갑 제21, 22호증의 각 1 내지 5, 갑 제23, 24호증의 각 1, 2, 을 제9호증, 을 제10, 11호증의 각 1 내지 5, 을 제13호증의 1 내지 6, 을 제31호증의 1 내지 9, 을 제32, 33호증, 을 제49호증의 1 내지 5, 을 제50호증의 1 내지 10, 을 제51, 52호증의 각 1 내지 4, 을 제53호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 지위

파산자 ○○건설산업 주식회사(이하 ‘○○건설’이라 한다)는 토목, 건축 공사 등을 목적으로 1971. 8. 25. 설립되어 목적 사업을 영위하던 중 2001. 5. 11. 서울지방법원으로부터 파산을 선고받았고, 원고는 ○○건설의 파산관재인이던 안○태의 뒤를 이어 이 사건 소송계속 중인 2005. 8. 31. 위 법원으로부터 파산관재인으로 선임되었는데, 당심 소송 계속 중이던 2007. 1. 9. 서울중앙지방법원에서 ○○건설에 대하여 회생절차개시 결정이 내려지고, 원고가 ○○건설의 관리인으로 선임되었다.

나. ○○건설에 대한 정기 세무조사 등

서울지방국세청장은 2000년 4월경 ○○건설에 대한 정기 세무조사를 실시하여 ○○건설이 1995 사업연도부터 1998 사업연도까지의 법인세 신고시 결산한 항목 중 손금불산입되어야 함에도 손금산입되어 있는 항목이 있는 점, ○○건설의 유출된 기업자산중 특수관계자인 최○석과의 거래에 해당하여 부당행위계산부인 대상으로 보아야 할 부분이 있는 점 및 가공거래 부분을 매입세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 점 등을 적발하고 납부세액을 증액 경정하도록 같은 해 10월경 처분청인 관할 과세관청인 피고에게 이를 통보하였다.

또한, 서울지방국세청장은 피고의 ○○건설에 대한 법인세 부과부분에 대한 감사결과, ○○건설이 1980. 1. 14. 농수산부장관으로부터 공유수면매립허가를 받아 매립공사 후 1991. 2. 28.경 ○○건설 명의로 소유권보존등기를 마친 인천 ○○동, ○○동, ○○동 일대 1,297필지 12,620,847㎡(이하 ‘○○매립지’라 한다)에 관하여 농경지가 아닌 미완성 농지로서 비업무용 부동산에 해당하지 않는 것으로 구분하여 위 사업과 관련된 지급이자를 1996 사업연도 및 1997 사업연도 각 법인세 신고시 손금산입 신고한 잘못이 있음을 적발하였다.

다. 피고의 이 사건 법인세 부과처분

피고는 서울지방국세청장으로부터 그 세무조사 결과를 통보받은 것을 기초로 ○○건설의 각 해당 사업연도별 적발 항목들을 손금불산입하여 2000. 10. 6.(경정결의서에는 고지일이 ‘2000. 10. 5.’로 기재되어 있으나, 갑 제2호증의 1 내지 3 등 납세고지서에 기재된 바에 따르기로 하고, 이하 납세고지서가 따로 현출되지 아니한 각 부과처분은 경정결의서에 기재된 고지일을 각 처분일로 보기로 한다) ○○건설에게 별지 부과처분 목록 Ⅰ 중 ‘2000. 10. 6.자 증액 또는 감액결정’란 각 해당 세액 부분 기재와 같이 합계 12,943,221,740원의 법인세를 추가로 부과하였다가(이하 ‘2000. 10. 6.자 법인세 부과처분’이라 한다. 다만, 위 목록에서 보는 바와 같이 1997 사업연도분은 감액 결정되었고, 위 합계 금액은 위 감액결정된 금액을 반영한 금액이다), 서울지방국세청장의 감사결과에 따라 각 해당 사업연도별 ○○매립지 관련 지연이자를 손금불산입하여 2000. 11. 3. 위 목록 중 ‘2000. 11. 3.자 증액결정’란 각 해당 세액 부분 기재와 같이 합계 143,923,886,400원 상당을 추가로 부가하는 한편(이하 ‘2000. 11. 3.자 법인세 부과처분’이라 한다), 1997 사업연도 법인세에 관하여 2001. 3. 15. 4,377,070원, 같은 날 2,510,883원, 2002. 12. 20. 29,015,686원 및 2003. 2. 1. 22,559,728원 등 위 사업연도 법인세액을 4회에 걸쳐 추가로 증액결정하여 이를 부과하였다(이에 따라 1997 사업연도 법인세 부과처분은 위 2003. 2. 1.자 부과처분에 모두 흡수되었으나, 원고는 위 2003. 2. 1.자 부과처분 중 2000. 11. 3.자 부과처분 이후에 증가된 부분에 대하여는 따로 다투지 않는다).

그 후 피고는 아래 라.항 기재의 전심절차가 진행중인 2003. 3. 17. 위 목록 중 ‘2003. 3. 17.자 감액결정’란 각 해당 세액부분 기재와 같이 합계 7,647,477,200원 상당을 감액하였다(다만, 1998 사업연도에 대하여는 2000. 11. 3.자 증액경정이 있었고, 갑 제3호증 및 갑 제4호증의 5의 각 기재에서 보는 바와 같이, 아래의 2003. 1. 24. 국세심판원 결정 취지에 따라 2003. 3. 17. 위 사업연도 과세표준을 일부 감액하였으나, 이와 관련하여 2000. 10. 6.자 법인세 377,820,960원의 부과처분 세액을 따로 차감고지한 바가 없다).

{이하에서는 ① 1996 사업연도의 2000. 11. 3.자 법인세 부과처분 중 위와 같이 2003. 3. 17.자 감액경정에 따라 감액되고 남아 있는 부분, ② 1997 사업연도의 2003. 2. 1.자 부과처분(다만, 원고가 위 부과처분 중 취소를 구하여 다투고 있는 부분은 2000. 11. 3.자 부과처분에 흡수된 과세표준과 세액에 관한 부분이다)에 관한 것으로, 별지 부과처분 목록 Ⅰ중 ‘현존고지세액’란 기재 각 해당 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 해당 사업연도별로 특정이 필요하면 이를 부기하여 표시한다.)

라. 전심절차

○○건설은 피고의 이 사건 법인세 부과처분(○○매립지 관련 부분 제외)에 관하여 2000. 12. 30. 국세심판원에 심판을 청구하였으나, 국세심판원이 2003. 1. 24. 위 심판청구를 기각하자 같은 해 4. 24. 이 사건 소를 제기하였고, 이 사건 법인세 부과처분 중 ○○매립지 관련 부분 등(2000. 11. 3.자 증액결정으로 인하여 1997 사업연도 법인세 부과처분 부분도 주된 쟁점이나, 이 부분은 위 2000. 12. 20.자 심판청구 과정에서 이미 주장한 부분이다)에 관하여 2001. 2. 2. 국세심판을 청구하였다가 국세심판원이 2005. 8. 17. 위 심판청구를 기각하자 2000. 11. 3.자 증액경정 부분을 반영하여 청구 취지를 변경하였다.

3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 공사수입금액 등을 과다계상한 분식회계처리 부분

(1) 당사자들의 주장 및 관계법령

(가) 원고의 주장

1) ○○건설은 1996 사업연도의 경우 당진화력발전소 외 3개 공사장의 실제 수입금액보다 591억 원을 과다 계상하고, 1997 사업연도의 경우 당진화력발전소 외 7개 공사장의 실제 수입금액보다 800억 원을 과다 계상하였다. 그러나 위 금액은 실제 발생하지 않은 가공의 이익이므로 피고가 1996 사업연도 및 1997 사업연도의 익금에서 당연히 공제하여야 함에도 그리하지 아니한 것은 실질과세의 원칙에 반한다.

2) ○○건설은 1996 사업연도 법인세 신고시 수입금액 조정과정에서 공사수입금액 중 780억 원을 수입금액에서 덜 차감하였고, 1997 사업연도 법인세 신고시 수입금액 조정과정에서 공사수입금액 중 619억 5,000만 원을 수입금액에서 덜 차감하였으므로 이를 각 사업연도의 수입금액에서 추가로 차감하여야 한다.

(나) 피고의 주장

1) 피고는 ○○건설이 행한 법인세 신고행위를 기초로 관계법령에 따라 법인세를 부과하였는데, 그 후 ○○건설의 파산관재인인 원고가 ○○건설의 신고내용이 분식결산에 따라 조작된 것이라며 해당 법인세의 취소를 구하는 것은 납세자가 지켜야 할 신의ㆍ성실의무에 반하는 것이므로 원고의 이 사건 청구는 부당하다.

2) ○○건설의 분식회계사실이 인정된다고 하더라도, 공사수입을 과다계상한 분식금액에 관하여는 법인세법 소정의 수입금액 조정을 거쳐 세법상 분식회계금액을 산정한 후 정당세액을 산정하여야 한다.

3) 또한 ○○건설은 1996 사업연도 법인세 신고시 완성공사 수입금액을 14,057,000,000원 축소신고하였고, 1997 사업연도 법인세 신고시 완성공사 수입금액을 3,060,000,000원 축소신고하였으므로 이를 수입금액에 가산하여 세액을 산정하여야 한다.

(다) 관계법령

국세기본법 제14조 (실질과세)

국세기본법 제15조 (신의ㆍ성실)

법인세법 제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)

법인세법 시행령 제36조 (손익의 귀속사업연도)

(2) 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제16호증의 1 내지 5, 갑 제17호증, 갑 제21, 22호증의 각 1 내지 5, 갑 제23, 24호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 을 제1호증의 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

(가) ○○건설이 피고에게 1996 사업연도 및 1997 사업연도의 법인세를 신고, 납부함에 있어 다음과 같이 진행 중의 장기건설공사에 관한 익금을 과다 계상하였다.

1) 1996 사업연도의 경우 다음과 같은 공사현장 관련 공사수입금액이 합계 104,891,700,000원 상당임에도 수도권 매립지 공사와 관련하여 7,000,000,000원 상당, 당진 화력발전소 공사와 관련하여 27,100,000,000원 상당, 광양 항만 공사와 관련하여 5,000,000,000원 상당, 울진 원자력발전소 공사와 관련하여 20,000,000,000원 상당을 각 과다계상하여 공사수입금액이 합계 163,991,700,000원 상당인 것으로 결산서에 기재하는 등 합계 59,100,000,000원(163,991,700,000원 - 104,891,700,000원) 상당을 과다계상한 재무제표를 작성하였다.

2) 1997 사업연도의 경우 다음과 같은 공사현장 관련 공사수입금액이 합계 191,456,410,810원임에도 수도권 매립지 공사와 관련하여 10,000,000,000원 상당, 당진화력발전소 공사와 관련하여 20,000,000,000원 상당, 광양 항만 공사와 관련하여 15,000,000,000원 상당, 울진 원자력발전소 공사와 관련하여 5,000,000,000원 상당, 인천 ○○동 공사와 관련하여 7,000,000,000원 상당, 신공항고속도로 공사와 관련하여 10,000,000,000원 상당, 신도림 재건축 공사와 관련하여 3,000,000,000원 상당, 안산 재건축 공사와 관련하여 10,000,000,000원 상당을 각 과다계상하여 공사수입금액이 합계 271,456,410,810원 상당인 것으로 결산서에 기재하는 등 합계 80,000,000,000원(271,456,410,810원 - 191,456,410,810원)을 과다계상한 재무제표를 작성하였다.

(나) ○○건설 회장이던 최○석 등 위 분식회계 관련자들은, 위와 같이 허위의 재무제표를 작성ㆍ공시하여 주식회사의 외부감사에 관한 법률(이하 ‘외감법’이라 한다)을 위반하고, 분식회계를 통하여 작성된 재무제표를 외부에 공시하여 이를 정당한 것으로 믿은 금융기관으로부터 대출을 받거나 ○○건설 발행의 회사채에 지급보증을 하게 하는 방법 등으로 금원을 편취하거나 재산상 이익을 취득하였다는 등의 범죄사실로 기소되어, 위 외감법 위반 부분에 대하여 위 제1심 및 제2심에서 유죄판결을 받았다가, 대법원의 판기환송 취지에 따라 서울고등법원 2004노1674, 3123(병합) 사건에서 2005. 7. 15. 공소시효 완성을 이유로 면소판결을 받는 한편, 다른 일부 범죄사실에 대하여 무죄판결을 받고 최○석 등 피고인 및 검사가 대법원 2005도5668호로 각 상고하였다.

(다) ○○건설은 1996 사업연도 및 1997 사업연도의 법인세를 신고, 납부함에 있어 수입금액조정명세서상의 차감액을 다음과 같이 실제보다 적은 금액을 계상하였다.

1) 1996 사업연도의 경우 국내공사 및 해외공사 수입금액을 조정ㆍ계산하는 과정에서 작업진행률에 의하여 계산한 기성고와 당기회사 수입계상액과의 차액이 국내공사 63,583,933,685원, 해외공사 49,670,833,632원 등 합계 113,254,767,317원(위에서 본 분식금액을 포함한 금액이다)임에도 수입금액 조정계산시 결산서상 수입금에서 35,254,767,317원(실제 차감해야할 금액에서 국내공사 중 480억 원, 해외공사 중 300억 원이 각 차감된 금액으로 보인다)만을 차감하였다.

2) 1997 사업연도의 경우 국내공사 및 해외공사 수입금액을 조정ㆍ계산하는 과정에서 작업진행률에 의하여 계산한 기성고와 당기회사 수입계상액과의 차액이 국내공사 84,449,698,813원, 해외공사 67,110,016,556원 등 합계 151,559,713,369원(위에서 본 분식금액을 포함한 금액이다)임에도 수입금액 조정계산시 결산서상 수입금액에서 89,609,713,369원(실제 차감해야할 금액에서 국내공사 중 419억 5,000만 원, 해외공사 중 200억 원이 각 차감된 금액으로 보인다)만을 차감하였다. 한편, 이때 1996 사업연도에 익금불산입되었다가 1997 사업연도에 익금산입되어야 할 금액이 실제로는 4,483,933,683원임에도 위에서 본 바와 같이 1996 사업연도에 분식회계에 따라 익금불산입된 금액이 15,583,933,685원으로 과다계상됨에 따라 1997 사업연도의 익금산입 금애도 111억 원(15,583,933,685원 - 4,483,933,683원) 과다하게 산입되었다.

(라) ○○건설은 또 피고에게 1996 사업연도 및 1997 사업연도의 법인세를 신고, 납부함에 있어 당해 연도 완성공사에 관한 수입금액 중 1996 사업연도에 14,046,683,803원, 1997 사업연도에 3,0606,244,413원을 각 누락하였다.

(3) 판단

(가) 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준을 하여야 할 것인바(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결 등), 위 인정사실에 의하면 이 사건 법인세 부과처분 중 1996 사업연도 및 1997 사업연도에 관한 부분은 원고의 법인장부상 과다계상된 공사수입금액을 기초로 이를 익금에 가산하여 산출한 것이므로 결국 위법을 면치 못한다고 할 것이다.

(나) 신의성실의 원칙 적용 여부

이에 대하여 피고는, 원고가 ○○건설의 분식회계에 따른 과세에 대하여 취소를 구하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다고 주장하므로 살피건대, 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세소송 절차법과 관련한 적용 및 실체법과 관련한 적용으로 나누어 볼 수 있고, 조세소송의 절차법과 관련한 적용은 민사소송에서의 그것과 특별히 구분된다 할 수 없을 것이지만, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련한 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이다. 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실ㆍ기장불성실ㆍ자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의 성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다고 할 것이다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 등).

앞서 본 사실관계 등에 의하면, ○○건설이 공사수입금액을 가공계상하는 분식회계의 방법으로 회계장부를 조작하고, 그 조작된 장부를 가지고 산정한 당해 과세연도의 법인세를 과세관청에게 신고, 납부한 후 스스로 장부가 조작되었음을 주장하며 조작된 부분을 익금불산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다면서 원고의 이 사건 소를 통하여 해당 과세부분의 취소를 구하고 있음을 알 수 있고, 이는 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나, 반면 분식회계 등 회계장부 조작행윙에 대하여는 별도로 외감법 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있는 점, 분식회계된 장부를 기초로 법인세를 신고, 납부한 경우 신고불성실이나 기장불성실에 따른 가산세의 제재 등 세법상 불이익 처분이 따르게 되는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 과세관청인 피고는 납세의무자인 ○○건설에 비하여 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점 및 여기에 법인세법이 2003. 12. 30. 개정되면서(법률 제7005호) 제66조 제2항에 분식회계처리된 장부를 기초로 과세표준과 세액을 과다 계상하여 법인세를 신고, 납부한 법인이 일정한 요건하에 국세기본법 관련규정에 따라 경정청구를 하면 과세관청은 해당 과세연도의 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 규정을 신설하였는데, 위와 같은 경정규정이 진작 마련되어 있었다면 원고로서는 위와 같은 경정청구의 방법에 의하여 분식회계에 기초한 과세표준과 세액을 바로잡을 가능성이 있었던 점 등을 종합하면, 과거의 연도에 반하는 원고의 이 사건 청구가 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기는 어렵다.

따라서, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(다) 세법상 분식회계금액의 산정

한편 ○○건서링 회계상 분식신고한 수입금액은 장기공사수입금액으로서 정당세액을 산정하기 위하여는 이에 관한 세법상 분식금액을 산정하여야 할 것인바, ○○건설이 수입금액 조정과정에서 차감하지 아니한 1996 사업연도 공사수입금액 780억원, 1997 사업연도 공사수입금액 중 619억 5,000만 원은 수입금액 조정액 적용시 오류로 인하여 누락된 금액으로서 정당세액을 계산하기 위하여는 오류로 적용된 조정액이 아닌 정당한 조정액을 적용함이 정당하다고 할 것이므로 이 부분 금액까지도 함께 차감하여 세법상 분식금액을 계산하면 아래와 같이 1996 사업연도의 세법상 분식금액은 780억 원, 1997 사업연도의 세법상 분식금액은 73,050,000,000원이 된다.

1) 제무제표상 정당한 공사수입금액

① 1996 사업연도

제무제표상 공사수입 1,726,727,538,305원 - 분식회계금액 591억 원 = 1,667,627,538,305원

② 1997 사업연도

제무제표상 공사수입 2,297,645,555,493원 - 분식회계금액 800억 원 = 2,217,645,555,493원

2) 정당한 세무조정금액

정당한 세무조정금액은 ○○건설이 당초 법인세 신고시 제출한 ‘현장별 공사수입금액 조정계산서’상 조정액에서 제무제표상 분식금액을 제외하여 산출한다.

① 1996 사업연도

‘현장별 공사수입금액 조정계산서’상 조정액 113,254,767,317원 - 591억원 = 54,154,767,317원

② 1997 사업연도

‘현장별 공사수입금액 조정계산서’상 조정액 151,559,713,369원 - 800억원 = 71,559,713,369원

3) 세법상 정당한 공사수입금액

① 1996 사업연도

제무제표상 공사수입 1,667,627,538,305원 + 익금산입 13,801,307,281원 - 익금불산입 54,154,767,317원 = 1,627,274,078,269원

② 1997 사업연도

제무제표상 공사수입 2,217,645,555,493원 + 익금산입 4,483,933,685원 - 익금불산입 71,559,713,369원 = 2,150,569,775,809원

4) 세법상 분식회계금액

① 1996 사업연도

당초 신고한 공사수입금액 1,705,274,078,269원 - 세법상 정당한 공사수입금액 1,627,274,078,269원 = 780억 원

② 1997 사업연도

당초 신고한 공사수입금액 2,223,619,775,809원 - 세법상 정당한 공사수입금액 2,150,569,775,809원 = 73,050,000,000원

(라) 축소신고된 완성공사 수입금액의 가산

○○건설이 1996 사업연도 법인세 신고시 완성공사 수입금액 14,047,000,000원을 축소신고하였고, 1997 사업연도 법인세 신고시 완성공사 수입금액 3,060,000,000원을 축소신고한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로 정당세액 계산시 위 축소신고된 금액들은 ○○건설의 공사수입금액에 각 가산되어야 할 것이다.

(마) 따라서, 1996 사업연도 및 1997 사업연도의 부과처분에 관한 정당한 세액을 산출함에 있어 해당 각 과세표준에서 위와 같이 분식회계로 인하여 과다계상된 익금 1996 사업연도 780억 원, 1997 사업연도 73,050,000,000원은 이를 차감하여야 할 것이고, 축소신고된 완성공사수입금액 1996 사업연도 14,047,000,000원, 1997 사업연도 3,060,000,000원은 이를 가산하여야 할 것이다.

나. 해외 파견직원 인건비의 손금불산입 부분, 내지 자. 리비아 벵가지 건물 관련 지급이자 손금불산입 부분

이 판결 중 이 부분에서 설시할 이유는 제1심 판결 중 13쪽 아래에서 2행부터 37쪽 11행까지의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

차. 정당한 세액

앞서 본 바와 같이 1997 사업연도 및 1998 사업연도의 각 법인세 부과처분 과세표준에서 ○○건설의 분식회계에 따라 익금산입된 부분을 차감하고, 축소신고된 완성공사 수입금액을 가산하여 원고가 부담할 해당 과세연도의 정당한 과세표준과 세액을 다시 계산하면 별지 각 ‘세액 계산표(1996 사업연도 및 1997 사업연도)’에 기재된 바와 같이 1996 사업연도 법인세액은 51,216,046,720원, 1997 사업연도 법인세액은 23,550,999,477원이 된다(통상 납세의무자가 증액경정처분의 취소를 구하는 경우 추가로 증액된 세액의 취소만을 구하므로 정당한 세액 산출시 증액경정 전에 납부된 세액을 공제하나, 이 사건에서 원고는 별지 부과처분 목록 Ⅰ에서 보는 바와 같이 기신고ㆍ납부세액을 포함하여 이 부분 법인세 부과처분에 흡수된 과세표준에 따른 세액 전체의 취소를 구하므로 산출세액에서 기신고ㆍ납부세액을 따로 공제하지 아니한다).

따라서 이 사건 법인세 부과처분금액 중 위 정당세액을 초과하는 금액인 1996 사업연도 법인세 중 28,538,316,006원(현존 고지세액 79,754,362,726원 - 정당세액 51,216,046,720원), 1997 사업연도 법인세 중 27,784,527,768원(현존 고지세액 51,335,527,245원 - 정당세액 23,550,999,478원)의 부과처분은 각 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 주문 기재와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.