인천지방법원-2007-구단-1436 (2008.07.04)

주 문

원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2005. 1. 10. 원고에 대하여 한 2002년도 귀속 양도소득세 176,359,760원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 ○○세미테크 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 대표이사 겸 주주로서, 소외 회사가 발행한 주식(이하 ‘소외 회사 주식’이라 한다)을 1주당 취득가액 5,000원에 24,200주, 무상증자에 의하여 138,200주 합계 162,400주(= 24,200주 + 138,200주)를 소유하고 있다가, 2002. 3. 9. 및 2002. 3. 11. 주식회사 경○○○(이하 ‘경○○○’이라 한다)과 주식회사 이○○○(이하 ‘이○○○’이라 한다)로부터 1주당 취득가액 10,000원에 197,000주를 양수하여 합계 359,400주(=162,400주 + 197,000주)의 소외 회사 주식을 보유하게 되었다.

나. 원고는 자신이 보유한 359,400주 가운데 197,000주를 2002.3.11.부터 2002. 3. 22.까지 사이에 ○○벤처제6호투자조합(이하 ‘○○벤처조합’이라 한다) 등 5인에게 1주당 10,000원에서 16,560원의 가격에 양도하고, ○○벤처조합에 1주당 10,000원에 양도한 주식 중 30,000주를 2002. 3. 21. 1주당 같은 가격으로 재매수하여 그 무렵 소외 회사의 직원 20인에게 1주당 같은 가격에 매도하였다.

다. 원고는 2002 .5. 31. 및 2003. 5. 31. 자신이 양도한 소외 회사 주식은 경○○○ 및 이○○○로부터 양수한 주식을 특정하여 매도한 것이라는 이유로 ○○벤처조합 등에게 양도한 주식의 양도가액에서 경○○○ 및 이○○○로부터 양수한 주식의 취득가액을 공제하여 양도차익을 산출한 다음 그 양도차익에 대한 양도소득세 60,165,000원을 2002년 귀속 양도소득세로 신고, 납부하였다.

라. 그러나 국세청장은 2002. 7.경 ○○세무서에 대하여 정기 종합감사를 실시하면서 원고가 한 양도소득세 신고에 대하여, 소외 회사 주식은 비상장주식으로 주권이 발행되지 아니하였으므로, ‘양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다’는 소득세법 시행령 제162조 제5항의 규정에 의하여 위 양도주식 225,000주 중 218,100주(1주당 취득가액과 1주당 양도가액이 각 10,000원으로 동일한 주식 6,900주를 제외한 것이다)의 취득가액을 678,000,000원으로 하여 과세하라는 감사 지적을 하였고, 이에 피고는 2005. 1. 10. 원고에 대하여 2002년 귀속 양도소득세 176,359,760원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실. 갑 2호증의 2, 을 1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 원고는 경○○○과 이○○○로부터 소외 회사 주식 197,000주를 양수받기 전에 소외 회사 주식 162,400주를 보유하고 있었는데, 위 162,000주의 주식은 소외 회사에 출자한 ○○기술투자 주식회사 등 벤처투자업체로부터 투자를 받을 때 투자 회사의 사전 서면 동의 없이 소외 회사 주식의 전부 또는 일부를 상호 또는 제3자에게 양도, 이전 매각 또는 기타의 처분을 할 수 없고, 이를 위반하였을 경우 위 투자회사에게 손해배상을 하여야 한다는 특약에 따라 양도가 제한된 주식이다.

(2) 위와 같은 이유로 원고는 경○○○과 이○○○로부터 소외 회사 주식을 매수한 뒤, 당초 원고가 보유하고 있던 162,400주가 아니라 경○○○과 이○○○로부터 양수받은 주식을 특정하여 ○○벤처조합 등 5인에게 양도한다는 특약을 두었고, 실제로 경○○○과 이○○○로부터 양수받은 주식 197,000주가 ○○벤처조합 등 5인에게 양도되었으며, 그 후 ○○벤처조합에게 양도한 주식 가운데 30,000주를 재매입특약에 따라 다시 양수한 다음 위 주식도 ‘○○벤처조합으로부터 양수한 주식’ 중에서 양도하는 것으로 특정하여 소외 회사의 직원 20명에게 양도하였다.

(3) 그렇다면 원고가 소외 회사 주식을 ○○벤처조합 등에게 양도할 당시 소외 회사 주식에 대한 주권이 발행되지 않은 상태였다 하더라도 원고가 ○○벤처조합 등에게 양도한 주식의 취득시기가 불분명하다고 볼 수 없으므로, 원고가 2002년에 양도한 소외 회사 주식의 취득시기가 불분명하다로 이유로 이른바 ‘선입선출법’에 의하여 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 1. 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 각 사실은 갑 3내지 33호증, 36내지 47호증(가지번호 포함함)의 각 기재와 증인 유○○의 증언에 별론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 을 2호증의 기재만으로는 위 인정사실을 뒤집기 부족하여 달리 반증 없다.

(1) 원고는 반도체기술 전문가로 2000. 2. 25. 반도체산업의 신소재인 ○○반도체웨이퍼(○○ Wafer)의 제조를 주된 사업목적으로 하는 소외 회사를 설립하였고, 그 무렵 소외 회사가 ○○기술투자 주식회사 등 벤처투자업체들로부터 투자를 받을 때 이해관계인인 원고는 자신이 소유하고 있는 주식에 관하여 ‘투자 회사의 사전 서면 동의 없이 소외 회사 주식의 전부 또는 일부를 상호 또는 제3자에게 양도, 이전, 매각 또는 기타의 처분을 할 수 없고, 이를 이행하지 않았을 때에 투자회사는 손해배상으로 주식매수청구권과 투자원금 및 이에 대한 연 13%의 손해배상청구권이 있다’는 내용의 특약을 하였는데, 2002. 1. 1. 현재 소외 회사 주식(비상장주식으로 주권이 발행되지 않은 상태였다)을 소유한 현황 등을 다음과 같다.

주주명

액면가액

소유주식수

지분율(%)

원고

5,000

162,400

26.54

경○○○

5,000

141,400

23.11

이○○○

5,000

60,600

9.9

○○벤처

5,000

24,000

3.92

○○기술투자

5,000

20,000

3.27

○○창업투자

5,000

13,300

2.17

○○영상

IT벤처0호투자조합

5,000

13,300

2.17

소액주주(00명)

5,000

176,950

28.92

합계

100

(2) 경○○○과 그 계열사인 이○○○은 2002. 2.경 자금사정상 자신들이 보유한 주식 197,000주(경○○○이 보유한 141,400주 중 136,400주, 이○○○이 보유한 60,600주를 합한 것이다)를 원고에게 양도하겠다고 하였는데, 원고는 위 197,000주가 제3자에게 양도되면 소외 회사의 경영권 확보에 많은 지장이 있다는 판단 하에, 일단 위 197,000주를 차입금 등으로 매수한 후 소외 회사에게 우호적인 투자자가 나타나면 이를 양도하기로 하고, ① 2002. 3. 9. 이○○○로부터 1주당 10,000원에 60,600주를 양수하고, ②2002. 3. 11. 경○○○으로부터 1주당 10,000원에 136,400주를 양수하였으며, 이로써 원고가 보유한 소외 회사 주식의 수는 합계 359,400주(= 162,400주 + 60,600주 + 136,400주)가 되었다.

(3) 원고는 2002. 3. 9.에서 2002. 3. 22.까지 사이에 ○○벤처조합 등 5명에게 다음 표 기재와 같은 내용으로 각 주식매매계약을 체결하였는데, 매매대상주식을 ‘본 계약 당사자가 매매할 주식은 1주당 액면가액 5,000원의 소외 회사 주식 중 경○○○ 또는 이○○○(다음 표 순번 제2항의 김○○에게 양도한 주식 가운데 60,600주의 경우에만 이○○○로부터 매수한 주식이라고 기재하고, 나머지 주식은 모두 경○○○으로부터 매수한 주식이라고 기재함)로부터 매수한 매도자 소유 기명식 보통주식 ○○○주로 한다’라고 명시하고(제2조), ‘매도자(원고)는 상기 양도주식을 계약일 현재 적법하게 소유하고 있으며 제3자에게 담보 혹은 이와 유사한 형태로 제공되지 않았으며, 매도자가 적법하게 주식의 소유에 대한 모든 권리를 행사함에 지장이 없음을 진술하고 보장 한다’라고 약정하였다(제7조).

순번

양도자

계약일

주식수

주당가액

양도가액

1

○○벤처조합

2002.3.9.

50,000

10,000

5억원

2

김○○

2002.3.11.

100,000

(경○○○으로부터 39,400주, 이○○○로부터 60,6000주)

16,650

16억 6,500만원

3

○○벤처투자주식회사

2002.3.20.

30,000

10,200

3억 600만원

4

박○○

2002.3.20.

15,000

10,000

1억 5,000만원

5

노○○

2002.3.22.

2,000

10,000

2,000만원

합계

197,700

26억 4,100만원

(4) 원고는 2002. 3. 9. ○○벤처조합과 사이에 위 표 순번 제1항 기재와 같은 약정을 할 때 특약으로 ‘2001년 (당기순이익-개발비)가 5억원에 미달하는 경우 2002. 12. 30. 까지 30,000주를 양도자가 재매입한다’고 약정하였는데, 2001년도 결산 결과 소외회사의 당기순이익에서 무형고정자산 개발비를 차감한 금액이 5억 원에 미달하자, 원고는 2002. 3 .21. ○○벤처조합으로부터 소외 회사 주식 30,000주를 1주당 10,000원에 재매입하여 그 다음날인 2002. 3. 22.경 소외 회사의 직원인 강○○ 등 20명에게 1주당 10,000원씩 28,000주를 양도하였는데, 원고가 2002년 위와 같이 소외 회사 주식을 취득한 내용과 양도한 내역을 정리하면, 별지 2. 주식취득 및 양도내역표 기재와 같다.

라. 판단

원고가 ○○벤처조합 등 5명에게 주식양도를 할 때 원고가 경○○○ 및 이○○○로부터 양수받은 주식을 양도하는 것으로 특정한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 주식은 주식회사의 자본을 구성하는 단위이고, 이권을 증권의 형식으로 구체화한 것이 주권이라 할 것인데, 소외 회사 주식은 비상장주식으로서 주권이 발행되지 않는 상태였기 때문에 원고는 주권의 교부 없이 지명채권양도의 일반원칙에 따라 당사자의 의사표시에 의하여 소외 회사 주식을 양도할 수밖에 없었던 점, 그런데 소외 회사 주식이 비상장주식으로서 주권이 발행되지 않은 이상 원고가 경○○○ 및 이○○○로부터 소외 회사주식을 양수받았을 때 경○○○ 및 이○○○로부터 양수받은 주식은 당초 원고가 보유하고 있던 주식과 혼입될 수밖에 없다고 보이고, 위와 같이 혼입된 이상 원고가 ○○벤처조합 등 5명에게 소외 회사 주식을 양도할 때 경○○○ 및 이○○○로부터 양수받은 주식을 특정하여 양도하는 것으로 약정하였다고 하더라도 이는 관념적인 것에 불과하고 기술적으로는 원고가 소유하는 주식에서 경○○○ 및 이○○○로부터 양수받은 주식을 특정하여 양도할 수 없다고 보이는 점, 원고가 ○○기술투자 주식회사 등 벤처투자업체들과 사이에 원고가 당초 보유하고 있는 162,400주를 양도할 수 없다는 내용의 양도제한약정을 하였기 때문에 기존에 원고가 소유한 주식이 아니라 경○○○ 및 이○○○로부터 양수한 주식을 특정하여 ○○벤처조합 등에게 양도할 수밖에 없었으므로 위와 같은 약정을 존중하여 과세하여야 한다고 주장하나, 원고가 ○○기술투자 주식회사 등 벤처투자업체들과 약정한 취지는 원고가 기존에 소유하고 있는 소외 회사 주식 162,400주를 사전 허락 등 없이 처분하여 경영권에 불안정이 생기지 않도록 하기 위한 것으로 원고로 하여금 특정 주식을 계속 보유하도록 하려는 취지가 아니라 원고로 하여금 기존에 소유하고 있는 소외 회사 주식의 수를 계속 유지하도록 하여 26.54% 이상의 지분율로 소외 회사에 대한 경영권에 아무런 이상이 없도록 하려는 취지에서 나온 것으로 보이기 때문에 굳이 원고가 경○○○ 및 이○○○로부터 양수받은 주식을 ○○벤처조합 등에게 양도하는 것으로 하여야 할 필요성은 없는 것으로 보이고, 주권이 발행되지 아니한 이상 이미 원고가 당초 보유하고 있던 소외 회사 주식 162,400주에 혼입되어 버린 경○○○ 및 이○○○의 주식을 특정할 방법도 없는 것으로 보이는 점, 소득세법 시행령 제162조 제5항은 “양도한 자산이 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다”라고 규정하고 있는데, 양도한 주식이 당초 원고가 소유하고 있는 주식 가운데 어느 주식인지 기술적으로 특정할 수 없는 경우 역시 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우로 보이는 점, 주권이 발행되지 아니하여 특정을 할 수 없는 주식의 경우까지 납세자가 관념적으로 특정 하는 대로의 주식을 양도하는 것으로 보고 양도소득세를 부과하는 것은 과세소득의 산정을 납세자의 자의에 맡기는 것이 되어 공정, 타당하고 보이지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 원고가 양도한 소외 회사 주식에 대한 양도차익은 소득세법 시행령 제165조 제5항에 의하여 ‘선입선출법’에 의하여 산출하여야 할 것이고, 원고가 경○○○ 및 이○○○로부터 소외 회사 주식을 양수하여 바로 ○○벤처조합 등에게 양도하였다거나 원고가 경○○○ 및 이○○○로부터 소외 회사 주식을 양수한 목적이 당초부터 보유할 목적이 아니라 경영권 방어 차원에서 이루어진 것이라고 하여 이와 달리 볼 이유는 없다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 1.

관계법령

○ 구 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등

제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 제94조제1항제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

제98조 【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제89조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제39조제2항 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세․등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

○ 구 소득세법 시행령(2002.3.30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것)

제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 민법 제245조제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날

⑤제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

별지 2.

원고의 주식 취득 및 양도내역

취득내역

양도내역

양도자

취득일

주식수

단가

취득

가액

양수자

양도일

주식수

단가

양도

가액

기초

주식

2000

년도

24,200

5,000

121,000,

000

○○

벤처

조합

2002.

3.9.

50,000

10,000

500,000,

000

2000년도기말

무상증자

138,200

0

0

김○○

2002.

3.11.

100,000

16,650

1,665,

000,000

이○

○○

2002.

3.9.

60,600

(55,700)

10,000

606,000,000

(557,000,000)

○○

벤처

투자

주식회사

2002.

3.20.

30,000

10,200

306,000,000

경○

○○

2002.

3.11.

136,400

10,000

1,364,

000,000

박○○

2002.

3.20.

15,000

10,000

150,000,000

○○

벤처조합

2002.

3.21.

30,000

10,000

300,000,000

노○○

2002.

3.22.

2,000

10,000

20,000,000

강○○ 등 20명

2002.

3.22.

28,000

(23,100)

10,000

280,000,000

합계

225,000

(218,100)

2,391,

000,000

(678,000,000)

2,920,

000,000

(2,852,000,000)