서울행정법원-2007-구단-9634 (2008.08.11)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2006. 8. 3. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 736,463,240원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 별지 목록 기재 10필지의 토지(이하, ‘이 사건 토지’라고 한다) 중 제2 기재 토지는 1975. 5. 29. 1/4 지분은 1985. 4. 21. 각 상속으로 취득하였으며, 제1 기재 토지는 1983. 9. 15. 매매로 취득하였다.

나. 2002년 무렵부터 주식회사 ○○○피의 추천하에 이 사건 토지가 있는 고양시 ○○○구 ○○동 일대의 토지개발사업이 진행되었다. 원고는 2003. 1. 24. 주식회사 ○○○피 및 ○○건설 주식회사 사이에, 원고가 이 사건 토지를 ○○건설 주식회사에게 금 4,426,672,000원에 매매하기로 매매예약을 체결하고 사업의 원활한 추친을 위하여 원고가 이 사건 토지에 대하여 신탁회사 앞으로 처분신탁등기를 하기로 약정하였다. 그에 따라 원고는 2003. 3. 18. 대한○○신탁 주식회사와 사이에 이 사건 토지에 관한 부동산처분신탁계약 체결하고 2003. 3. 24. 대한○○신탁 주식회사에게 위 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다. 토지개발사업이 진행됨에 따라 원고는 ○○건설 주식회사와 사이에 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체겨하였고 2005. 11. 10.경 이 사건 토지의 매매대금 잔금을 지급받음으로써 매매대금 4,426,672,000원을 모두 지급받았다.

다. 한편, 이 사건 토지가 위치한 지역이 2004. 8. 25. 실지거래가액으로 양도소득세를 부과하는 지역으로 지정되었다. 원고는 2006. 1. 18.경 이 사건 토지 중 별지 목록 기재 제3, 4 토지가 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세가 면제됨을 전제로 잔금청산일인 2005. 11. 10.을 양도시기로 하고 양도가액을 실지거래가액으로 하여 산출한 양도소득세 304,318,040원을 신고, 납부하였다.

라. 피고는 이 사건 토지가 조세특례제한법상의 양도소득세가 감면되는 자경농지의 요건을 구비하지 못한 채 양도된 것으로 판단하여 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 납부불성실가산세 13,660,963원을 가산하여 2006. 8. 3. 원고에게 2005년도 귀속 양도소득세 736,463,240원을 증액경정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 6, 12 내지 17호증, 을 1, 2호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 토지는 중 7필지(별지 목록 기재 제3, 4, 5, 7, 8, 9, 10 토지)는 원고의 부친이 조상의 신위 7위의 분묘를 수호하기 위하여 1936. 9. 12. 취득한 농지로서 부친의 사망 당시인 1975. 5. 29. 이미 8년 이상 자경농지의 요건이 완성되었으므로 1998. 12. 28. 개정된 조세제한특례법의 적용이 배제되고 1993. 12. 31. 비과세규정 폐지전의 구 소득세법을 적용하여 8년 이상 경작한 농지로서 양도소득세를 감면하여야 한다. 그럼에도 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 토지의 양도일은 잔금청산일인 2005. 11. 10.이 아니라 신탁등기접수일인 2003. 3. 24.이다. 그러므로, 이 사건 토지는 실지거래가액에 양도소득세를 부과하는 지역으로 지정되기 전에 양도된 것이므로 기준시가에 의하여 양도소득세를 부과해야 한다. 따라서, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

소득세법 제88조 (양도의 정의)

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기)

소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)

구 소득세법 제5조 (비과세소득)

구 조세감면규제법 제55조 (자경농지에 대한 양도소득세등의 면제)

구 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세등의 면제)

조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

구 조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제)

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

(가) 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제5조 제6호 (라)목에서는 8년 이상 자경한 농지에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한다는 규정(이하, ‘자경농지 면세규정’이라고 한다)을 두고 있었는데 1993. 12. 31. 법률 제4661호로 소득세법이 개정되면서 위 규정을 폐지하고 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 구 조세감면규제법 제55조로 자경농지 면세규정을 신설하였다가 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 조세특례제한법 제69조로 자경농지 면세규정을 두고 1999년 1월1일부터 시행하고 그 시행일 이후의 양도하는 것부터 적용한다고 규정하였다. 한편 각 법에 따른 자경농지 면세규정의 구체적인 요건 및 내용은 조금씩 달랐다.

이와 같이 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 규정은 모두 실효된다. 한편 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 전문 개정된 법령의 경과규정을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 확정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없으므로, 이 사건 토지와 같이 전문 개정된 조세특례제한법이 1999. 1. 1. 이후에 양도된 농지에 관하여는 조세특례제한법을 적용하여야 하고 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제5조 제6호 (라)목의 규정을 적용할 수 없다.

(나) 한편, 1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정된 구 소득세법 부칙 제5조로 ‘이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 소득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다’고 규정하였다. 그러나, 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 토지는 2005. 11. 10. 양도되었고 이로써 양도소득세 과세요건이 충족되었으므로 이 사건 토지에 대한 양도소득세는 위 부칙 제5조의 ‘이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 소득세’로 볼 수 없다. 따라서, 위 부칙 제5조에 따라 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제5조 제6호 (라)목의 규정을 적용해야 한다고 볼 수도 없다.

(다) 그렇다면, 이 사건 토지의 양도에 대하여는 조세특례제한법 제69조 제1항에 따라 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지’에 해당되어야 양도소득세가 감면되는데 거주자가 8년 이상 ‘직접’ 경작한 경우에 해당한다고 볼 증거가 없으므로 위 규정에 따라 양도소득세를 감면할 수 없다. 다라서, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 대하여

소득세법상의 ‘양도’는 ‘자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’을 의미한다(소득세법 제88조 제1항). 원고가 2003. 3. 18. 대한○○신탁 주식회사와 이 사건 토지에 관한 부동산처분신탁계약 체결하고 2003. 3. 24. 대한○○신탁 주식회사에게 위 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었는바, 원고가 대한○○신탁 주식회사로부터 위 소유권이전등기와 관련하여 받은 대가가 없다는 점, 신탁에 따른 소유권이전등기를 받은 대한○○신탁 주식회사는 신탁의 목적 범위 내에서 이 사건 부동산을 관리, 처분할 의무를 부담할 뿐이며 이 사건 토지에 대한 처분권한이 이전된 것으로 볼 수 없는 점, 원고에게 이 사건 토지의 매매대금을 지급한 ○○건설 주식회사가 소유권이전등기를 할 것이라는 점 등을 종합하면, 위 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐준 것은 소득세법상의 ‘양도’에 해당한다고 볼 수 없고 따라서 그 소유권이전등기를 마친 날을 양도일로 볼 수 없다. 이 사건 토지의 양도일은 이 사건 토지의 잔금 청산일인 2005. 11. 10.이라고 해야 한다. 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 이 사건 토지가 조세특례제한법상의 양도소득세가 감면되는 자경농지의 요건을 구비하지 못한 채 양도된 것으로 보고 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 양도일을 2005. 11. 10.로 보고 한 피고의 이 사건 처분은 적법하며, 이와 달리 판단할 근거를 찾을 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.