서울행정법원-2008-구단-14695 (2009.04.09)

주 문

1. 피고가 2007. 8. 27.자로 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 비거주자로서 1986. 6. 27. 서울 ○○구 ○○동 ○○○-1외 2필지 소재 ○동 아파트 5동 203호(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007. 4. 16. 김○리에게 850.000.000원에 양도하였다.

나. 원고는 2007. 3. 12. 이 사건 부동산의 처분과 관련하여 양도차익을 778,281,804 원으로 계상하고 여기에 장기보유특별공제 30%를 적용하여 양도소득세 165,174,310원 을 산출하여 양도소득세예정신고를 하였다.

다. 원고는 위와 같이 양도소득세예정신고를 한 후 2007. 4. 5. 이 사건 부동산을 보유한 기간이 15년 이상에 해당하므로 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8541호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 제3호의 단서에 따라 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 양도소득세 37,824,490원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2007. 8. 27. 위 구 소득세법 단서 규정은 거주자인 경우에만 적용되는 것으로 비거주자인 원고에게는 적용되지 않는다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장과 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

원고는 구 소득세법시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제159조의2는 [법 제95조 제2항 제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 1세대 l주택"이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조· 제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.] 라고만 규정하고 있고‘1세대’에 관하여 명시적으로 정의하고 있지 않으므로 같은 법 시행령 제154조에서 말하는‘1세대’의 개념과 동일하게 볼 수 없고, 나아가 동일하게 보더라도 구 소득세법 제121조 제2항이 비거주자에 대하여 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있어 위 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서규정은 비거주자에게도 적용되므로 장기보유특별공제율은 45%가 적용되어야 함에도 피고가 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

이에 대하여, 피고는 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서는‘대통령령이 정하는 1 세대 1주택’의 경우 45%의 장기보유특별공제율을 적용한다고 규정하고 있고, 1세대는 구 소득세법시행령 제154조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이‘거주자 및 그 배우자 가 그들과 통일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하므로 비거주자에게는 장기보유특별공제율 45%가 적용되지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관련법령

소득세법 제89조 (비과세양도소득)

소득세법 제95조 (양도소득금액)

소득세법 제121조 (비거주자에 대한 과세방법)

소득세법 시행령 제154조 (1세대1주택의 범위)

소득세법 시행령 제159조의2 (15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택)

다. 판단

비거주자에 대한 양도소득세의 과세는 거주자와 달리 개별규정을 두지 않고 구 소득세법 제121조 제2항에서‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라는 일반 규정만을 두고 있는바, 이 사건의 쟁점은 결국‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라는 의미를 어떻게 이해하여 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서를 적용할 것인지에 있다 할 것이다.

살피건대 ① 구 소득세법 제3장은‘거주자’의 양도소득에 대한 납세의무를 규정하고 있으므로 구 소득세법 제89조, 제95조 제2항 제3호 단서 및 같은 법 시행령 제154조, 제159조의2에서 말하는‘1세대’는 당연히 거주자를 전제로 한 개념정의에 불과하다는 점, ② 장기보유특별공제란 부동산 양도의 경우 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도 하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 양도소득금액 을 계산할 때 양도차익의 일정부분을 공제하여 주는 제도로, 그 목적은 부동산의 건전 한 투자행태 내지 소유행태를 유도하고 또한 양도소득은 계속· 반복적으로 발생하는 사업소득과 달리 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 와서 실현된 것으로 서 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강하므로 물가상승분을 공제하여 주는데 있는 바,

그 제도의 취지나 성격면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없는 점, ③ 양도소득세의‘과세’란 그 취지상 특별한 사정이 없는 한 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준, 세액 등을 계산하여 양도소득세를 부과한 다는 넓은 의미로 이해하여야 한다는 점, ④ 중과세율을 규정하고 있는 구 소득세법 제104조 제l항 및 관련 시행령(같은 법 시행령 제167조의4 내지 6)도‘1세대’라는 용어를 사용하고 있음에도 불구하고 중과세율은 거주자는 물론 비거주자에게도 적용된다는 것이 일반적인 해석론이자 실무인 점(1세대를 거주자에 한정된 개념으로 본다면 비거주자의 경우에는 중과세율을 적용할 수 없다고 보는 것이 논리적이다. 그러나 그렇게 보면 부동산 투기수요를 억제한다는 목적에서 두게 된 중과세율이 비거주자에게 적용 되지 않게 되어 입법목적에 반한다), ⑤ 비과세나 감면 등과 달리 장기보유특별공제는 그 성격상 물가상승에 대한 공제의 의미가 강하므로 거주자나 비거주자를 특별히 차별하여 적용할 여지가 없는 점, ⑥ 구 소득세법 제89조와 구 소득세법시행령 제154조는 비과세되는 양도소득에 관한 규정이고 비과세는 기본적으로 과세소득이 아니라는 점에서 이는 거주자에 한정하여 적용하여야 할 필요성이 있지만, 일단 과세소득에 포함되는 소득에 대한 과세의 경우에 있어서는 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불라하게 차별하거나 우대하는 것을 허용하지 않는 조세평등주의 원칙상 거주자와 비거주자를 차별하여서는 아니 되는 점, ⑦ 장기보유특별공제를 규정한 구 소득세법 제95조 제2항 제1, 2호 및 제3호 본문은 거주자와 비거주자에게 모두 적용되는데, 3호 단서만 비거주자에게 적용되지 않는다는 합리적인 이유가 없는 점, ⑧ 구 소득세법 제95조 제 2항 제1, 2호 및 제3호 본문은 거주자에 대한 규정인데 이를 비거주자에게도 적용된다고 보는 이유는 구 소득세법 제121조 제2항을 근거로 위 규정의‘거주자’를 비거주자 로 대체하여 해석하기 때문인 점, ⑨ 양도소득에 대하여‘거주자와 동일한 방법으로 과세’한다는 의미는 양도소득세 계산구조에서 보면 거주자와 동일한 방법으로 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준, 세액 등을 계산하여야 한다는 것이므로 양도소득금액 을 계산함에 있어 공제되는 장기보유특별공제도 거주자와 동일하게 적용하여야 한다고 보아야 한다는 점 등에 비추어 보면, 비거주자에 대한 구 소득세법 제95조 제2항 제3 호 단서 및 시행령 제159조의2를 적용함에 있어 1세대는‘거주자’를‘비거주자’로 대체 하여‘비거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’라고 해석함에 상당하다.

요컨대, 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서가 규정하는 장기보유특별공제도 비거주자에게 적용된다고 보아야 할 것이다. 따라서 이와 달리 비거주자에게는 위 단서 규정이 적용되지 않는다고 보아 한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.