서울행정법원-2011-구합-27049 (2012.04.06)

사 건

2011구합27049 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 XX

피 고

종로세무서장

변 론 종 결

2012. 3. 23.

판 결 선 고

2012. 4. 6.

주 문

1. 이 사건 주위적 청구 중 ‘피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분에서 000원을 초과하는 부분’에 대한 소를 각하한다.

2. 원고의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

주위적 청구취지 • 피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다.

예비적 청구취지 • 피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2006사업연도 법인세 000원의 징수처분과 가산세 000원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 지방이전 세액감면의 적용

원고는 서울 종로구에서 귀금속 제조업 등을 영위하다가 2001. 7. 6 남원시로 본사와 공장을 이전하게 됨에 따라 구 조세특례제한법(2001. 1. 16 법률 제6312호로 개정 되기 전의 것, 이하 이 사건에 적용되는 조세특례제한법을 통틀어 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의 ‘수도권 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면(이하 ’지방이전 세액감면‘이라 한다)’ 규정을 적용하여 2001사업연도부터 2004사업연도까지 합계 000원의 법인세를 감면받았다.

나. 제1차 수정신고

원고는 2006. 4. 6. 본사를 다시 서울 종로구로 이전하게 되어, 구 조세특례제한법 제63조 제2항에 따라 2008. 10 경 2006사업연도 법인세과세표준신고의 수정신고(이하 ‘제1차 수정신고’라 한다)를 하면서 위 가항과 같이 감면받은 지방이전 세액감면액을 납부할 세액에 추가하는 한편, 구 조세특례제한법 제127조에 따라 중복적용이 배제되었던 2001사업연도부터 2004사업연도까지에 대한 구 조세특례제한법 제7조의 ‘중소기업에 대한 특별세액감면(이하 ’중소기업 세액감면‘이라 한다)’액을 차감한 후 이자상당액과 납부불성실 가산세를 더한 000원(= 지방이전 세액감면액 000원 - 중소기업 세액감면액 000원 + 이자상당액 000원 + 납부불성실 가산세 000원, 원 단위 버림, 이하 같다)을 추가로 신고 • 납부하였다.

다. 제2차 수정신고

1) 서울국세청장은 2010. 4. 13. 원고에게, 2001사업연도 및 2002사업연도의 경우 부과제척기간이 경과하여 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없으므로 제1차 수정신고 시 차감하였던 중소기업 세액감면액 중 2001,2002사업연도 해당액 및 이에 대한 이자상당액과 납부불성실 가산세 합계 000원을 추가하여 수정신고 • 납부하라는 내용의 ‘지방이전 세액감면 수정신고 안내’를 하면서, 통지내용에 이의가 있는 경우 해명자료를 제출하도록 하였다.

2) 원고는 이에 따라 2010. 4. 14 다시 2006사업연도 법인세과세표준신고의 수정신고(이하 ‘제2차 수정신고’라 한다)를 하면서, 2001, 2002사업연도의 중소기업 세액감면액에 그 이자상당액과 납부불성실 가산세를 더한 000원(= 2001, 2002사업연도 의 중소기업 세액감면액 000원 + 이자상당액 000원 + 납부불성실 가산세 000원)을 추가납부할 세액으로 신고하였으나 이를 납부하지는 않았다.

라. 이 사건 납부고지

피고는 2010. 6. 11. 원고에게 제2차 수정신고에 따른 법인세의 미납부액에 2010. 6. 11.까지의 납부불성설 가산세가 추가된 000원(= 2001, 2002사업연도의 중소기업 세액감면액 000원 + 이자상당액 000원 + 제2차 수정신고서상의 납부불성실 가산세 000원 + 제2차 수정신고일부터 납부고지일까지의 납부불성실 가산세 000원)을 2010. 6. 30.까지 납부하라는 내용의 납부고지를 하였다(이하 ‘이 사건 납부고지’라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 9. 8. 심판청구를 제기하였으나 2011. 5. 20. 기각되었고, 2011. 5. 25. 그 결정문을 송달받아 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구 중 000원 부분에 관한 소의 적법 여부에 관한 판단

직권으로 주위적 청구 중 000원 부분에 관한 소의 적법 여부에 관하여 본다.

가. 원고의 주장

수정신고는 과세관청이 과세표준과 세액을 경정하여 통지하기 전까지 할 경우에만 납세의무를 확정하는 효력이 있다. 그런데 이 사건 제2차 수정신고는 과세관청이 실질적으로 과세표준과 세액에 대한 경정을 마친 후 이를 통지하는 의미로 안내문을 보냄에 따라 어쩔 수 없이 이루어진 것이므로 신고납부방식의 조세에서 납세의무를 확정시키는 수정신고로서의 효력이 없다. 따라서 제2차 수정신고에 따른 세액을 납부하지 않았음을 이유로 한 이 사건 납부고지는 납세의무를 확정하는 실질적인 과세처분에 해당 한다. 그런데 이 사건 납부고지는 아래에서 보는 바와 같이 2001, 2002사업연도의 중소기업 세액감면을 적용하지 아니하여 부적법하므로, 피고에 의하여 최종적으로 결정된 2006사업 연도 법인세 000원(= 당초 신고시의 납부할 세액 000원 + 제1차 수정신고시 추가납부한 세액 000원 + 이 사건 납부고지액 000원) 중 제1차 수정신고에 따라 확정된 세액 000원(= 000원 + 000원) 을 초과한 000원 부분의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 신고납세 방식의 조세는 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서 이는 수정신고의 경우에도 마찬가지이고, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경쟁 없이 신고내용과 통일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 항고소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두880 판결 등 참조)

2) 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 본 바와 같이 서울국세청장이 원고에게 ‘수정신고 안내’를 하면서 통지내용에 이의가 있는 경우 해명자료를 제출하도록 고지한 점에 비추어 보면, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재만으로는 제2차 수정신고가 실질적으로 피고의 경정이 이루어진 상태에서 어쩔 수 없이 이루어진 것이라는 점을 인정하기에 부족 하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고가 제2차 수정신고를 함으로써 원고의 2006년도 법인세 추가납부의무가 확정되었으므로, 원고가 주위적 청구로 취소를 구하고 있는 이 사건 납부고지액 000원(= 제2차 수정신고에 따른 추가납부세액 000원 + 제2차 수정신고일부터 이 사건 납부고지일까지의 납부불성실 가산세 000원) 중 제2차 수정신고에 따른 추가납부세액 000원 부분은 위와 같이 확정된 법인세의 징수를 위한 정수처분에 해당될 뿐이어서 항고소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다. 그러므로 원고의 이 부분 청구는 존재하지 아니하는 처분을 대상으로 한 것이어서 부 적법하다.

3. 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 납부고지를 제2차 수정신고세액의 미납부에 따른 징수처분과 가산세의 부과처분이 합쳐진 것으로 본다 하더라도, 제2차 수정신고는 아래에서 보는 바와 같이 납세의무가 존재하지 아니함에도 불구하고 과세관청의 수정신고 안내에 따르지 않을 경우 업을 수 있는 불이익을 피하기 위하여 어쩔 수 없이 이루어진 것이므로 무효이다.

가) 원고는 2006년 본사를 다시 서울 종로구로 이전하게 되어 구 조세특례제한법 제63조 제2항에 따라 2006년 사업연도의 법인세에 2001사업연도부터 2004사업연도 까지의 지방이전 세액감면액을 추가하고 중복적용배제규정에 따라 동 기간 동안 적용 받지 못한 중소기업 세액감면을 적용하여 해당 세액을 차감하는 방법으로 2006사업연도 의 법인세에 관한 제1차 수정신고를 한 것인바, 제1차 수정신고에서 일부 세액감면액을 배제하여 다시 한 제2차 수정신고 및 그 미납부에 따른 이 사건 납부고지는 모두 2006사업연도 법인세액의 증감에 관한 것이므로 부과제척기간이 도과하지 아니하였다.

나) 만일 이를 쟁점이 된 감면대상 사업연도인 2001, 2002사업연도에 관한 문제로 본다 하더라도, 구 조세특례제한법 제63조 제2항은 지방이전 세액감면액의 추정사유가 발생하는 경우 그 사유가 발생한 연도의 법인세 과세표준 신고시 납부하도록 규정 하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 감면세액을 추정하는 경우 이를 정수할 수 있는 사유가 발생한 날로부터 제척기간을 기산하도록 하여 부과제척기간을 연장하고 있는 점을 고려하여 보면, 지방이전 세액감면을 받지 않았더라면 당연히 적용받을 수 있었던 같은 사업연도의 중소기업 세액감면에 관한 제척기간 역시 연장된다고 보아야한다.

다) 설령 2001, 2002사업연도의 법인세에 대한 부과제척기간이 도과하였다 하더라도, 부과제척기간은 과세관청이 국세를 부과할 수 있는 기간을 한정한 규정에 불과할 뿐 납세의무자에게 감면사유가 발생한 경우 그 적용까지 금지하려는 규정은 아니므로 부과제척기간의 도과를 이유로 중소기업 세액감면을 배제할 수 없다.

라) 따라서 2001, 2002사업연도의 지방이전 세액감면을 적용한 제1차 수정신고에 오류가 없음에도 불구하고, 이를 배제하여 다시 한 제2차 수정신고는 납세의무가 존재하지 아니함에도 추가납부할 세액을 신고한 것이어서 부적법하다.

2) 위와 같이 제2차 수정신고가 무효로 된 이상 무효인 수정신고의 하자가 후행 처분인 이 사건 납부고지에 승계되므로, 이 사건 납부고지에 포함된 정수처분 및 부과처분은 모두 부적법하여 취소를 면할 수 없다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 납부고지를 제2차 수정신고에 따른 정수처분과 납부불성실 가산세의 부과 • 징수처분으로 볼 경우, 위 각 처분의 고유한 하자를 인정할 증거가 없는 이 사건에 있어서 제2차 수정신고에 하자가 존재하고 그것이 중대하고 명백하여 제2차 수정신고가 무효라고 볼 수 있는 경우에만 그 후행처분인 이 사건 납부고지에 하자가 승계됨으로써 이를 취소할 수 있는 것이므로, 우선 2001, 2002사업연도의 중소기업 세액감면 적용을 배제한 제2차 수정신고에 어떠한 하자가 존재하는지에 관하여 본다.

가) 2001, 2002사업연도의 중소기업세액감면 적용 여부가 2006사업연도 법인세에 관한 것인지 여부

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 여부세액이 정당한 금액에 미치지 못할 경우 수정신고하여야 하고(국세기본법 제45조), 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 금액을 초과하는 경우에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있다(국세기본법 제45 조의2).

이 사건의 경우, 제1차 수정신고는 명칭 및 형식 여하에 불구하고 2001사업연도부터 2004사업연도까지 감면받은 지방이전 세액감면의 추정을 그 사유가 발생한 연도인 2006사업연도의 법인세 신고시 하지 옷한 것에 대한 수정신고의 성격과, 같은 기간에 대하여 중소기업 세액감면을 적용하여 감액경정결정을 하여 달라는 경정청구의 성격을 함께 갖고 있다 다만, 후자의 경우 이미 경정청구기한이 경과한 상태이므로 과세관청의 직권감액경정을 촉구하는 의미의 신청으로 보아야 할 것이다. 그런데 중소기업 세액감면의 경우 감면대상 사업연도 이후의 법인세 신고시 가감하여 신고할 수 있도록 하는 규정이 없으므로 감면대상 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구를 하는 방식으로 이루어져야 하나, 원고는 단순히 2006사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 수정신고하면서 추가 납부할 세액에서 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 중소기업 세액감면액을 차감하였다.

결국, 이 사건 납부고지는 제1차 수정신고에 포함된 2001, 2002사업연도에 대한 중소기업 세액감면의 배제와 관련하여 이루어진 것이므로, 이를 2006사업연도 법인세에 관한 것으로는 볼 수 없어 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 중소기업 세액감면에 관한 제척기간의 연장 가부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론 하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372판결 등 참조).

살피건대, 지방이전 세액감면을 받고 추정사유가 발생한 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도 과세표준신고시 감면받았던 세액에 이자상당 가산액을 더하여 납부하여야 하 고(구 조세특례제한법 제63조 제2항), 이때 그 사유가 발생한 날부터 추정세액의 부과 제척기간이 기산되는 것이나(국세기본법 시행령 제12조의2 제2항 제3호), 중소기업 세액감면의 경우 이러한 규정이 없으므로 감면을 받지 못한 자는 감면대상 사업연도의 경정청구기한 내라면 경정청구를 함으로써, 경정청구기한이 경과한 경우 부과제척기간 내라면 과세관청의 직권감액경정결정을 받음으로써 그 구제를 받을 수 있을 뿐이다

따라서 위에서 본 감면규정의 엄격해석에 비추어 볼 때, 지방이전 세액감면액을 추정할 경우 중소기업 세액감면의 제척기간도 함께 연장되어야 한다는 원고의 주장은 법률적 근거가 없는 것이어서 받아들일 수 없다

다) 부과제척기간 경과 후 감면 적용 가부

조세법규 엄격해석의 원칙은 앞서 본 바와 같고, 국세기본법 제26조의2 제2항에 비추어 볼 때 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서도 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙인바(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657판결 등 참조), 시혜적 조치인 감면의 적용에 관하여는 부과제척 기간의 도과 여부가 문제되지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

라) 소결

따라서 경정청구기한은 물론 제척기간도 경과하여 직권감액경정결정조차 할 수 없는 사업연도의 경우 중소기업 세액감면의 요건을 충족한다 하더라도 소급하여 이를 감면받을 수는 없는 것이므로, 제1차 수정신고 당시 이마 제척기간이 경과하였던 2001, 2002사업연도의 세액감면을 배제하는 내용의 제2차 수정신고를 두고 어떠한 하자가 있다고 볼 수는 없다.

2) 다음으로, 제2차 수정신고에 어떠한 하자가 존재한다고 가정하더라도 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것인지에 관하여 본다.

살피건대, 어떠한 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없는바, 이 사건의 경우 2008년에 이르러 2006 사업연도 법인세의 수정신고를 하면서 2001, 2002사업연도의 중소기업 세액감면 적용 여부를 둘러싸고 어떠한 하자가 있다 하더라도 이를 두고 객관적으로 명백하다고 할 수는 없으므로, 이러한 면에서도 제2차 수정신고가 무효라는 주장은 받아들일 수 없다.

3) 따라서 제2차 수정신고에는 위법한 하자가 존재하지 아니하고, 하자가 존재한다 하더라도 명백하지 아니하여 제2차 수정신고를 무효로 볼 수는 없으므로 후행처분인 이 사건 납부고지에 어떠한 하자가 승계될 수 없는바, 결국 이 사건 납부고지에 포함된 징수처분 및 부과처분은 적법하고 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 중 000원 부분의 소는 부적법하여 각하하고, 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.